Basic Information

Symbol
JAK1
RNA class
mRNA
Alias
Janus Kinase 1 JAK1A JAK1B JTK3 Tyrosine-Protein Kinase JAK1 EC 2.7.10.2 EC 2.7.10 AIIDE JAK-1
Location (GRCh38)
1:64833223-65067754
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002227.4
Sequence length
5092.0 nt
GC content
0.4645

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1536.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1633.28 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1234.48
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.(.((....))))))))(((((((((((((.(((((((((((.....)))((((....)))).(((.((((.......)))).))).........((((((..(((((((..((((((((.(((..(((((.((......)).)))))..)))..).)))))))..)))).))).))))))(((((((((((..(((((((......)))))))(((((......((((....)))))))))........((((...((((((((((..(((.(((.((((.......((((((.(((.........)))..)))))).......)))).)))))).............))))))))))))))(((....)))((.((((((((..(((.(((((((((....))))))))).).)).))))).)))))...)))))))))))(((((((((...(((......(((((((.......)))))))...))).))).))))))((((.((((..................))))))))......)))))))).))))))).....((((((.((..((.(((((...((((....(((((........)))))...((((((((.(((.....))).)))))))).........((((((((((((((((((..((((....(((((((....((((((...............((((((.(.((..((((((.....((.(((((((..((.(((((......))))).(((.((((....((((((((..(((.((((((((.((((............)))).))))(((((((..............)))))))(((((((((.....))))))))).......)))).............))).)))))))))))))))(((((((..(((((..(((.((.......(((((((..(..(((((((........(((((...)))))...(((((((((.....((((((((((((((.(((((..((((.........((((......))))..(((((((((....)))).))..)))..(((.((....)).))).)))))))))))))))..)))))))).(((((((((((..(((((..(((.(((..(((((((.((((.........)))))))))))..)))..)))....(((((..(((...((....(((((((.((((.((((((.(((((..(((((((((((.(((.....(((...(((.((((((((....((............))..)))))))).)))))).......((((((..(((((((((.........((.(((((((((...((((......))))..)))))).......((((.(.((......))))))).(((.(((.((........))..))).))).......))).)).....(((((((....))))))))))))))))))))))...((((.(((((((((.....((((((.(..(((((((......(((((.((((..((((..((((((((((.....(((......((((((.(((((.....)).))).))))))........(((..(((....))).))).....))))))).)).))))))))..)))).)))))((((((((.((((((.(((........)))..(((.((((((((((.((....)).))))))))).).)))((((....(((.(((...............))).)))....)))).((........))..)).))))...))))))))((((...)))).....(((((.((((...((((..((.(.((((((((.((((..((.(((((((((((.....(((..(((((((..((.......(((....)))..(((....)))((((........))))..))..))))))).)))......)))))...))))))))))))..((((((((.....)))))))))))))))))..))..))))(((((((....((.((((((((.....(((((...(((..(((((...(((((.((.......(((((.......)))))......)).)))))...))))))))..)))))...((((((....))))))(((((....))))).....((((((.((((((((.(((((((((((.(((((((...(((((((.(((........))).))))))).....))))))).....))))))....))))).)))...).)))).))))))...(((.........)))........(((((((...((...(((.((((..(((((((....)))...))))..))))..)))...)).....)))))))..)))))))).)).....))).)))))))).))))))))))))..).)))))))))).))))).))))((((((((((((((((((((........)))))))...((((((((.((((((((((..((((.((((..(((((((..(((((((((((((.((((...((.(((((((((((((....)))))..........)))))))).))......(((((...)))))..(((((((((........(((((((.(((((....(((((((((((((.(((.(((.(((.(((((..(............)..)))))))))))(((((........))))).((.(((......))).))(((((((((((((((.....(((......)))....)))......(((((.(((.......((((((((........((((.(((...((((...))))...........(((.((((((((((.((.(((.(..(...)..).))))).)))))))))))))..(((((.(..((((..((((...))))...)))).).))))).))).)))).......))))))))((.(..((((((((..((...(((..(((((..............)))))))).)).))))))))..).))....(((((...))))).))).)))))........))))))))).))).....)))..))))))))))))).((((.(((...))).))))....((((...)))).................))))).)))).((........)).)))........))))))))).......))))))))))))).))))(((((((..(((..((((........)).))..)))..).)))))).((((.......)))).....(((((((...(((.....))))))))))..))))))).....))))...)))).((.(((....))).))(((((((......))))))))))))))))).)))...........)))))..(((.....)))....)).)))))......)))))))))..).))))).)))))))))))))))))))).)))))))....))........((((........)))).((((....((((((...))))))...))))......(((......)))..)))..)))))......(((..(((((.........)))))..)))...((.(((((...(((.((((...(((((...(((((((((........(((((((((((....(((((......)))))...((((.........)))).........)))))))))))....(((.....)))....((((((......((((((((......))))))))((((((((.(((((..((.((((((.......))))))))...(((((((((.((((((......)))))).)))))))))(((....))).......)))))...))).........)))))..))))))..........)))))))))............((((((((...((((((...((.((.(((......((.((((.........))))))......))).))))))))))....))))))))...............))))).)))).)))...))))).))(((((((.((.(......).)).)))))))((((((((.............)))))))).........))))))))))))))))......(((((..(((.((...(((.........)))...))))))))))...((((......))))......)))))))))..........)))))))..)..)))))))...)).))))))))..)).)))))((((((........))))))......))..))))))))).....))))))...))).)))))).((.((((.((.....)).)))).))..((...(((..(((((...(((((....)))))))))).)))...))...........((((...))))..)))))).....))))))).)))))))))....((((......)))).(((((......)))))...(.(((((.((.((((((......(((.....)))))))))))))))).)....)))))).))))))).((((.(((.............)))..))))..((((.....))))........))))..)))))))..)))))))).((((.....(((((.((....((((..(((((((..((((....((((((((.((((....((((((((......))))))))..)))).))))))))........((((((((((((.(((...(..((((((.(((((.........))))).))))))..)....))).)))))).))))))..........)))).((((((..((((...))))))))))((((((((......))))))))........)))))))))))......))..)))))..)))).......))))))....(((((....(((((...........)))))...)))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((({(.(({{,{||||||||((({{(((({{{{.|{{{{|||||{.....))){{{|,,,,))}),(((.((((.,.....)))).))).........((((((..(((((((..((((((({.(((..(((((.((......)).)))))..)))..).)))))))..)))).))).))))))(((((((((((.,(((((((......))))))|((((((,,,..,{,|,,,,...}))))},.....,,((((...((((((((((..(((.(((.((((,......((((((.(((.........)))..))))))......,)))).))}))),,......,,...)))))))))))))){((,...}}}(({((((((((..({(.(((((((((....))))))))).).)}.))))).)))}}}}})))))))))))(((((((({...(((......(((((((.......))))))).,.))).))}.)))))){{{{{(((({{........,...,}}.})))))}}......}}}}}))).}}})))}.....((((((,{{..{,||{{({...{{((,,,.(((((........))))).}.((((((((.(((.....))).)))))))).........((((((((((((((((((..((((....{((((((....((((((...,,,.........((((((.(.((..((((((.....((.((((((({{(({(({((,{{{{{|,,,,.,||}|||,,},.||||||||..,{{,{(((((,,.,,,|}}.,,....,..,|||{||||(((((((....,,......,,)))))))(((((((((.....)))))))))...{{{.||||{,.,,........{{{{{{.,,.,)))))),,,,(((|{,,{(((...|||.{,....|,.(((((((..(..(((((((........(((({...}))))...(((((((((.....((((((((((((((.(((((..{(({.........,,,{,..{,{,|||{,((.,,,{{|}}..)))}}))..}},,,{||,......}}.,,,.)))))))))))))))..)))))))).((((((((({,,{(((((..,,,,(({..{(((({,,{|||,,...,||,|||}}},}})),,))},.,,,.,,.(((((..,((,,.{{....(((((((.((((.((((((((((((..(((((((((((.(((.....(((...(((.((((((((....((............))..)))))))).)))))).......(((((,.{(((((((((.........,{.(({((((((...((((......)))}..)))))).},....{(((.{.{{......},})))}{(((.(((.((........))..))).))}.}.....}},.,,.....,((((((....))))))})))))))))))))))...((((.(((((((((.....((((((.(..(((((((.....,(((((.((((..((((..((((((((((..,,.(({......((((((.(((((....,)).))).))))))........(({..{{,....})).)))..,..}),)))).)).))))))))..)))).)))))|(((((((.((((((.{({...,....,...,(((.((((((((((.((....)).))))))))).).))){(,{....||{,({{..,|,||.,,.,.,.)}}{|||{{{.}|},..,..}..}}))))}}),})))...)))))))|((({...})))....,(((((.((({.,,((((..((.{.((((((((.((((.,((.(((((((((((.....(((..(((((((..((.......(((....)))..(((....)))((((........))))..))..))))))).)))......)))))...))))))))))))..((((((((.....))))))))))))))))}..))..))))(((((((....((.((((((((...,{((((({{,{((,.{((({...(((((.((.......(((((....,,,))}}}......)).)))))...}))))}})..}|}}}...((((((....))))))(((((....)))))..,..((((((.(((({{((,{{{((((((((.(((((((,..(((((((,(((........))).)))))))...,.))))))).....))))))}}..|||}|,||}..}}.)))).))))))..,(|,...,,}.,.|||,,.,|,..{{{{||{........|||,{{,,.,{{|{((({{{.}}}}}},))),.)))),}),,...,,,,,,,)))}))),.)))))))).)).....)))},))))))).))))))))))))..).))))))))))))}))).)))){((((((((((,((((((((,.....,,||}||||{{.{(((({{{.({({(((({(.,((((...)))}|((((((..(((((((((((((.((((,..((.(((((((({({((....||}},.,,...,...)))))))).)),...,{(((({...}))),}}{((((((((.,{,.,..({{((((.(((((....(((((((((((((.(((.(((.(({{(((((..(........,...)..)))))))))))(((((........))))).((.(((......))).})(((((((((((({{{..{,.{,.,,,.,.,......}}||...,.(((((.(((.......((((((((.....,,.((((.{((,,,((((...}}}).,..,,.....{((.((((((((((.((.(((.{..{...}..}.))))).)))))))))))))..(((((.(..((((,.((((...)))).,.)))).).))))).))).)))),,.....))))))))((.{..((((((((..((...{{,..(((((,,.........}}.))))),}}.)).))))))))..).))....{((({...})))}.))).)))))........))))))))).))).....)))..))))))))))))).((((.(((...))}.})))....{{{|,..,}),.................))))).)))).((........)).)}}....}}}.)))))))))......,)))))))))))))},)))(((((({..(((..((((........)).))..)))..).)))))).((((.......)))).....(((((((...{{,.....})})))))))..))))))}.....||||,..}},)}|||{|||||,},),))|||{|||.,,}},||||}}||||}}}}|||,|}|......,..,})))}}..|||,,,,,),,....)).)))))}.....,))))))))..),})))).)))))))))))))))))))).)))))))....}}.,,,|...((((........)))).{,(({{..(((((,...})))))...,)))......(((......})}..}))..})}))....,,{((..(((((,,.......)))}).,)))...((.(((((...(({.((((...(((({...(((((((((.,,,,...{||||{|||||,||.(((((......)))))..,({{,...,,....,}|,....,....}}}}}))))))....(((.....}))....{{{{{{......{(((((({......))))))}|(,(((({({({,,...{{,(((((|,....||}))}||,|.,,((((((({(.((((((......)))))).))))))))){((,...}}}.......,||||||.|}}|...,,}||}}},,..,}}}}}..........})))}}}})......}}....{{{{,{{{||..,{{{{...{{,|{.,||....}||{,{|||,........|}}})}..,.,|}}},)))}})))))}...},))))))}})............})))).)))).)))...))))).))(((((((.{(.(......).)}.)))))))((((((((.............)))))))),........))))))))))))))))......(((((..{((.((...(((.........)))...))))))))))...{{{{......))},......))))))))).......,..)))))))..)..)))))))...))})),)))})}})))))}},((((((........))))))......,}..})))))))).....)))))).}.))).)))))).,......{(({{{,,||,,.||{.,..|},..{{{|{{(||,}}}{||||....}})))})},....,...,,.{,......,,((((...))))..)))))).....))))))}.)))))))))..,{(({{......)))}.{(({{......}))))...{.((((,{((.((((((......(((.....)))))))))))))))).,....}))))).))))))).,,{{|(({..........,,,,|}..||||,.{(((.....)}}}|,......})})..))))))}..}))))))),{((,.,{{.{{((({((,{,,{(((..{{{((((,{{{{{.,..{||{||{|||||{|||,||||||,|.,,}}))))))}{{{{,,..,||||,|},|,|||}},{{||{{{{{{{{.|{{{{{(..,,,|||}{({({,.,,,....}}}}}.}}))})}}}},,,))).))}))},}}}})}....,,,,}},,}}}|{{{|{,,,.....,},)))))))|((((((((......))))))))......,,|},||||||||......,,.,)))},},))),}},,...)))))),...{{{{{,...{((((.,,.....||.}))))...}}}}}.....},.....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001320923.2 NCBI
AGAAGCGGAGCGUAUACGGAGGAGGCGGGAUGCAUUUCUGCAUCGAGCG… 5015 nt 0.4522
NM_001321852.2 NCBI
AUCUAUCACAUGGCAGAGAUAGAAUAAAAACAGAAAAAUGGCGACGGUC… 5018 nt 0.4524
NM_001321853.2 NCBI
AUCUAUCACAUGGCAGAGAUAGAAUAAAAACAGAAAAAUGGCGACGGUC… 5277 nt 0.4630
NM_001321854.2 NCBI
AUCUAUCACAUGGCAGAGAUAGAAUAAAAACAGAAAAAUGGCGACGGUC… 5193 nt 0.4625
NM_001321855.2 NCBI
GCGUCGCUGAGCGCAGGCCGCGGCGGCCGCGGAGUAUCCUGGAGCUGCA… 5176 nt 0.4648
NM_001321856.2 NCBI
AGAAGCGGAGCGUAUACGGAGGAGGCGGGAUGCAUUUCUGCAUCGAGCG… 4931 nt 0.4516
NM_001321857.2 NCBI
GCGUCGCUGAGCGCAGGCCGCGGCGGCCGCGGAGUAUCCUGGAGCUGCA… 5089 nt 0.4643
NM_002227.4 NCBI
GCGUCGCUGAGCGCAGGCCGCGGCGGCCGCGGAGUAUCCUGGAGCUGCA… 5092 nt 0.4645
Summary

This gene encodes a membrane protein that is a member of a class of protein-tyrosine kinases (PTK) characterized by the presence of a second phosphotransferase-related domain immediately N-terminal to the PTK domain. The encoded kinase phosphorylates STAT proteins (signal transducers and activators of transcription) and plays a key role in interferon-alpha/beta, interferon-gamma, and cytokine signal transduction. This gene plays a crucial role in effecting the expression of genes that mediate inflammation, epithelial remodeling, and metastatic cancer progression. This gene is a key component of the interleukin-6 (IL-6)/JAK1/STAT3 immune and inflammation response and is a therapeutic target for alleviating cytokine storms. The kinase activity of this gene is directly inhibited by the suppressor of cytokine signalling 1 (SOCS1) protein. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2020] CIViC Summary for JAK1 Gene

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.