Basic Information

Symbol
KALRN
RNA class
mRNA
Alias
Kalirin RhoGEF Kinase Kalirin TRAD DUET ARHGEF24 KALNC2 HAPIP Duo Serine/Threonine-Protein Kinase With Dbl- And Pleckstrin Homology Domain Huntingtin-Associated Protein Interacting Protein (Duo) EC 2.7.11.1 Hs.8004 Serine/Threonine Kinase With Dbl And Pleckstrin Homology Domains Huntingtin-Associated Protein-Interacting Protein Protein Duo CHDS5 CHD5 DUO
Location (GRCh38)
3:124033369-124726325
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001388419.1
Sequence length
16188.0 nt
GC content
0.4691

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-5162.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: 100000.00 kcal/mol
Frequency: inf
Diversity: 0.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001024660.5 NCBI
GCAGGCAGGCAUUUGCUUAGAGCAGGCUGUGUGCGAGCCCAGCGUCAAG… 15947 nt 0.4627
NM_001322988.2 NCBI
GCAGGCAGGCAUUUGCUUAGAGCAGGCUGUGUGCGAGCCCAGCGUCAAG… 8131 nt 0.5234
NM_001322989.2 NCBI
GCAGGCAGGCAUUUGCUUAGAGCAGGCUGUGUGCGAGCCCAGCGUCAAG… 6484 nt 0.5231
NM_001322990.2 NCBI
GCAGGCAGGCAUUUGCUUAGAGCAGGCUGUGUGCGAGCCCAGCGUCAAG… 6472 nt 0.5216
NM_001322991.2 NCBI
GCAGGCAGGCAUUUGCUUAGAGCAGGCUGUGUGCGAGCCCAGCGUCAAG… 6445 nt 0.5216
NM_001322992.2 NCBI
GCAGGCAGGCAUUUGCUUAGAGCAGGCUGUGUGCGAGCCCAGCGUCAAG… 6361 nt 0.5235
NM_001322993.2 NCBI
AGUGGCUCCCAGUAAGUCAGAGCUGCGGCCGCGGUGCGGGGAGAGCACA… 10886 nt 0.4276
NM_001322994.2 NCBI
AGUGGCUCCCAGUAAGUCAGAGCUGCGGCCGCGGUGCGGGGAGAGCACA… 3103 nt 0.5002
NM_001322995.2 NCBI
AGUGGCUCCCAGUAAGUCAGAGCUGCGGCCGCGGUGCGGGGAGAGCACA… 3079 nt 0.4992
NM_001322996.2 NCBI
AGUGGCUCCCAGUAAGUCAGAGCUGCGGCCGCGGUGCGGGGAGAGCACA… 3076 nt 0.4990
Showing 1 to 10 of 25 entries
Summary

Huntington's disease (HD), a neurodegenerative disorder characterized by loss of striatal neurons, is caused by an expansion of a polyglutamine tract in the HD protein huntingtin. This gene encodes a protein that interacts with the huntingtin-associated protein 1, which is a huntingtin binding protein that may function in vesicle trafficking. [provided by RefSeq, Apr 2016]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that methamphetamine treatment reduced hnRNP H1 binding to intron 1 of the Kalrn mRNA, which codes for the KALIRIN protein linked to cocaine outcomes and synaptic plasticity [Ruan et al. DOI:10.1016/J.Pnpbp.2025.111598]. A study in mice demonstrated that active MDMA self-administration induces specific transcriptional changes in the brain related to reinforced learning, including the upregulation of the KALRN in the dorsal raphe nucleus compared to yoked controls, as validated by qRT-PCR [Fernandez-Castillo et al. DOI:10.1111/J.1601-183X.2011.00735.X].