Basic Information

Symbol
ITSN1
RNA class
mRNA
Alias
Intersectin 1 SH3P17 SH3D1A ITSN Human Intersectin-SH3 Domain-Containing Protein SH3P17 Src Homology 3 Domain-Containing Protein Intersectin 1 (SH3 Domain Protein) SH3 Domain-Containing Protein 1A Intersectin-1 MGC134948 MGC134949 SH3 Domain Protein-1A
Location (GRCh38)
21:33642400-33899861
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003024.3
Sequence length
16972.0 nt
GC content
0.4714

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-5566.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -5876.49 kcal/mol
Frequency: 1.92219e-219
Diversity: 4008.69
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001001132.2 NCBI
GUAGAGAAGAGUGGAGGCGCCAGGGGAGGGAGCGUAGCUUGGUUGCUCC… 5418 nt 0.4603
NM_001331008.2 NCBI
GUAGAGAAGAGUGGAGGCGCCAGGGGAGGGAGCGUAGCUUGGUUGCUCC… 5205 nt 0.4605
NM_001331009.2 NCBI
GUAGAGAAGAGUGGAGGCGCCAGGGGAGGGAGCGUAGCUUGGUUGCUCC… 5403 nt 0.4603
NM_001331010.2 NCBI
GUAGAGAAGAGUGGAGGCGCCAGGGGAGGGAGCGUAGCUUGGUUGCUCC… 16957 nt 0.4714
NM_001331011.2 NCBI
GUAGAGAAGAGUGGAGGCGCCAGGGGAGGGAGCGUAGCUUGGUUGCUCC… 5190 nt 0.4605
NM_001331012.2 NCBI
GUAGAGAAGAGUGGAGGCGCCAGGGGAGGGAGCGUAGCUUGGUUGCUCC… 5292 nt 0.4590
NM_003024.3 NCBI
GUAGAGAAGAGUGGAGGCGCCAGGGGAGGGAGCGUAGCUUGGUUGCUCC… 16972 nt 0.4714
Summary

The protein encoded by this gene is a cytoplasmic membrane-associated protein that indirectly coordinates endocytic membrane traffic with the actin assembly machinery. In addition, the encoded protein may regulate the formation of clathrin-coated vesicles and could be involved in synaptic vesicle recycling. This protein has been shown to interact with dynamin, CDC42, SNAP23, SNAP25, SPIN90, EPS15, EPN1, EPN2, and STN2. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene, but the full-length nature of only two of them have been characterized so far. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

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