Basic Information

Symbol
KCNS1
RNA class
mRNA
Alias
Potassium Voltage-Gated Channel Modifier Subfamily S Member 1 Kv9.1 Potassium Voltage-Gated Channel, Delayed-Rectifier, Subfamily S, Member 1 Delayed-Rectifier Potassium Channel Regulatory Subunit KCNS1 Delayed-Rectifier Potassium Channel Subunit Kv9.1 Delayed-Rectifier K(+) Channel Alpha Subunit 1 HKv9.1 Potassium Voltage-Gated Channel, Modifier Subfamily S, Member 1 Potassium Voltage-Gated Channel Subfamily S Member 1 Voltage-Gated Potassium Channel Subunit Kv9.1
Location (GRCh38)
20:45091214-45101127
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001322799.2
Sequence length
5447.0 nt
GC content
0.5412

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2095.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2188.56 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1272.45
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001322799.2 NCBI
CUCACUCCCUCCUCCGGCAGCGAUCGAUGCGGCCUUCAGCCGCGGGGGA… 5447 nt 0.5412
NM_002251.5 NCBI
CUCACUCCCUCCUCCGGCAGCGAUCGAUGCGGCCUUCAGCCGCGGGGGA… 5649 nt 0.5401
Summary

Voltage-gated potassium channels form the largest and most diversified class of ion channels and are present in both excitable and nonexcitable cells. Their main functions are associated with the regulation of the resting membrane potential and the control of the shape and frequency of action potentials. The alpha subunits are of 2 types: those that are functional by themselves and those that are electrically silent but capable of modulating the activity of specific functional alpha subunits. The protein encoded by this gene is not functional by itself but can form heteromultimers with member 1 and with member 2 (and possibly other members) of the Shab-related subfamily of potassium voltage-gated channel proteins. This gene belongs to the S subfamily of the potassium channel family. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the KCNS1 was significantly downregulated (0.06-fold) in injured dorsal root ganglia six days after spinal nerve ligation, as identified through whole transcriptome RNA sequencing and validated by quantitative real-time PCR [Wu et al. DOI:10.1177/1744806916629048].