Basic Information

Symbol
JMJD1C
RNA class
mRNA
Alias
Jumonji Domain Containing 1C KIAA1380 KDM3C TRIP8 Probable JmjC Domain-Containing Histone Demethylation Protein 2C Thyroid Receptor-Interacting Protein 8 Thyroid Hormone Receptor Interactor 8 TR-Interacting Protein 8 DKFZp761F0118 FLJ14374 TRIP-8 Putative JmjC Domain-Containing Histone Demethylation Protein 2C Jumonji Domain-Containing Protein 1C EC 1.14.11.- EC 1.14.11 JHDM2C
Location (GRCh38)
10:63167221-63521850
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_032776.3
Sequence length
8758.0 nt
GC content
0.4018

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2270.64 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2437.62 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2016.23
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((((((((.((......)).))))))))((.(((((((.....)))).))).))..(((((((.((((.((.......((((((.((((((((.....))))).......(((.(((.(((((((((...(((((.(((((...(((((((.((((...)))).)))))))))))).))))).....))))))))).))))))((((.(((((.((((.((((((..........))))))))))(((..((((((...(....)...)))))).)))((((((((((.(((.(((((((.(((((((((.((((.(((((.((...((((((.(.((((((((..((.(((.(((.(((((..((((((.(((..(((((((...((..(((((((.(((((((((((((.(.((...((((........))))))).)))))))))...((((..(...........)..))))..(((((..(((((....((.((((.(((.((((......(((((((((((...(((((((..(............(((((((((....(((((.((((((..((....))..(((((((((.....)).)))).))).........)))))).))))).(((((.((((((((((.((...))))))).................))))).))))).((((.(((((((......))))..))).))))...((((((........))))))..))))))))))..)))))))......)))))).)))))((((((.(((((.(..(((((......)))))..).)))))....((((.....))))..................))))))..(((......)))..((((((....((......))...))))))....((((((...))))))........))))))).)))))))))))..)))))..(((((((...)))))))((((....((((((.((((.(.....).)))).)))))).....)))).......(((((((.(((((.((((....)))))))))...((((((((...(((........)))...))))))))...))))))).)))).))).))))..))....)))))))..........))))).))))(((..((......)).))).((((......))))....)))))))).))).)).............((.(((........))).))(((.....)))........((((((.(((((((.(((((((((((((((((((((..((((...((((.....))))...))))......((((((((((........(((((...((((((((((((((..(((((((...........((((.....(((((...(((((.((.(((((((((........))))))))).))......((((((........))).)))......)))))....((((((((...............(((((........))))).....((......))............((((.((.....................)).)))).((((..........)))).................(((((.(((.(((((....)))))....))).)))))..............)))))))))))))...))))...)))))))..))))...((....))....))))))))))...(((((((((............))))...)))))..(((((((...(((((...(((.(((((((...........((((((((.........))))))))............))))).)).))))))))......))))))))))))...............(((((((((....))).))))))..........((((....)))).....(((((..((........(.(((((((((.......)))))).))).)........))..)))))....))))))))))......(((((((((((((((((.((((((((...(((((((((((......))))))...)))))..)))))))).((((((((...((((......(((.....)))....))))....)))))))).............((((((((((((..(((.......................)))..)))))).))))))............))))).)))))).((((((((.(....(..(((....)))..).(((((.((.((......)).)).)))))......(((((........)))))(((((((((((((......(((.((......)).)))......))))))...((((....)))).(((((......))))))))))))..).))))))))(((((..........)))))......)))))))))))))))).....)))))..........))))))...)))))..)).))))))......(((((........))))))))))))).)))))))....))))))................((((((.(((((((................................))))))))))))).).))))))))))..............((........))))).)).))))))))..)))))))))).....((((....)))).......(((((((((.((.....)).)))).))))).......))))).))))((((((....))))))..))).)))..)))........)).)))))))))))....(((((((.((((.....((((..(((((((.((((((((((((((((((((..(((((.....(((.(((........))).)))....)))))..))))....((((((...(((((.((((((((((((((....(((..((..((((((((((((((((........((((....(((((((((((((((((.(((.(((........((((((....)))..)))(((((.....((((((.....)).))))....................(((.......)))........................))))).....(((((.....)))))......))).))).)))))))).(((((..(((........)))..)))))......)))))))))((((((..(((.((((.........)))).))).....))))))...............).)))....))))).)))))).))))).............((((.(((.((.((((((...(((.....)))..)))))).)).)))))))..............((((((.((((((((..((....(((.......)))....)).)))))))).))))))....((((((((((((..(((((((.((((.(.((((.....)).))).)))).)))....(((.((((...)))).)))..(((((...((..((((.(((((.(((.(.(((.......((((((((..((......)).)))))))).....))).).)))...))))).))))..)).)))))..(((..((((((...)).))))...)))..(((.....(((((.((((((((.....((((...((((.(((((.(((....(((((((....((......))....))))))).((.(((((........)))))))......((((((((...............((((((((((((...(((((...))))).)))))..(((((((((((((........(((.(((((((..(((....(((((((((((((((((((((((..(((((...((((((((((...........(((((((...((((.((((((.((....((((..(((((...((((((.....((((((.(((............(((((....((((.((((((..........((............))............((((....)))))))))).)).))...))))).............)))))))))..............)))))).))))).)))).)).)))))))))).))))))).((((((((((((((((((............))))))....)))))).))))))....(((((((.((((((.((((((............))))))....(((((((............))))))).......)))))).(((((((((((..(((.(((..((((...(((((.....((((((.............((((((.....))))))))))))))))).)))))))))))))))).((((.((((((((........((((((..(((((.....)).)))...)))))).((((..........)))).((((((((((..(((((..........(((((..(((((.......((((((((...........))))))))..(((((((....((((((.((.((((((.(.((............(((..(((....)))...))).(((((....(((...(((((......(((((((((....((((((....)))))).((((......))))(((((......)))))..((.....))((((((((...(((((((((((..........))))...)))).)))...))))))))...........))))))))).((((...(((((.((((..((..((((((.(((...)))))).)))..))....)))).)))))..))))..((((.......)))).......)))))....))))))))....)).))))))).))..)))))).....))))))).........)))))..)))))...(((.((((((((((.............((((.(((((.......(((..((.(((((.(((((((..(((((......))))).(((((...(((((.((((..............(((......)))..((((((((((((((......((.((...(((((((((((..((....(((........)))....))...))))))).....((((((.(((((((...((((((((.(((......(((((....)))))....(((((..(((....................)))........)))))(((((((((((((.........(((.((((..(((....)))..))))..))))))))))))).))).....))).))).)))))((((((((((((.((((.((....((((....((((((((.(((((....)))))(((((((.((((..((((((((((....)))...)))).))).)))))))))))..))))))))......))))....))...)))).))))...))))))))..........))))))).)))))).....))))...)).))......))))))...))))))))..))))...)))))...)))))...((((((....)))))).................))))))).))))).))..))).....(((.((((((((.(((((((..(((((((((.((((......))))....((.(((((.(((.((((((....((...))....)))))))))..))))).))....((((....((((.(((((((...((((.(((((....))))).))))))))(((((..((...((((((....(((((((((((((...........)))))............((((((........))))))((((((((.....))))))))..(((.....)))...))))))))))))))...))..)))))........((((((.(((((((..((((((.((((.((((.(((((((((((.(((...................((((..(((((((((((((...............))))).........))))))))))))........((((((((.....(((........)))....))))))))..((((((..(((....(((((((...................).)))))).....))).))).)))))).))))))).))))))))............................(((((((....)).))))))))).))))))..)))))))...)))))).((((.........................))))...............................))).))))....))))...)))))))))))))))).)))))))).))).....))))).))))......)))))))))).))))))))..))))))))))(((((.((.(((.(((....(((((((((.......))))..)))))........))).))))).)))))...))))))))))))....(((((((((((..(((....(..(((((((((((((..........(((((...((..........(((((.((((.....(((.((((......)))))))......))))..))))))).)))))....................(((......)))((((((((((((.((((...((((...)))).)))).))))).)))))))..)))))))).)))))..))))))))))))))).........((((.((..((((((((((((((.(((......))).))))).((((.....))))((((((((......))))))))))))))))))).)))).)))))..)))))))......((((........))))....(((((((((((((((((((((((((((.....))))))))(((((((((((((..((......))..)))))))....(((((((((((((..(((((((....)))).......))).))))).............))))))))....))))))...((((((...(((...(((....))).....)))))))))....))))..))))))))))))).))((((((...))))))))))))))))..(((((..(((((((.((((.((...(((....(((((.(((..........))))))))......)))...)).)))).))))))).........)))))........((((((.((((((((........))).(((((((.....))))))).........))))).))))))........)))))..))......)))))))).))))))))))))))))....))))))))))((((((((....(((((..(((((((.......)))))))..........((((((((((((((...))))).........((((((.(((....)))))))))......((((.((......))..))))...(((((.((((((((...))).)))))))))).((((((((((((.((....)).))))))..))))))..))))..)))))(((((((((((.(.(((....))).)...))))))))))))))))....))))))))))))).................))))))))......))))))).....((((....)))).......((((((.((....)).))))))..))))))))........)))))).)).))))))))......))))))))))))).....)))......(((((((...((((((((((((.........))))))))))))..))))))).))))..))))))))))...))...))..))).))))))).........((((((.((((.((((((......)).)))).)))).)))))).....(((((((((((((((.(((((((...))))))).............(((((((..((..........((((((((..((......))..))))))))..))..))))))).....(((((((..((((........))))..)))))))...............))))))))))))))).....((((...((((.(((..((((((...........((((.....(((((......))))))))).)))))).....))).)))).)))).))).)))).)))))))))))..(((((((.......)))))))...................))))))))))))))))........)))))))...)))))))).))))))).......(((((.((((((((((...))))))))....)).)))))..............(((((.(.(((((((.....)))))).).).)))))(((((((((...(.((((((((((((((.((((((....))))))..((((((......)))))).(((((((....)))))))........((((((.((..(((((....))))))).)))))).....))))))))......)))))).)...))))))))).....((.......)))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.({,((((((((.((...,..)),))}}}}}}||,{{({(({{,,,.}})}.)))}})|.(((({{{(((((.((.......((((((,((((((((.....))))).......(((.(((.(((((((((...(((((.(((((...(((((((.((((...)))).)))))))))))).))))).....))))))))).))))))((((.(((({.((((.((((((..........)))))))))){((..((((((...{....}...)))))).))}((((((((((.((,{(((((((.(((,((((...(((.(((((({{.{.(((.{,((((((((((...((((((((((((((,.((({{{{(|,|{,,{,{.{{||||,.,{(((.....}}}}{,(,(.(((,((...}}},)).)))}...))).}))))))))),,)))))))))...)))))...))(((({(((.((,(({.(((((.(({((((((((((((((((......(((((((((((...(((((((..(.....,,.....(((((((((....(((((.((((((..({....}}..(((((((((.....)).)))).))).........)))))).))))).(((((.(((((((({{{((...))))))),|........,,,,,,.})))).))))).{(((.(({{(((......))))..))).})},...((((((........))))))..))))))))),..)))))))......)))))).))))).(((....)))((((....((((((,{(((({,(...(((.((((((......((((.((((({...((((((,{((,,,.....||,,....)))..((((((....({......}}...)))))){{{{.,,||}}...}))})}}}}}...,{{.((((..((((((((...,.(((.((((((((...))))))))))).,..((((((.((((.(.....}.)))).)))))).......,,,,,..,.(((((((.(((((.((((....))))))))}...((((((((...{{{..,,,...})),..))))))))...)))))))..((((....))))...........(((....))}....(((...)))((((..{{......}}.))))((((......))))...........{{....))..,......},..((.(((........))).))|||.....})).,,......,.))))))))..)))).,|||(..(((((((((((..((((...((((.....))))...))))......((((((((((,.......(((((...(((((((((({(((..(((((((......,....((((.....(((((..,(((({.((.(((((((((........))))))))).))......{{((((........)))}|}}......}},,,....{{{{{{{{,..............(((((........))))).....((.....})|{,....,,}.,.{(((.((..........,,.........)).)))),((((..........)))).................(((((.({(.(((((....)))}}....})).))))).....,,.{|,,..,})))))))))))...))))...)))))))..)))}...{{....)).},.))))))))))...(((((((((.{........}.)))),..}))))..(((((((...(((((...(((.(((((((.......,,..((((((((,......,.))))))))...,},......))))).)).))))))))....,.)))))))))))).......|},.....(((((((((....))).))))))..........((((....)))).....{(({,..{{,.......,.{{|({{(({.....,,}}}}}}.}}}.|,.,,....})..))},,.,},))))))))))......(((((((((((((((((.((((((((...(((({((((((......))))))...))))}..)))))))).((((((((...((((......(((.....)))....))))....)))))))).............((((((((((((..(((........{{,...,}}..,...)))..))))))},)))))............))))).)))))).((((((((.(.,,.(..(((....)))..}.(((({.((.((......)).)).}))))......(((((........))))),{(((((,{{{{{......,,...,{{{,...,.|||......},,)))...,,||,,..,}}}.(((((......)))))))))))),.}.))))))))(((((..........)))))......)))))))))))))))))..}})))))).))))....)))))).))))))))))))))))......},(((((........)))))..........,}},........}}}}..))))))))......)))))),,..})}}}}.)))))))))).)))....,{{(..{{....))..)))))))).))))).))).}.,....)))}).))))))..)))))))))).,)}))))))))..))))))))))...{.((((....)))).,{{{{.(((((((((.((.....)).))))}}))))..,.,,,))))).))))((((((....))))))..))).))),,)))........)).))))))))))).,..(((((((.((((,....((((..(((((((.(((((((((((((((({(({..((({{.....(((.(({{{....,}))}.)))....})))}..)))},...((((({...(((((.(((((((({{{((({.....{|||{..,(((((((((((((((,,.....,||{,....(((((((((((((((((.(((.(((........((({{{....})}..))),{(((,,,{.((((((.....))}})))..................,.(((......,)}}.....,,,,.,,.,.....,.,..)))}).....{((((.....))))).,}}},))).))).)))))))).(((((..(((........)))..)))))......))))))))){{|||,..{{{.{(({.........)))}.}}){|{{.}}}}||...........},,.}.)))}...))))).)))))).))))|{|,..........((((.(((.((.((((((.{,(({...,,)}}..)))))).)).)))))))..............((((((.((((((((,.{{.....{{.......,,},,..)).)))))))).))))))....{(((((((((((..((((,,,|(((({..{{,,..,..||,|..((((({.......(((.((((...)))).)))..,,,{({......}}}((((((..((......)}..))))))(((((......})))).))))))}}}}.)})))}..|,,||,},......||,,.,{|....,}..{||..((((,,...,}.))))...})}..(((.....((((,{((((((((......,,({{{((((.({((((((({((,(((((((....((......))...,))))}}}.{({(,(((,,.,,,..}}}||||..,{{.{,,,(((({{..({{((({....,,,(((,,,.||}{{((((({{.,,,}|.,.......,|,..}}}}}}}}}......,,,,((({{{{.}|||....(((((((((((((((((((((,(,,(({{{{,{((((((((((.......(((((({.(({...|||)})}}})|.(({,,,({{{..((((({{.{((((({{...,|||||,{{{...,||...,.,||||{,,.,{(({,{,{(((.......,.......,|,,{{...}}|,,,||||..,.||||....}}}}))))))}),,))}}.,})))}}.............|||,|,,..}}}....,,...||{(|,,{||||...|(((((|||||||||,.,|||||}.((((((((((((((((((............))))))....)))))).))))))....,||||||,||||{{.((((((............)))))).,|,(((((((............)))))))..,,{|||||,}}.,{{{,((((((..(((.(((..((((...(((((.....((((({,,....,,.....((((((.....))))))))))))))))).)))))))))))))))),,,||.,{||||||},....,,((((((,.{({((.....)).}}}...))))))})}}},.,{{{{{..,))))|{((((((((..(((({......,...{((((..(((((...,,,{((((((({...........}}}))))),)|{(((((....((((((.((.((((((.({((............(((..(((....)))...))).{{{{|...,{||,,,(((((..,.,.(((((((((,...((((((....)))))).((((......)))){((((......))))}.,((,..,,||((((((((,,,({((({{,,,,...,,,.,}..})),},))}}.)))..,))}}))))...........))))))))).(({{{,,(((((.{(((..((..((({({.(((...)))}}).}))..))....)))}.)))))..)))}..|||,........,}},......)))))....}},,}}))....,),))))))).))..)))))).....))))))}.........}))))..))}},..,(((.((((((((((..,,......,,.((((.(((((.......(({..((.(((((.(((((((..((({(,,,,,.||||}.{{{,,...,(((({(((,,,...{{{{,....,{(,,,...))),.((((((((((((((......((.{{...(((((((((((..{(....(((........)))....})...))))))).....((((((.(((((((,,,({,,,|||,,,....,.,({((,...,|||||,,,,,,,,,..((({{....,.......,}|,..,||{....,.,))}||{((((((((((({........,(((.((((..((({{..,))}}))))..))))))))))))).,||{{...,)),),).|||||,,,,,|||||,{.||||,||....((((....((((((({.{((({....))))|(((((({{((((..(({(((((({....}))...)))).))).))))))))))),.})))))))......)))).,..,)},,),}}.))))}}}))))}},)..,.......))))))).)))))).....))))...)).})......))))))...))))))))....}}}}},},,,..}))))))).||||||.,.})))},..,}}}},...,,,.,..))))))).))))).})..}},...,.(((.((((((((.(((((((..(((((((((.,{,(,,,,,,||||.....{.{(({{.{{{,(((({{....(({,.||...{||||||,,...)),))}))....||,|}}|((.((((,(((((...((((.,((({....))))}.)))))))),||||}},|}..,,{{((,,,{({{{{||||||||,|,,,|}},}.,}}}}.....,,{,...((((((........)))))),,,{({((,,...|||||||(({{((.....)))},.}}))))),))))))...}),,)}}},........((((((.(((((((.,((((((.((((.((((.(((((((((((.(((........{{,,,......((((..((((((((,,,,,........,......}}}||,,...,},,)))))))))))),}},....{{{{{{{{.....{({........}}}....}}}})))}..((((((.{(((....((((((,..,.............,..),)))))).....)))}))},)))))).))))))).))))))))..,.......,.,..........,....(((((({....)).)))))}))).)))))).,)))))))...))))))...,.................,,..,}}..))||,.....,...............((((...(({....)))...))))....)))))))))))))))).)))))))).))).,,..))))).))))....,.)))))))))).))))))))..))))))))}.(((((.{{,(((,(((...,(((((((((.......)))},}))))}..,,..,,))).))))).)))))...|||||}||||||....((((((((((({,,{{....{..(((((((((((((..........(((((...{,..........(((((.((((.....(((.((((......)))))))......))))..)))))},.)))))......,.......,,,...(((......)))((((((((((((.{(((...((((...}))).)))}.))))).)))))))..))))))))}}))))..,)))))))))))))).....,,,,{{((,({..((((({{(((((((.(((......))).)))))}|{|{.,...))))(({((((,..,,,,||||}}||||}}}}}}))),)}}}.||||||{||,|||,......|||,{,{{{|{,|}}||...,,{{{||{{||{|||||||((((((((,...,))))))))((((({(((((((..((......))..))))))).....,,,,.{,{{{{|,,|||||||,...,,)),,,,,,,))).}))}}.{((({......})))).,....,,)))))),,,((((((...{{(...(((....))).....}}})))))),,,.))),},))))))))))))).,,((((((...))))))))))))))))..|||,{,,|||||{{{(({{{{|{,.,,,.,.,,{{{|,|{{.,..,,,,,,|}},}},|{..{{{|{{..{||{||.{{{{{{......)))))),}})},)))...}}||||,.}|{{{{{{,...,,.,)}}.{((((((,...,)))))))....,,,}})}}}|.,,||||,,......,,)))}.)}..,,,.)))))))),}))))))))))))}}}....,,))))))),.||||||,....,|||,.,|||,(((((({{{{{|.{{{{,.........{((({(((((({({...}}}}|.,,......{(((({{(((....))))))))}......{(((.((......))..))))...(((((.((((((((...))).)))))))))).((((((((((((.((....)).))))))..)))))),}}}})..))))}(((((((((((.(.(((....))).)...))))))))))),||||...,}},,||||||,||{,......,,,,...}})))),}))))))))))))))))}...((({....}}}),,,.,,{{.,,||}}.......,))))))}},)))}))),,,.....)))),)})).))))))).......)))))))))))))..,..)))......{((((((,,,((((((((((((.........)))))))))))),}))))))}.))))..))))))))))...||.{{{{{{.,|,,,,.............||||||.{(((,,,,{,||},,{{||{|||,.,,,)})))))},,...(((((((((((((((.(((((((...)))))))....{(((....,}}},|||{{(({{{.{(((((((........)))))))}.{{{{{{{.....))))}))||{{|.....(((((((..((((........))))..)))))))....,,,,}}}}}}}))))))))))))))).....((((...((((.(((..((((((..,,,......||||,....{{|||,...|,}|},,,))).}}}))).....))).)))).))))}})).)))).)))))))))))..{{(((((.......))))))},,,,,,.....,,......))))))))))))))))........)))))))...)))))))).))))))),{{{{{,,{{((,((((((((((...))))))))...,||.,}}},.,,,...{{{{{{{,,.|})}}}},,,,,.....,}}}))})}..,))))|||{{,,,{,,{(,((((({{{{((({{.((((((....)))))),.((((((......)))))).(((((((....)))))))........,{{,{,.(({{(({((,...,)))}))})))})}..,,.}))))}}),,,..,}})))}.}..,}))}}}}})....||{.......)))},.,........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001282948.2 NCBI
AGUGUGCCCUAAGCCAAGUACUCGUUCUCAUUUGGGUGUCUGCACUGUU… 8691 nt 0.3884
NM_001318153.2 NCBI
AGUGUGCCCUAAGCCAAGUACUCGUUCUCAUUUGGGUGUCUGCACUGUU… 8695 nt 0.3884
NM_001318154.2 NCBI
GAGCGCCUGCCCACCCAGCGCCGCCGGAGCAGGGGCGCCGCGCCGCACC… 8428 nt 0.3932
NM_001322252.2 NCBI
AGUACUGGCCGCGGCGCGGUGGCGGCGGCUGGGCUGCCUCGGGGUCUUC… 8644 nt 0.4019
NM_001322254.2 NCBI
AGUGUGCCCUAAGCCAAGUACUCGUUCUCAUUUGGGUGUCUGCACUGUU… 8585 nt 0.3875
NM_001322258.2 NCBI
GAGCGCCUGCCCACCCAGCGCCGCCGGAGCAGGGGCGCCGCGCCGCACC… 8322 nt 0.3923
NM_032776.3 NCBI
AGUACUGGCCGCGGCGCGGUGGCGGCGGCUGGGCUGCCUCGGGGUCUUC… 8758 nt 0.4018
Summary

The protein encoded by this gene interacts with thyroid hormone receptors and contains a jumonji domain. It is a candidate histone demethylase and is thought to be a coactivator for key transcription factors. It plays a role in the DNA-damage response pathway by demethylating the mediator of DNA damage checkpoint 1 (MDC1) protein, and is required for the survival of acute myeloid leukemia. Mutations in this gene are associated with Rett syndrome and intellectual disability. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Dec 2015]

Forensic Context

A study in zebrafish and mouse demonstrated that the JMJD1C transcript, a probable JmjC domain-containing histone demethylation protein, increased in abundance at 24 hours postmortem in mouse tissues [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].