Basic Information

Symbol
ANKS1A
RNA class
mRNA
Alias
Ankyrin Repeat And Sterile Alpha Motif Domain Containing 1A KIAA0229 ANKS1 Ankyrin Repeat And SAM Domain-Containing Protein 1A Ankyrin Repeat And SAM Domain Containing 1 Odin Ankyrin Repeat And Sterile Alpha Motif Domain Containing 1 ODIN
Location (GRCh38)
6:34889243-35091421
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_015245.3
Sequence length
6350.0 nt
GC content
0.5513

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2384.34 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2494.30 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1567.40
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_015245.3 NCBI
AGUGACGCGCUCGUGGGGAAAAGGCAGGGAGGGGGUGGUGUCCCCAGCC… 6350 nt 0.5513
Summary

Predicted to enable ephrin receptor binding activity. Predicted to be involved in ephrin receptor signaling pathway; neuron remodeling; and substrate-dependent cell migration. Predicted to act upstream of or within negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process and regulation of ephrin receptor signaling pathway. Located in cytosol and nucleoplasm. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the circular RNA circAnks1a, derived from the Anks1a gene, was significantly upregulated in the orbitofrontal cortex of both male and female animals following heroin self-administration, while the linear Anks1a mRNA was not regulated [Floris et al. DOI:10.3390/ijms23031453].