Basic Information

Symbol
KCNMA1
RNA class
mRNA
Alias
Potassium Calcium-Activated Channel Subfamily M Alpha 1 KCa1.1 MSLO1 SLO Potassium Large Conductance Calcium-Activated Channel, Subfamily M, Alpha Member 1 Potassium Channel, Calcium Activated Large Conductance Subfamily M Alpha, Member 1 Calcium-Activated Potassium Channel, Subfamily M Subunit Alpha-1 Calcium-Activated Potassium Channel Subunit Alpha-1 Big Potassium Channel Alpha Subunit BK Channel Alpha Subunit Slowpoke Homolog K(VCA)Alpha Slo Homolog MaxiK HSlo Stretch-Activated Kca Channel Maxi-K Channel HSLO BKCA Alpha Subunit Maxi K Channel MaxiK Channel BA205K10.1 BK Channel BKCA Alpha SLO-ALPHA Slo-Alpha CADEDS IEG16 LIWAS PNKD3 SAKCA KCNMA BKTM SLO1 Slo1
Location (GRCh38)
10:76869601-77638369
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001161352.2
Sequence length
6261.0 nt
GC content
0.4608

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1982.54 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2098.58 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1296.85
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001014797.3 NCBI
GCACAGCGCCCCGAGCCCAGGCGCCUCCCCGCCCCCCUCCCGCGCUCCG… 11982 nt 0.4391
NM_001161352.2 NCBI
GCACAGCGCCCCGAGCCCAGGCGCCUCCCCGCCCCCCUCCCGCGCUCCG… 6261 nt 0.4608
NM_001161353.2 NCBI
GCACAGCGCCCCGAGCCCAGGCGCCUCCCCGCCCCCCUCCCGCGCUCCG… 6210 nt 0.4589
NM_001271518.2 NCBI
GCACAGCGCCCCGAGCCCAGGCGCCUCCCCGCCCCCCUCCCGCGCUCCG… 11820 nt 0.4370
NM_001271519.2 NCBI
GCACAGCGCCCCGAGCCCAGGCGCCUCCCCGCCCCCCUCCCGCGCUCCG… 6177 nt 0.4585
NM_001271520.2 NCBI
GCACAGCGCCCCGAGCCCAGGCGCCUCCCCGCCCCCCUCCCGCGCUCCG… 1352 nt 0.6309
NM_001271521.2 NCBI
GCACAGCGCCCCGAGCCCAGGCGCCUCCCCGCCCCCCUCCCGCGCUCCG… 915 nt 0.6361
NM_001271522.2 NCBI
GCACAGCGCCCCGAGCCCAGGCGCCUCCCCGCCCCCCUCCCGCGCUCCG… 2950 nt 0.4953
NM_001322829.2 NCBI
GCACAGCGCCCCGAGCCCAGGCGCCUCCCCGCCCCCCUCCCGCGCUCCG… 11976 nt 0.4386
NM_001322830.2 NCBI
GCACAGCGCCCCGAGCCCAGGCGCCUCCCCGCCCCCCUCCCGCGCUCCG… 12072 nt 0.4388
Showing 1 to 10 of 18 entries
Summary

This gene encodes the alpha subunit of calcium-activated BK channel. The encoded protein is involved in several physiological processes including smooth muscle contraction, neurotransmitter release and neuronal excitability. Mutations in this gene are associated with a spectrum of neurological disorders including Paroxysmal Nonkinesigenic Dyskinesia 3, Idiopathic Generalized Epilepsy 16 and Liang-Wang syndrome. [provided by RefSeq, Aug 2022]

Forensic Context

A study in human cardiac tissue from ischemic cardiomyopathy patients demonstrated that the KCNMA1 is upregulated in fibroblasts and its expression correlates with fibrosis [Simonson et al. DOI:10.1016/j.celrep.2023.112086].