Basic Information

Symbol
ITGB1BP1
RNA class
mRNA
Alias
Integrin Subunit Beta 1 Binding Protein 1 ICAP1 Integrin Cytoplasmic Domain-Associated Protein 1 ICAP-1alpha ICAP-1A ICAP-1B ICAP1A ICAP1B Integrin Cytoplasmic Domain-Associated Protein 1-Alpha Integrin Cytoplasmic Domain-Associated Protein 1-Beta Integrin Beta-1-Binding Protein 1 Bodenin Integrin Beta 1 Binding Protein 1 ICAP-1
Location (GRCh38)
2:9403475-9423891
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004763.5
Sequence length
4153.0 nt
GC content
0.3992

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1089.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1166.72 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1117.97
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001319066.2 NCBI
GCAGAUCGGGCGUGGGCUUGCGGACUGCAGCUUCCCGAGCCGCUGUCGC… 4308 nt 0.4083
NM_001319067.2 NCBI
GCAGAUCGGGCGUGGGCUUGCGGACUGCAGCUUCCCGAGCCGCUGUCGC… 4210 nt 0.4021
NM_001319068.2 NCBI
AGAGACCACAGCAGAUCGUGGCGCUGUGAUCAGGGGGUACACUCAAGCU… 4110 nt 0.3917
NM_001319069.2 NCBI
AUAGUCUUGGAGGCGCGGCCCGGCGGACGUGGGCAGGAGGGCUGGAAAA… 3967 nt 0.3953
NM_001319070.2 NCBI
AUAGUCUUGGAGGCGCGGCCCGGCGGACGUGGGCAGGAGGGCUGGAAAA… 3937 nt 0.3962
NM_001369744.1 NCBI
GCGCCCUGGCAAUGCAGAGGAGUCACCGAGCUCCGCCUUUGACCAGCGU… 2084 nt 0.4563
NM_001369745.1 NCBI
AGAUCGGGCGUGGGCUUGCGGACUGCAGCUUCCCGAGCCGCUGUCGCCC… 2113 nt 0.4676
NM_001369746.1 NCBI
GUCUUGGAACCGGGGGUAGGACGUCAGGACUGCGCCUGCGCAUAGUCUU… 2099 nt 0.4683
NM_001369747.1 NCBI
GCGCCCUGGCAAUGCAGAGGAGUCACCGAGCUCCGCCUUUGACCAGCGU… 1934 nt 0.4535
NM_001369748.1 NCBI
AGAUCGGGCGUGGGCUUGCGGACUGCAGCUUCCCGAGCCGCUGUCGCCC… 2277 nt 0.4791
Showing 1 to 10 of 14 entries
Summary

The cytoplasmic domains of integrins are essential for cell adhesion. The protein encoded by this gene binds to the beta1 integrin cytoplasmic domain. The interaction between this protein and beta1 integrin is highly specific. Two isoforms of this protein are derived from alternatively spliced transcripts. The shorter form of this protein does not interact with the beta1 integrin cytoplasmic domain. The longer form is a phosphoprotein and the extent of its phosphorylation is regulated by the cell-matrix interaction, suggesting an important role of this protein during integrin-dependent cell adhesion. Several transcript variants, some protein-coding and some non-protein coding, have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jan 2016]

Forensic Context

A study in humans identified a molecular signature of chronic cocaine abuse in postmortem midbrain dopamine neurons, where the ITGB1BP1 transcript was downregulated -1.4-fold in cocaine abusers compared to controls and was diagnostic for cohort assignment [Bannon et al. DOI:10.1038/Npp.2014.70].