Basic Information

Symbol
KCNJ6
RNA class
mRNA
Alias
Potassium Inwardly Rectifying Channel Subfamily J Member 6 GIRK2 KATP2 BIR1 G Protein-Activated Inward Rectifier Potassium Channel 2 HiGIRK2 Kir3.2 KCNJ7 Inward Rectifier K(+) Channel Kir3.2 GIRK-2 KATP-2 Potassium Inwardly-Rectifying Channel, Subfamily J, Member 6 Potassium Channel, Inwardly Rectifying Subfamily J, Member 6 Potassium Channel, Inwardly Rectifying Subfamily J Member 6 Potassium Voltage-Gated Channel Subfamily J Member 6 Inward Rectifier Potassium Channel KIR3.2 KPLBS
Location (GRCh38)
21:37607373-38121345
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002240.5
Sequence length
19659.0 nt
GC content
0.4136

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-5517.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -5896.23 kcal/mol
Frequency: 2.54498e-267
Diversity: 4312.50
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_002240.5 NCBI
GCUUUUAUCUCGGAGCCGCGUCGCUUCGUGCGCUGCCAGCGGGGCUCAG… 19659 nt 0.4136
Summary

This gene encodes a member of the G protein-coupled inwardly-rectifying potassium channel family of inward rectifier potassium channels. This type of potassium channel allows a greater flow of potassium into the cell than out of it. These proteins modulate many physiological processes, including heart rate in cardiac cells and circuit activity in neuronal cells, through G-protein coupled receptor stimulation. Mutations in this gene are associated with Keppen-Lubinsky Syndrome, a rare condition characterized by severe developmental delay, facial dysmorphism, and intellectual disability. [provided by RefSeq, Apr 2015]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that blast wave exposure induced time- and intensity-dependent changes in mRNA expression for vascular wound healing and inflammatory markers, including the KCNJ6 which showed a transient increase at 2 hours after a 5 psi blast, and an earlier, greater, and sustained up-regulation after a 10–11 psi exposure [Balaban et al. DOI:10.1016/j.jneumeth.2016.02.001]. A study in mice demonstrated that the KCNJ6 is a differentially wired gene in the prefrontal cortex of selectively bred lines with high versus low risk for voluntary methamphetamine intake, indicating its involvement in brain reward circuitry associated with addiction risk [Hitzemann et al. DOI:10.3390/brainsci9070155].