Basic Information

Symbol
KCNQ5
RNA class
mRNA
Alias
Potassium Voltage-Gated Channel Subfamily Q Member 5 Kv7.5 Potassium Channel, Voltage Gated KQT-Like Subfamily Q, Member 5 Potassium Voltage-Gated Channel Subfamily KQT Member 5 Voltage-Gated Potassium Channel Subunit Kv7.5 Potassium Channel Subunit Alpha KvLQT5 KQT-Like 5 Potassium Voltage-Gated Channel, KQT-Like Subfamily, Member 5 Potassium Channel Protein MRD46
Location (GRCh38)
6:72621792-73198853
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden death from CNS diseases
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_019842.4
Sequence length
6364.0 nt
GC content
0.4414

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1826.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1944.11 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1542.64
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001160130.2 NCBI
AGAGGUCUCUGGCUGGCGGGCGCCCCGUCGGCCGCCGGCUUCCUCCUUG… 6337 nt 0.4412
NM_001160132.2 NCBI
AGAGGUCUCUGGCUGGCGGGCGCCCCGUCGGCCGCCGGCUUCCUCCUUG… 6394 nt 0.4410
NM_001160133.2 NCBI
AGAGGUCUCUGGCUGGCGGGCGCCCCGUCGGCCGCCGGCUUCCUCCUUG… 6421 nt 0.4412
NM_001160134.2 NCBI
AGAGGUCUCUGGCUGGCGGGCGCCCCGUCGGCCGCCGGCUUCCUCCUUG… 6034 nt 0.4364
NM_019842.4 NCBI
AGAGGUCUCUGGCUGGCGGGCGCCCCGUCGGCCGCCGGCUUCCUCCUUG… 6364 nt 0.4414
Summary

This gene is a member of the KCNQ potassium channel gene family that is differentially expressed in subregions of the brain and in skeletal muscle. The protein encoded by this gene yields currents that activate slowly with depolarization and can form heteromeric channels with the protein encoded by the KCNQ3 gene. Currents expressed from this protein have voltage dependences and inhibitor sensitivities in common with M-currents. They are also inhibited by M1 muscarinic receptor activation. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, May 2009]

Forensic Context

A study in human traumatic brain injury (TBI) patients demonstrated that the KCNQ5 appears in the Cholinergic synapse KEGG pathway among the differentially expressed mRNAs identified via microarray analysis [Yang et al. DOI:10.4103/1673-5374.247467].