Basic Information

Symbol
ITGB7
RNA class
mRNA
Alias
Integrin Subunit Beta 7 Gut Homing Receptor Beta Subunit Integrin Beta-7 Integrin Beta 7 Subunit Integrin, Beta 7
Location (GRCh38)
12:53191318-53207282
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000889.3
Sequence length
2806.0 nt
GC content
0.5941

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1206.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1249.64 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 770.14
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001414165.1 NCBI
ACACAAAGGCUGCUGCUGCCGCCAGAGGAAGGACUGCUCUGCACGCACC… 2710 nt 0.5945
NM_001414166.1 NCBI
ACACAAAGGCUGCUGCUGCCGCCAGAGGAAGGACUGCUCUGCACGCACC… 2587 nt 0.5980
NM_001414167.1 NCBI
AUUACAGGGCAUGGUGGCUUUGCCAAUGGUCCUUGUUUUGCUGCUGGUC… 2544 nt 0.5967
NM_001414169.1 NCBI
ACACAAAGGCUGCUGCUGCCGCCAGAGGAAGGACUGCUCUGCACGCACC… 2362 nt 0.5906
NM_001414170.1 NCBI
ACACAAAGGCUGCUGCUGCCGCCAGAGGAAGGACUGCUCUGCACGCACC… 2287 nt 0.5925
NM_001414171.1 NCBI
ACACAAAGGCUGCUGCUGCCGCCAGAGGAAGGACUGCUCUGCACGCACC… 2239 nt 0.5945
NM_001414172.1 NCBI
AUUACAGGGCAUGGUGGCUUUGCCAAUGGUCCUUGUUUUGCUGCUGGUC… 2196 nt 0.5929
NM_001414173.1 NCBI
ACACAAAGGCUGCUGCUGCCGCCAGAGGAAGGACUGCUCUGCACGCACC… 2602 nt 0.5945
Showing 11 to 18 of 18 entries
Summary

This gene encodes a protein that is a member of the integrin superfamily. Members of this family are adhesion receptors that function in signaling from the extracellular matrix to the cell. Integrins are heterodimeric integral membrane proteins composed of an alpha chain and a beta chain. The encoded protein forms dimers with an alpha4 chain or an alphaE chain and plays a role in leukocyte adhesion. Dimerization with alpha4 forms a homing receptor for migration of lymphocytes to the intestinal mucosa and Peyer's patches. Dimerization with alphaE permits binding to the ligand epithelial cadherin, a calcium-dependent adhesion molecule. Alternate splicing results in multiple transcript variants. Additional alternatively spliced transcript variants of this gene have been described, but their full-length nature is not known. [provided by RefSeq, Sep 2013]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.