Basic Information

Symbol
KAT5
RNA class
mRNA
Alias
Lysine Acetyltransferase 5 TIP60 HTATIP1 ZC2HC5 HTATIP CPLA2 PLIP ESA1 Protein 2-Hydroxyisobutyryltransferase KAT5 HIV-1 Tat Interactive Protein, 60kDa Histone Acetyltransferase HTATIP Protein Crotonyltransferase KAT5 Tat Interacting Protein, 60kDa Histone Acetyltransferase KAT5 60 KDa Tat-Interactive Protein Protein Acetyltransferase KAT5 Protein Lactyltransferase KAT5 K(Lysine) Acetyltransferase 5 CPLA(2)-Interacting Protein K-Acetyltransferase 5 EC 2.3.1.48 HIV-1 Tat Interactive Protein CPLA2 Interacting Protein EC 2.3.1.- NEDFASB Tip60 TIP
Location (GRCh38)
11:65711996-65719604
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_182710.3
Sequence length
2080.0 nt
GC content
0.5779

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-792.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -831.68 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 513.49
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((((.....(((((..(((((((((((.(((...((.((((((.((((((.(((((((..((((((..(.(((...)))).)))....)))..))))))).)).((.((((((((....))))))))..)).((((....))))(((((.((((.(((((..(((((((.(((.(((.((((..((...(((((.((((((........))))..))..)))))))..)))).))).)))(((((.(((((((..........)))..)))))))))....(((....)))...(((((((..((((.(((.((((....((...(.((......)))...))..))))))))))).))))))).)))))))(((((......)))))((((((....)))))).(((.((.(......))).)))....(((((((((.((((((((..(((((.(((((...((((((.(((((........((((((...........))))))..))))).))))))....)))......(((((..((........))..)))))..((((((((........((((((((((((((((....((.(((.(((.(((............(((.(((((((...))))...)))...))))))))).)))..)).....)))......))))))))))..)))(((..(((((.(.((((((((((....)))))))..............))).)))))).))).....))))))))((((....))))....)).)))))......)))))...))).)))))))))..))))).).))))).))).)))).)))))).))))).)).))))))))).)))))..)))))...(((((((((......)))..)))))).((((((((((((((.(......).)))))))........)).)))))....))))))((((..(((((...((....))...(((((....(((...)))..)))))........(((((((..(((..........(((((((.(((.((((......)))).))).)))))))..(((.((.((.(((.(((((...........((((((......))))))(((((((((((((.((((((((((((((((((....)))))......................)))))))))(((((..((((((((((((..((((((((......))))..))))......(((((((....)))))))((((...)))))))))....((((....((((((......)))))).))))((((((((.((((.....((((....(((((((.(((((((((((....((.((((((((.(((.((.(.((((((.(.(((..(((.((.(((((.((((((((.(((....)))..(((...((..((((........)))).)).)))........))))))))............((((.......(((((.........)))))..((((((....))))))(((((...(((....)))...)))))(((.....))).((((((((((((((.(((((..(........)..).)))))))))).....)))))))))))).((((..((((.....)))))))))).))))))))...)))).))))))))).))).)))).)))))).....))))...)).)))))..))).)))))))).....)))).))))..)))).)))))))(((...((((((...)))))).)))(((((...))))).((((........)))).((((..((((((((..(((.(((((((..........))))))).))).)))..)))))..)))).....)))))...)))).))))))))).)))))))))))))).)).)))..)))..))))))).........(((((((((((((((((.(..((((............)))).).))))))))....)))))))))........)))))....)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((((((,.,,,(((((..(((((((((((.(((...((,((((((.(((({(,(((((((..((((((..{.(((...))),,)))....}))..))))))).)).|,.{(((((((....)))))))}..,,.((((....)))}{{{{(.((((,(((((..(((((((.(((.(((.((((..({.,,(((((,{{((((........))))..))..}))))))..)))).))).)))(((((.(((((((..........)))..)))))))))....(((....)))...(((((((..((((.(((.((((....{{...(.((......))}...}}..))))))))))).))))))).)))))))(((((....}}))),|((((((,,,.)))})).(((,({,((,....})},))}....(((((((((.{(((((((.,(((((.{((((...((((((.(((((,,,|,...||||||{,{{.......}}})))}.})))).))))))....))),.....(((((..{{........))..)))))..((((((((,.{{(,..{,.((((((((((({{....(({((((,,{({(((({.....,}}}},)))))|,||,..))))..{(((......)))}.,.||,...|{,...}}}..)))})))))))))).,.(((.((.((((,.{,(({(((((((....))))))).,....}}.}}.}})).)))))}))),))).,.))))))))((((....))))....}).)))))......)))))...))).))))))))).,))))).).,)))),))),)))),)))))).))))).)),,)))))))).))))).,))}}||.,(((((((((......)))..)))))).{{{{{{{{(({(((,(...,,.|,|||}}}}......},))}})}}),},}}))})){{{{,,{{{{,...((....})|,.{{{{|||||||,..,}},..}}}||.,{{,,,{(({{,.{{{{{{.,,.....,.(((((((.(((.((((......)))).))).))))))).,(((.((.((.(((.(((({..,,,.,,...{{{{{|,...,,}}})}|{((((((((((((.(((({(((((({((((((....}}}},....,,...{............))))}))}},{{{{..((((((((((((..((((((((......))))..)))),,,...(((((((....)))))))((({...}))))))))...,{(((....((((((......)))))).)))}((((((((.((((.....((((.,,,(((((({.{({((((((((...,(,.((((((((.(((.((.(.((((((.,.((({.,.{.,,.,,,,,.{(((((({.(((....)}}..((,...{{,.(((({......,)))).,},)}}.|,.....})))))))............||||}....{{(((|{.,..{{{{.,,,))}}.,||||,}}|||.||{(((,,...}|}}}}.,|}|,{|||||(((.....))).(((((((({{({((,(((((.....,,....,.,}.}})))}}))),.,..)))))))){{,,.{{||..((((.....)))))))))}.}}|||||,..,)))).))))))}))}))).)))).)))),,.,}..))))..))),,,))),,))}.)}}})))).....)))).)))}.,)))).)))))))(((...((((((...)))))).)))(((((...))))).((((........)))).{(((..((((((((..(((.(((((((..........))))))).))).)))..)))))..)))),,,,,))),),,.)))).))))))))).)))))))))))))).)).)))..{{{{{{|,||....,}.)))}|||((((((((((((((.{..(((({.{,....,,.})))).}.))))))))....))))))))}}}},,.,})}}))}.}.)))).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001206833.2 NCBI
AGUGGAGGGAGGGAAGAUGGCGGAGGUGGUGAGUCCGGUGCCCGGGGCG… 1924 nt 0.5691
NM_006388.4 NCBI
AGUGGAGGGAGGGAAGAUGGCGGAGGUGGGGGAGAUAAUCGAGGGCUGC… 1981 nt 0.5684
NM_182709.3 NCBI
AGUGGAGGGAGGGAAGAUGGCGGAGGUGGGGGAGAUAAUCGAGGGCUGC… 1825 nt 0.5584
NM_182710.3 NCBI
AGUGGAGGGAGGGAAGAUGGCGGAGGUGGUGAGUCCGGUGCCCGGGGCG… 2080 nt 0.5779
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the MYST family of histone acetyl transferases (HATs) and was originally isolated as an HIV-1 TAT-interactive protein. HATs play important roles in regulating chromatin remodeling, transcription and other nuclear processes by acetylating histone and nonhistone proteins. This protein is a histone acetylase that has a role in DNA repair and apoptosis and is thought to play an important role in signal transduction. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the KAT5 is expressed higher in microglia compared to monocyte-derived macrophages after spinal cord injury [Stewart et al. DOI:10.1186/s12974-021-02161-8]. In a human forensic autopsy case of fatal anaphylactic shock, RNA sequencing identified the KAT5 as an upregulated downstream mediator within the FcεRI signaling pathway [Nakao et al. DOI:10.1016/j.legalmed.2025.102772].