Basic Information

Symbol
KCNJ13
RNA class
mRNA
Alias
Potassium Inwardly Rectifying Channel Subfamily J Member 13 Kir7.1 Kir1.4 LCA16 Inward Rectifier Potassium Channel 13 Inward Rectifier K(+) Channel Kir7.1 Potassium Inwardly-Rectifying Channel, Subfamily J, Member 13 Potassium Channel, Inwardly Rectifying Subfamily J, Member 13 Potassium Channel, Inwardly Rectifying Subfamily J Member 13 Potassium Voltage-Gated Channel Subfamily J Member 13 SVD
Location (GRCh38)
2:232765802-232776565
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002242.4
Sequence length
3609.0 nt
GC content
0.3749

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-844.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -918.98 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 831.53
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001172416.1 NCBI
AGUCCAAGAAGAGAACCUACAAACUAGACUUGUAGAUUAAAAUUAUCUG… 3373 nt 0.3685
NM_001172417.1 NCBI
AGUCCAAGAAGAGAACCUACAAACUAGACUUGUAGAUUAAAAUUAUCUG… 3376 nt 0.3682
NM_002242.4 NCBI
AGUCCAAGAAGAGAACCUACAAACUAGACUUGUAGAUUAAAAUUAUCUG… 3609 nt 0.3749
Summary

This gene encodes a member of the inwardly rectifying potassium channel family of proteins. Members of this family form ion channel pores that allow potassium ions to pass into a cell. The encoded protein belongs to a subfamily of low signal channel conductance proteins that have a low dependence on potassium concentration. Mutations in this gene are associated with snowflake vitreoretinal degeneration. Alternate splicing results in multiple transcript variants.[provided by RefSeq, Feb 2010]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that acute ethanol exposure decreased mRNA levels of the KCNJ13 in the amygdala, a change validated by qPCR [Krishnan et al. DOI:10.1038/S41380-022-01732-2].