Basic Information

Symbol
ITGB6
RNA class
mRNA
Alias
Integrin Subunit Beta 6 Integrin, Beta 6 Integrin Beta-6 AI1H
Location (GRCh38)
2:160099664-160271888
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000888.5
Sequence length
4641.0 nt
GC content
0.4016

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1270.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1360.78 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1381.12
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000888.5 NCBI
GCUUUACCUGUCCAGGUAGCCUCUGUUUUCAUUUCAGUCUUAAUGAAAA… 4641 nt 0.4016
NM_001282353.2 NCBI
GCUUUACCUGUCCAGGUAGCCUCUGUUUUCAUUUCAGUCUUAAUGAAAA… 4534 nt 0.4034
NM_001282354.2 NCBI
GCUUUACCUGUCCAGGUAGCCUCUGUUUUCAUUUCAGUCUUAAUGAAAA… 4356 nt 0.3983
NM_001282355.2 NCBI
GCUUUACCUGUCCAGGUAGCCUCUGUUUUCAUUUCAGUCUUAAUGAAAA… 4320 nt 0.3894
NM_001282388.2 NCBI
GCUUUACCUGUCCAGGUAGCCUCUGUUUUCAUUUCAGUCUUAAUGAAAA… 4561 nt 0.3984
NM_001282389.2 NCBI
GCUUUACCUGUCCAGGUAGCCUCUGUUUUCAUUUCAGUCUUAAUGAAAA… 4468 nt 0.4017
NM_001282390.2 NCBI
GCUUUACCUGUCCAGGUAGCCUCUGUUUUCAUUUCAGUCUUAAUGAAAA… 4388 nt 0.3984
Summary

This gene encodes a protein that is a member of the integrin superfamily. Members of this family are adhesion receptors that function in signaling from the extracellular matrix to the cell. Integrins are heterodimeric integral membrane proteins composed of an alpha chain and a beta chain. The encoded protein forms a dimer with an alpha v chain and this heterodimer can bind to ligands like fibronectin and transforming growth factor beta 1. Alternate splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Sep 2013]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the ITGB6 transcript was downregulated in heart tissues following cecal ligation and puncture-induced septic cardiomyopathy, with its expression pattern noted in a specific temporal profile [Yan et al. DOI:10.3389/fphys.2022.903164]. In a separate investigation of postmortem transcriptome dynamics in zebrafish and mouse, the ITGB6 was identified as a cancer-associated gene, with its transcript abundance increasing in zebrafish [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].