Basic Information

Symbol
JMJD6
RNA class
mRNA
Alias
Jumonji Domain Containing 6, Arginine Demethylase And Lysine Hydroxylase Phosphatidylserine Receptor KIAA0585 PTDSR1 PTDSR Bifunctional Arginine Demethylase And Lysyl-Hydroxylase JMJD6 Jumonji Domain-Containing Protein 6 Histone Arginine Demethylase JMJD6 Peptide-Lysine 5-Dioxygenase JMJD6 JmjC Domain-Containing Protein 6 Lysyl-Hydroxylase JMJD6 PSR Arginine Demethylase And Lysine Hydroxylase Jumonji Domain Containing 6 Protein PTDSR EC 1.14.11.- EC 1.14.11
Location (GRCh38)
17:76712832-76726784
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Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_015167.3
Sequence length
1621.0 nt
GC content
0.5423

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-566.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -595.69 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 455.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001081461.2 NCBI
AAAGGCGCCGGGACUGAGCGAAGGGCGUUUGGGUACUGCCGUCGCCGCC… 5226 nt 0.4935
NM_015167.3 NCBI
AAAGGCGCCGGGACUGAGCGAAGGGCGUUUGGGUACUGCCGUCGCCGCC… 1621 nt 0.5423
Summary

This gene encodes a nuclear protein with a JmjC domain. JmjC domain-containing proteins are predicted to function as protein hydroxylases or histone demethylases. This protein was first identified as a putative phosphatidylserine receptor involved in phagocytosis of apoptotic cells; however, subsequent studies have indicated that it does not directly function in the clearance of apoptotic cells, and questioned whether it is a true phosphatidylserine receptor. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that JMJD6 was part of upregulated pathways for histone demethylase and protein demethylase activity in female E7 embryos, as identified through whole transcriptomic analysis of untreated C57BL/6J embryos [Boschen et al. DOI:10.1002/Bdr2.2292].