Basic Information

Symbol
JAG1
RNA class
mRNA
Alias
Jagged Canonical Notch Ligand 1 HJ1 CD339 JAGL1 AHD AWS Protein Jagged-1 AGS Alagille Syndrome CD339 Antigen Jagged 1 Jagged1 CMT2HH AGS1 DCHE
Location (GRCh38)
20:10637684-10674396
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000214.3
Sequence length
5940.0 nt
GC content
0.4958

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2001.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2113.48 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1962.89
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000214.3 NCBI
AGACGGGCUCUCCGGGUCCUUCUCCGAGAGCCGGGCGGGCACGCGUCAU… 5940 nt 0.4958
Summary

The jagged 1 protein encoded by JAG1 is the human homolog of the Drosophilia jagged protein. Human jagged 1 is the ligand for the receptor notch 1, the latter is involved in signaling processes. Mutations that alter the jagged 1 protein cause Alagille syndrome. Jagged 1 signalling through notch 1 has also been shown to play a role in hematopoiesis. [provided by RefSeq, Nov 2019]

Forensic Context

A study in Wistar rats demonstrated that alcohol exposure and withdrawal induced significant, region-specific alterations in miRNA and mRNA expression profiles in the prefrontal cortex, hippocampus, and corpus striatum, with bioinformatics analyses linking these changes to synaptic plasticity and neuron differentiation [Sinirlioglu et al. DOI:10.14715/Cmb/2017.63.2.7].