Basic Information

Symbol
KALRN
RNA class
mRNA
Alias
Kalirin RhoGEF Kinase Kalirin TRAD DUET ARHGEF24 KALNC2 HAPIP Duo Serine/Threonine-Protein Kinase With Dbl- And Pleckstrin Homology Domain Huntingtin-Associated Protein Interacting Protein (Duo) EC 2.7.11.1 Hs.8004 Serine/Threonine Kinase With Dbl And Pleckstrin Homology Domains Huntingtin-Associated Protein-Interacting Protein Protein Duo CHDS5 CHD5 DUO
Location (GRCh38)
3:124033369-124726325
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001388419.1
Sequence length
16188.0 nt
GC content
0.4691

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-5162.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: 100000.00 kcal/mol
Frequency: inf
Diversity: 0.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001322997.2 NCBI
AGUGGCUCCCAGUAAGUCAGAGCUGCGGCCGCGGUGCGGGGAGAGCACA… 3073 nt 0.4992
NM_001322998.2 NCBI
AGUGGCUCCCAGUAAGUCAGAGCUGCGGCCGCGGUGCGGGGAGAGCACA… 2983 nt 0.4995
NM_001322999.2 NCBI
AGUGGCUCCCAGUAAGUCAGAGCUGCGGCCGCGGUGCGGGGAGAGCACA… 2980 nt 0.4997
NM_001323000.2 NCBI
AGUGGCUCCCAGUAAGUCAGAGCUGCGGCCGCGGUGCGGGGAGAGCACA… 2980 nt 0.4993
NM_001323001.2 NCBI
AGUGGCUCCCAGUAAGUCAGAGCUGCGGCCGCGGUGCGGGGAGAGCACA… 2977 nt 0.4995
NM_001388412.1 NCBI
ACUGUUGUUGCUGGCAGAAUACGUACACCAAUGCGGACAAGCUCCUAGA… 6256 nt 0.5078
NM_001388413.1 NCBI
ACUGUUGUUGCUGGCAGAAUACGUACACCAAUGCGGACAAGCUCCUAGA… 4633 nt 0.5021
NM_001388414.1 NCBI
ACUGUUGUUGCUGGCAGAAUACGUACACCAAUGCGGACAAGCUCCUAGA… 4606 nt 0.5020
NM_001388415.1 NCBI
ACUGUUGUUGCUGGCAGAAUACGUACACCAAUGCGGACAAGCUCCUAGA… 4594 nt 0.4998
NM_001388416.1 NCBI
ACUGUUGUUGCUGGCAGAAUACGUACACCAAUGCGGACAAGCUCCUAGA… 4567 nt 0.4997
Showing 11 to 20 of 25 entries
Summary

Huntington's disease (HD), a neurodegenerative disorder characterized by loss of striatal neurons, is caused by an expansion of a polyglutamine tract in the HD protein huntingtin. This gene encodes a protein that interacts with the huntingtin-associated protein 1, which is a huntingtin binding protein that may function in vesicle trafficking. [provided by RefSeq, Apr 2016]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that methamphetamine treatment reduced hnRNP H1 binding to intron 1 of the Kalrn mRNA, which codes for the KALIRIN protein linked to cocaine outcomes and synaptic plasticity [Ruan et al. DOI:10.1016/J.Pnpbp.2025.111598]. A study in mice demonstrated that active MDMA self-administration induces specific transcriptional changes in the brain related to reinforced learning, including the upregulation of the KALRN in the dorsal raphe nucleus compared to yoked controls, as validated by qRT-PCR [Fernandez-Castillo et al. DOI:10.1111/J.1601-183X.2011.00735.X].