Basic Information
Symbol
KCNAB1
RNA class
mRNA
Alias
Potassium Voltage-Gated Channel Subfamily A Regulatory Beta Subunit 1
KCNA1B
HKvBeta3
AKR6A3
Kvb1.3
HKvb3
Potassium Voltage-Gated Channel Subfamily A Member Regulatory Beta Subunit 1
Potassium Voltage-Gated Channel, Shaker-Related Subfamily, Beta Member 1
Voltage-Gated Potassium Channel Subunit Beta-1
K(+) Channel Subunit Beta-1
K+ Channel Beta1a Chain
Potassium Channel, Voltage Gated Subfamily A Regulatory Beta Subunit 1
Potassium Channel Shaker Chain Beta 1a
Potassium Channel Beta3 Subunit
Potassium Channel Beta 3 Chain
EC 1.1.1.-
KV-BETA-1
Kv-Beta-1
Location (GRCh38)
3:156037701-156538756
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
Sudden cardiac death diagnosis
MANE select
Transcript ID
NM_172160.3
Sequence length
3152.0 nt
GC content
0.4074
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-867.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-935.80 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
748.44
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGAAAAAUCAAUUCAGAUUACUUUGAUGACAGUGACUUCCAGUCUUCUC… | 3242 nt | 0.3970 | |
| AGUUCCAACUGUUGUGCUGCAGCAGAUUUGGUCUGAGUCUGGGCAGAGC… | 3995 nt | 0.4370 | |
| AUGCACAGGCCUGGGCAGGGACACACAACCAACAGCUCUGUCGGGAACU… | 3835 nt | 0.3911 | |
| AAUUCACUGGCGUGUUCCGCGGCAUAAGCACCCCCUCUCUGCCUUCCCC… | 4518 nt | 0.4312 | |
| AGUGACUUCCAGUCUUCUCUGAAAGAUCUCCACGAUGCUGGCAGCCCGG… | 3152 nt | 0.4074 |
Summary
Potassium channels represent the most complex class of voltage-gated ion channels from both functional and structural standpoints. Their diverse functions include regulating neurotransmitter release, heart rate, insulin secretion, neuronal excitability, epithelial electrolyte transport, smooth muscle contraction, and cell volume. Four sequence-related potassium channel genes - shaker, shaw, shab, and shal - have been identified in Drosophila, and each has been shown to have human homolog(s). This gene encodes a member of the potassium channel, voltage-gated, shaker-related subfamily. This member includes distinct isoforms which are encoded by alternatively spliced transcript variants of this gene. Some of these isoforms are beta subunits, which form heteromultimeric complexes with alpha subunits and modulate the activity of the pore-forming alpha subunits. [provided by RefSeq, Apr 2015]
Forensic Context
A study in mice demonstrated that selection for ethanol preference significantly altered gene expression networks in the nucleus accumbens shell, with the KCNAB1 identified as part of a group of differentially variable genes associated with signaling receptor activity [Colville et al. DOI:10.1111/Gbb.12367]. In human myocardium, transcriptomic profiling at sudden death revealed the KCNAB1 was up-regulated in female arrhythmic deaths compared to males, indicating sex-specific ion-channel dysregulation as part of the acute vulnerable substrate for fatal arrhythmias [Caudal et al. DOI:10.1016/j.jacep.2024.08.013].