Basic Information

Symbol
KCNC1
RNA class
mRNA
Alias
Potassium Voltage-Gated Channel Subfamily C Member 1 Kv3.1 Potassium Channel, Voltage Gated Shaw Related Subfamily C, Member 1 Voltage-Gated Potassium Channel Subunit Kv4 Voltage-Gated Potassium Channel KCNC1 NGK2 Potassium Voltage-Gated Channel, Shaw-Related Subfamily, Member 1 Voltage-Gated Potassium Channel Protein KV3.1 Voltage-Gated Potassium Channel Subunit Kv3.1 EPM7 KV4
Location (GRCh38)
11:17734774-17856804
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001112741.2
Sequence length
4303.0 nt
GC content
0.6024

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1735.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1809.22 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1275.56
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001112741.2 NCBI
GACCGCGCGAACGAGCAGGCGACGGGCGAGCAGCAAGCGGAGCAGCAGC… 4303 nt 0.6024
NM_004976.4 NCBI
GGCGGCCGCUCCCAUGGGUGUCGCUGGGCCGCGCCAUGCCUAAGGGGGC… 6807 nt 0.5869
Summary

This gene encodes a member of a family of integral membrane proteins that mediate the voltage-dependent potassium ion permeability of excitable membranes. Alternative splicing is thought to result in two transcript variants encoding isoforms that differ at their C-termini. These isoforms have had conflicting names in the literature: the longer isoform has been called both "b" and "alpha", while the shorter isoform has been called both "a" and "beta" (PMIDs 1432046, 12091563). [provided by RefSeq, Oct 2014]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the KCNC1 gene, a potassium channel, showed marked downregulation in spinal cord tissue following contusion injury, with its expression decreasing as a function of increasing injury severity, a finding that was validated by RT-PCR [De Biase et al. DOI:10.1152/physiolgenomics.00081.2005].