Basic Information

Symbol
KCNC2
RNA class
mRNA
Alias
Potassium Voltage-Gated Channel Subfamily C Member 2 Kv3.2 Potassium Channel, Voltage Gated Shaw Related Subfamily C, Member 2 Potassium Voltage-Gated Channel, Shaw-Related Subfamily, Member 2 Voltage-Gated Potassium Channel KCNC2 Voltage-Gated Potassium Channel Kv3.2 Shaw-Like Potassium Channel DEE103
Location (GRCh38)
12:75040077-75209839
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_139137.4
Sequence length
5596.0 nt
GC content
0.4514

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1709.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1816.34 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1515.34
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001260497.2 NCBI
AGAAGCUCCAGAGAGGGUGGAGACAGAGCUUCACGGAAGAAAAAUAUGU… 6168 nt 0.4360
NM_001260498.2 NCBI
AGAAGCUCCAGAGAGGGUGGAGACAGAGCUUCACGGAAGAAAAAUAUGU… 3561 nt 0.4912
NM_001260499.2 NCBI
AGAAGCUCCAGAGAGGGUGGAGACAGAGCUUCACGGAAGAAAAAUAUGU… 5431 nt 0.4498
NM_001414192.1 NCBI
AGUCAUGUCUGAGUCACAGAGAUGGGCAAGAUCGAGAACAACGAGAGGG… 4965 nt 0.4306
NM_001414193.1 NCBI
AGAAGCUCCAGAGAGGGUGGAGACAGAGCUUCACGGAAGAAAAAUAUGU… 5557 nt 0.4511
NM_001414194.1 NCBI
AGAAGCUCCAGAGAGGGUGGAGACAGAGCUUCACGGAAGAAAAAUAUGU… 5545 nt 0.4505
NM_001414195.1 NCBI
AGUCAUGUCUGAGUCACAGAGAUGGGCAAGAUCGAGAACAACGAGAGGG… 3267 nt 0.4549
NM_001414196.1 NCBI
AGUCAUGUCUGAGUCACAGAGAUGGGCAAGAUCGAGAACAACGAGAGGG… 3025 nt 0.4638
NM_001414197.1 NCBI
AGAAGCUCCAGAGAGGGUGGAGACAGAGCUUCACGGAAGAAAAAUAUGU… 6150 nt 0.4328
NM_001414198.1 NCBI
AGAAGCUCCAGAGAGGGUGGAGACAGAGCUUCACGGAAGAAAAAUAUGU… 6117 nt 0.4350
Showing 1 to 10 of 17 entries
Summary

The Shaker gene family of Drosophila encodes components of voltage-gated potassium channels and is comprised of four subfamilies. Based on sequence similarity, this gene is similar to one of these subfamilies, namely the Shaw subfamily. The protein encoded by this gene belongs to the delayed rectifier class of channel proteins and is an integral membrane protein that mediates the voltage-dependent potassium ion permeability of excitable membranes. Several transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, May 2012]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the KCNC2 gene, a neuronal-specific potassium channel, showed marked downregulation in spinal cord tissue following contusion injury, with its expression decreasing as a function of increasing injury severity [De Biase et al. DOI:10.1152/physiolgenomics.00081.2005]. A study in mice demonstrated that the KCNC2 was identified as a differentially wired gene in the prefrontal cortex of animals selectively bred for high versus low voluntary methamphetamine intake, indicating its involvement in the transcriptomic basis of addiction risk in the absence of drug exposure [Hitzemann et al. DOI:10.3390/brainsci9070155].