Basic Information

Symbol
KCNJ5
RNA class
mRNA
Alias
Potassium Inwardly Rectifying Channel Subfamily J Member 5 GIRK4 CIR G Protein-Activated Inward Rectifier Potassium Channel 4 Kir3.4 KATP1 LQT13 Heart KATP Channel IRK-4 Potassium Inwardly-Rectifying Channel, Subfamily J, Member 5 Potassium Channel, Inwardly Rectifying Subfamily J, Member 5 Potassium Channel, Inwardly Rectifying Subfamily J Member 5 Potassium Voltage-Gated Channel Subfamily J Member 5 Cardiac ATP-Sensitive Potassium Channel Inward Rectifier K(+) Channel Kir3.4 Inward Rectifier K+ Channel KIR3.4 Cardiac Inward Rectifier GIRK-4 KATP-1
Location (GRCh38)
11:128890453-128921163
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000890.5
Sequence length
6068.0 nt
GC content
0.5491

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2424.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2532.42 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1298.18
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000890.5 NCBI
AUUUGUACCAGGGACGGAGGGAGAGAGGAGAGGGAGGAGGGGACACACA… 6068 nt 0.5491
NM_001354169.2 NCBI
AUUUGUACCAGGGACGGAGGGAGAGAGGAGAGGGAGGAGGGGACACACA… 6157 nt 0.5493
Summary

This gene encodes an integral membrane protein which belongs to one of seven subfamilies of inward-rectifier potassium channel proteins called potassium channel subfamily J. The encoded protein is a subunit of the potassium channel which is homotetrameric. It is controlled by G-proteins and has a greater tendency to allow potassium to flow into a cell rather than out of a cell. Naturally occurring mutations in this gene are associated with aldosterone-producing adenomas. [provided by RefSeq, Aug 2017]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the KCNJ5 was down-regulated in left ventricular myocardium from autopsy-defined arrhythmic sudden deaths compared to nonarrhythmic sudden deaths [Caudal et al. DOI:10.1016/j.jacep.2024.08.013]. This differential expression was part of a broader transcriptomic signature involving dysregulation of ion transport genes, specifically identifying the KCNJ5 as a potassium channel gene with lower expression in the arrhythmic cohort.