Basic Information

Symbol
ITGAV
RNA class
mRNA
Alias
Integrin Subunit Alpha V CD51 MSK8 VNRA VTNR Integrin, Alpha V (Vitronectin Receptor, Alpha Polypeptide, Antigen CD51) Antigen Identified By Monoclonal Antibody L230 Vitronectin Receptor Subunit Alpha Vitronectin Receptor Integrin Alpha-V Integrin AlphaVbeta3 Integrin, Alpha V CD51 Antigen
Location (GRCh38)
2:186590010-186680901
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002210.5
Sequence length
7039.0 nt
GC content
0.3829

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1892.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2040.34 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1771.61
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001144999.3 NCBI
CUUUGUAGCUCCUGGAGAUUCAAUUCUUUCUUGCCAGGGUCUUUCUACC… 6748 nt 0.3625
NM_001145000.3 NCBI
AGUCCCCAGCCUCAGACGCUGCGUGGAGCGGCGGAGCCGGAGGGAAGCA… 6931 nt 0.3825
NM_002210.5 NCBI
AGUCCCCAGCCUCAGACGCUGCGUGGAGCGGCGGAGCCGGAGGGAAGCA… 7039 nt 0.3829
Summary

The product of this gene belongs to the integrin alpha chain family. Integrins are heterodimeric integral membrane proteins composed of an alpha subunit and a beta subunit that function in cell surface adhesion and signaling. The encoded preproprotein is proteolytically processed to generate light and heavy chains that comprise the alpha V subunit. This subunit associates with beta 1, beta 3, beta 5, beta 6 and beta 8 subunits. The heterodimer consisting of alpha V and beta 3 subunits is also known as the vitronectin receptor. This integrin may regulate angiogenesis and cancer progression. Alternative splicing results in multiple transcript variants. Note that the integrin alpha 5 and integrin alpha V subunits are encoded by distinct genes. [provided by RefSeq, Oct 2015]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the ITGAV mRNA was up-regulated with blast intensity and time after blast exposure, as part of the integrin pathway response to mild blast traumatic brain injury [Balaban et al. DOI:10.1016/j.jneumeth.2016.02.001].