Basic Information

Symbol
KCNN3
RNA class
mRNA
Alias
Potassium Calcium-Activated Channel Subfamily N Member 3 KCa2.3 SKCA3 HSK3 Potassium Channel, Calcium Activated Intermediate/Small Conductance Subfamily N Alpha, Member 3 Potassium Intermediate/Small Conductance Calcium-Activated Channel, Subfamily N, Member 3 Small Conductance Calcium-Activated Potassium Channel Protein 3 Small Conductance Calcium-Activated Potassium Channel 3 SKCa 3 SK3 SKCa3 ZLS3 K3
Location (GRCh38)
1:154697455-154870281
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002249.6
Sequence length
13034.0 nt
GC content
0.4430

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-4033.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -4269.29 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 3062.24
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001204087.2 NCBI
AUUGAGCCAGCGAGGAGUGAAGCUGAGCCUGGCCUCACACGCUCCUAGA… 13079 nt 0.4434
NM_001365837.1 NCBI
CCGGAUGGAGAACAGCAGGCACUGGCUUUAGCGGGGAGCUGGCCCCACU… 11944 nt 0.4282
NM_001365838.1 NCBI
CCGGAUGGAGAACAGCAGGCACUGGCUUUAGCGGGGAGCUGGCCCCACU… 11899 nt 0.4278
NM_002249.6 NCBI
AUUGAGCCAGCGAGGAGUGAAGCUGAGCCUGGCCUCACACGCUCCUAGA… 13034 nt 0.4430
NM_170782.3 NCBI
AAAGGACAGGAGUGCUGCUCAGUGUCAAAUUAACAGGAAAGUCAGCUUA… 11966 nt 0.4263
Summary

Action potentials in vertebrate neurons are followed by an afterhyperpolarization (AHP) that may persist for several seconds and may have profound consequences for the firing pattern of the neuron. Each component of the AHP is kinetically distinct and is mediated by different calcium-activated potassium channels. This gene belongs to the KCNN family of potassium channels. It encodes an integral membrane protein that forms a voltage-independent calcium-activated channel, which is thought to regulate neuronal excitability by contributing to the slow component of synaptic AHP. This gene contains two CAG repeat regions in the coding sequence. It was thought that expansion of one or both of these repeats could lead to an increased susceptibility to schizophrenia or bipolar disorder, but studies indicate that this is probably not the case. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Feb 2011]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that transcriptomic profiling of left ventricular myocardium at autopsy identified the KCNN3 as a potassium channel gene up-regulated in cases of arrhythmic sudden death compared to nonarrhythmic deaths, indicating its role in the dysregulation of ion transport that characterizes the acute vulnerable substrate for fatal arrhythmias [Caudal et al. DOI:10.1016/j.jacep.2024.08.013].