Basic Information

Symbol
ITGB1
RNA class
mRNA
Alias
Integrin Subunit Beta 1 GPIIA MSK12 CD29 FNRB MDF2 Integrin, Beta 1 (Fibronectin Receptor, Beta Polypeptide, Antigen CD29 Includes MDF2, MSK12) Glycoprotein IIa Integrin Beta-1 Very Late Activation Protein, Beta Polypeptide Fibronectin Receptor Subunit Beta Integrin VLA-4 Beta Subunit VLA-4 Subunit Beta Integrin Beta 1 CD29 Antigen VLA-BETA VLAB
Location (GRCh38)
10:32887273-33005792
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002211.4
Sequence length
3735.0 nt
GC content
0.3954

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1012.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1086.68 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 949.75
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_002211.4 NCBI
GCCAGCCCGCGGGAGAGGCCCAGCGGGAGUCGCGGAACAGCAGGCCCGA… 3735 nt 0.3954
NM_033668.2 NCBI
AUGAAUUUACAACCAAUUUUCUGGAUUGGACUGAUCAGUUCAGUUUGCU… 3739 nt 0.3843
NM_133376.3 NCBI
AGUCCAGGAGGAAGUCCGCACGCCGCCACCCGCCUCGGGUCCCCGGCGC… 3852 nt 0.4065
Summary

Integrins are heterodimeric proteins made up of alpha and beta subunits. At least 18 alpha and 8 beta subunits have been described in mammals. Integrin family members are membrane receptors involved in cell adhesion and recognition in a variety of processes including embryogenesis, hemostasis, tissue repair, immune response and metastatic diffusion of tumor cells. This gene encodes a beta subunit. Multiple alternatively spliced transcript variants which encode different protein isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans and mice demonstrated that the ITGB1 is a migrasome-related gene, upregulated in acute myocardial infarction (AMI) cases and forming part of a diagnostic signature [Zhu et al. DOI:10.3390/biomedicines12071626].