Basic Information

Symbol
KCNT1
RNA class
mRNA
Alias
Potassium Sodium-Activated Channel Subfamily T Member 1 KCa4.1 Slo2.2 SLACK KIAA1422 Sodium And Chloride-Activated ATP-Sensitive Potassium Channel Slo2.2 Potassium Channel, Sodium Activated Subfamily T, Member 1 Sequence Like A Calcium-Activated K+ Channel Potassium Channel, Subfamily T, Member 1 Potassium Channel Subfamily T Member 1 KNa1.1 BA100C15.2 EIEE14 DEE14 ENFL5
Location (GRCh38)
9:135702185-135795508
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_020822.3
Sequence length
7123.0 nt
GC content
0.6097

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3064.47 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3170.46 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1785.60
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((..(((((((.((((..((.((...)).))..)))))))))))((.(((((((.(((.((.((((((((.((..(((((...(((((......)))))))))).)).)))(((((((((((((((((((((..((((...((((((.(((..(((((....((((...(((...(((((.(((...((((.(....).))))))))))))....))).))))))))).....)))...))..)))).))))..)))))))))).))))).....)))))))).))))).))).))..))))).)).........((.((((((((((.(((((((((((.((....)))))))........((((((((....))))))))(((((..........))).))...((((((..((((((.....((((.....))))..((((((((.((((.((...(((((((((.....))((((((.((((....))))))))))..((((((((((....(((((((.............(((((((.....)))).)))....((((((...(((((((..((.......((((((.(((.((....)))))))))))((((((.((.((......(((((((..(((((((((((((....((((((....(((...((((((((((((...(((((((((.((...(((.(((.(((((...............))))).))).))).....)).)))....)))))).)))))).............(((((.(((((((((((..(((((((.(((((..(((.....)))..))))).))))......))))).).))))))))...))))).))))))(((..((((((.(((((...(((((((((((((....)))))....((.(((.((((((.(((((((((((.((((((((((.(((...((..((..(((....((((((((...((((((...((((...))))....))))))(((((((...(((((((((((((((....)).))))))))....))))))))))))(((((.(.(((.......))).).))))).(((((((((....))))).)))).)))))))).(((((((.(((((((..(((((.((((............))))))))).))))).))..)))))))..(((.......)))...)))..))..))))).))))).))))).)))...)))))))).......((((((((..((((.(((((.((((...((((.....(((((((((((((((.(((((((.(((......))).)))..)))).....)))))))))))..........((((...(((.(((.((((.((((.....((((((.(((((((((....((((((((((((....(((((.(.(((....))).).)))))......))))))....((((((.(((.(((.....((........))..))).)))))))))........((.(((((.....))))).))......))))))....((((.(((((.(((((.(((...(((((((.((((((.((......))..((((((((.(((.(((.(((((......((((.((.((....)).))))))....)))))...)))))).)))).)))).((((((((........))))))))))))))....))))))))))..((((.(((((((.....(((((((((.((....))..)).)))))))))))))).))))))))))))))))))..)))))).))).)...(((...((((.(..(((((((..............)))))))..)))))))))))))...)))).)))))))...)))..))))(((((...............)))))(((((...(((((((.(((((..((..........)).))))).)))))))))))).((((((((((((.((....)).)))))..)))))))..)))).....))))..)))).)))))))))))))))))....((((((((........((((((...((((.(((((((.(((((((.((((((..((.((((((...(((((((((.(..((((.....((((((((.........((((((((((...(((((......(((((((..(((......)))....)))))))..)))))...)))))).))))..))))))))....))))..).)))))))))..((((.((.(.((((...)))).)))))))(((.......)))..............)))))).)).)))))).)....))))))..))))))))))))))))).....((((((.(((......)))(((((((((((..((((....)))).........((((....(((((((....))))))).))))....))).))....)))))).((((((((((((((..........(((.(((.(.((((((......))).))).)))).))).....((((.(.............((((((........))))))(((((........))))).((((((((((..((.(((((((((((((((((((((.(((..........(((.....)))(((((((((.....((......)).((((.((.(.((((((((((((((((.(((....(((....)))..))).).).))))))...)).)))))).).)))))).)))))))))((((((((((((.((((((.......(((((((((.((((..((((..(((..((((.(((((.((((((((............)))))))).))))).)))))))..((((((.....((.(((((((((.((.(((((((((((((((.((((((((....)))))))).)).(((((.....(((((((....)))))))...((((....)))).(((((....)))))((((((........))))))(((((((((....)))))..........))))(((((.((((((......)))...(((((((((((.......(((((((((((((((((((((((((...(((((..(((........(((.(...(((...((((.....))))....))).)))))))..)))))....))))))))))..).)))))))(((((......)))))..((((..((((((....))))))..))))((((((((((....))))....((((((.....)))))))))).))..))))))).((((((((...(((......))).))))))))...)))))).).))))..)))))))).))))))).)))).))))))))).)))).))))).))(((((.((((((............))))))))).))))))))(((((...)))))))))..)))).)))))))))((((((((((.((((((((((((........(((((..(((....(((......))).....))).)))))..((((((.((((.((.((((((((...))))......((((...(((((.((((((..(((((.((((...((((((.(.(((((((((.((.((...((.(((((((((.....))))(((((..((.............)))))))....)))))))...)).)).)))...))))))).))))))..)))).)))(((((.....)))))..)).)))))).))))))))).(((((...(((.(((..((.......))..))).))).)))))..((((((((((......))).....))))))))))).)))))).))))))((((.(((((.((.(((...((((((..(((((((((.(((....))))).......((((....(((.((..((.(((........))).)))).)))...))))....(((((((((...(((((..(.(((...))))..)))))....)))).))))).((((.((..(..(((((.(((((((((...((((..(((........)))....))))...))))).....)))).)))))..).)).)))).(((((.((.......)))))))..)))))))..))))))))).))(((((((((...(((((.......(((.((.(((((((((.(..((((((((((((((.((((((((..(.(((.((....))..))).)..)))))))).)))))((((..((.(((...(((((((((((((((((((((.(((..(((((((.(((.......))).)).)))))..)))((((((.(((((......((((.((((((.......((.(((((((..(((...(((((((...((((.(..(((((((.(((....))).)))))))..).)))))))))))..)))....................((((.(((((...))))).))))......))))))).)).)))))))))).(((((((.((.....)).))))))).(((.((((.(((....)))...)))).))).))))).))))))(((((..((.(((......))).))))))).))))...............))))))))))(((((((((((.((.....(......).....)))))))))))))...)))))))....))).))..))))......((((((...))).)))...))))))))).)))).)))))).))))))))))....))))))))).((((((((((((..((((........))))....))))).)))))))...))))))))).((((((...)))))).....))).))))))))))))))))).))...)))))).))...)))))))).)).....))).)))...))))).))))).)))))..))).))..))))))).)))).))))..))))))))))))))....(((....))).((((((((((((((...((((((((((((((((...(((((((.((.(((((((.(((....)))))))))).(.((((((((.(((...)))..)))).)))).)....((.((....))))..)).))))))).)))))))))).))))..))...).))))))))))))).(((((.(((((((((((((((.....(((..(((((.(((((((...(((((((..(..((((.(.((((.((.((......)))))))).).))))..)..))))))))))).))).)))))..))))))))))..)))))).............(((((((((.(.(((((((.(..(((.......(((((((.((((.(......).)))).)))))))...))).).))))))).).))))))))).......(((....))).((((...))))....)).)))))))))))))))))))))))))..)))))(((((.((((.((((((.((((.....(((.....)))....)))))))))).)))).)))))))))))))..)))))))))))..))).........)))....))))))...))))))))))(((((....(((.((((((((((((...((((.((((((((((........(((..(((.(((((.(((((.(((.((....))(((((....))))).(((((((...(((..(......)..)))..)))))))))).)))))))))))))..)))....(((((..((((((......))))))..))))).))))))))))..))))(((((........))))).((((((((((((((.....))))..))))))).))).(((((.((((.....)))).))))).....))))))).))))).)))...)))))..........)))..))))))))).)).)))))).(((((((((....)))))..))))(((((.((((((.....))))))))))).))..)))))))))).)))((((((((((..........))))))))))..(((((((((((.((....)).)((((.(((((((((((.(((.............))))))))...)))))).)))).(((((((.....((((..(((.......)))..)))).....))))))).......))))))))))((((((((........((((((.(((.(((((..(((.....)))....))))).)))))))))))))))))...))))))).....(((....))).....))))))))))..)))))))...))...)))).)))))))).........))))))))))))))))))(((.((((((((((((((..((((((..((((.......))))..(((((....(((.....)))..)))))((((......))))..(((((......))))).((...((((((.((((((........((((((....)))))).((((((((.((((....)))))))))))).........(((((((((.(((.....((((...(((.((((((((((...............................)))))))))).))).)))).)))))))))))).((((...((((((....))))))(((..((((((.....))))))..))))))).(((((........))))).))))))...))))))...))((((((((......(((((............((((.......)))).))))))))))))).)))).))....))))))).)).))))))))((((((.(((((((..((.(.((.((((((........)))))))).).)).))))))).)))))).......).)))))))))))...........................................))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((({.(((((({{(((({{((.{,...)),)}..)))))))))))((.(((((((.(((.(,{((((((((.(({.{{(((...,((((......)))))))))),)},)))(((((((((((((((((((((..((((...((((((.(({.,{{{{,,|,.((({...((({{,((,{(|({{...{|||.{||,.||))))}|||||||....})),)}}}}},,,..}}})),.,,))..)))).))))..))))))))))}})))),....)))))))).))))).))).)).,))))).)).........((.(((((((((,.(((((((((((.((....))))))).......{((((((((....))))))))|,,{{..........}}}.},...{(((((..((((((.....((((.....))))..((((((((.((((.((...(((((((((,....)){(((((.((({....})))))))))..((((((((((....,{{.{(,.....,.,},...(((((((.....)))).)))..{((((((.....,{{,(((((((((({,.((((((.(((.((....)))))))))))((.,((,......,,.,..|||,,|,}|,,,})))).))))))}}}{({.....|}}......,(((((((({...((((.((((((({...(((((((((((..{{(((,,.((({{{{{{{..,..|||...,,||{{(({{((((|{{{,{{{{,,.((({{{((,,..(((((.(((((((({{{..((((({(.(((((..(((.....)))..))))).)))),.....}}})).}.))))))))...))))).{{|{,{(((..((((({{(((((...(((((((((((((....)))))|,,.((.(((,((((((.{{{(((({(((,((({{{{{{|,||||}}}|},{,{,{{{,...((((((((...((((((...((({...})))..,.))))))(((((((...(((((((((((((((....)).))))))))....))))))))))))(((((.(.(((.......))).).))))).(((((((((....)))))}}))).)))))))).|||||||,{((((((..((((,{((((............))))))))).))))).}}..|||||,|,{((,..,,,..|,{,..||...,||||||,|,|||}|,|||||,,,}||,||}}}}}},,,(({{((((((((,,,,(((...)))||{,.{{(({(({{{(((({(((((((((((.(((,(((.(((.,,...}}}.)))..,}}}.....})))))))))).......,,.|{||.|{{{.|,||,|{|....}|},|..,||||}|||}||{{|{.,.,,,|||,{{{{{{..|.(((((.{.(({..,,))).).))))).,.,..))))))}})})))|||.||||||{...,,||}}},..,.}}}.,}},,}})))))..}}}.{{{((.(((,,.....,}},,.|}}}.}}}}},})))}))))))}||{{{,{((({,(((,..{{.{{((,{((.{(,((......}|.,|{||{{{|,{{|,{{|.{||||..,.,.{{|(,((,{|....))})}}}}},,,,}))))...))}))).)}|},||}||{|||||||..}},,,})))))}))))})},.,,.|||||,}}}},,{(((.(((((((.....(((((((((.((....}}.|)}.}))))))))))))}.)))),,,,.{(((((.{{.....))..)))))},((({..,{|||,,..(((((((,..{........}.))))))){{{|||||||{{,.|||.,.}},,|||||,(((((...(((((,(((,..,,,...{,.{({.(((((,({,...(((((((.(((((..((..........)).))))).)))))))|||,|.((((((((((((.((....)).)))))|.})))))){(((...}}}}..,,.})))).))).}}..,)},,,,))}}...))))),,.}))})...}}))}..{((((.(((((((.(((((({.((((((..{(.((((((,{,(((((((((.{..((((..,.,((((((((........{((((((((((.,.(((((......(((((((..(((......)))....))))))),.))))),..)))))).)))).,))))))))....))))..}.))))))))),,((((.((.(,{(((...})}}},}}})}}(({,......)))..,.,.........)))))).)).)))))).}....))))))..))))))))))))|||},.....{(({|,.{{|....}}))).||,,|..|}}..|||||.}}))}}},,|,.,..|}}}.,,.,((((((....)))))))})))...))))),}},..,))}},|.((((((((((((((........{.(((.((,,(.((((((......))).))).)))).))).....((((.{.............((((((........))))))(((((........))))).((((((((((..({.(((((((((((((((((((((((((.....(({{{(((....{((((((((((((..,..,,.|..|,))}|,,,|||}{|||{(((,,{({((((,.,{||,..{{{..,,}))..}))}).}.)))))}}},{|||||||{{({{({{{{({,||.,,,.{|{{{,,.((((((({{(({.{{,{,(((((((((.((((..((((..(({.,((((.(((((.((((((((............)))))))).))))).)))))))..((((((.....((.(((((((((.(,{(((((((((((((((.((((((((....)))))))).)).(((((.....(((((((....)))))))...((({....)))},(((((....)))))|(((((.,.....,)))))}(((((((((....))))).{{{...,},))))(((((.((((((......)))...(((({((((((.......((((((((((((((,((((((((((...(((((,.(((...,,...{{({{...{{|,,,((((.....))))....})).,}}}))),.)))))....))))))))))..,.)))))))(((((......)))))...(((..(,(((((((((((({(,.{{,,,....})}.)).))).))))))))).),.))){((|{,...,}.))),))))))).((((((((...(((......))).))))))))...)))))).}.))))..)))))))).))))))).)))))))))))))).)))).))))).))(((((.((((((............))))))))).))))))))(((((...)))))))))..)))).))))))))).{((({({{({(((,,{,,((,,..}}..,.(((({..({{....(({......}}}.....}}|.})})}..((((((.((((.((.(((({(((,{{||||,{,,..((({...(((((.((((((..(((((.((((...((((((.(.(((((((((.((.((..,{(|{({|(((((.....))))|{{{{,|||.....,,...,{{|,},)))}...}})))))}.,)).)}.}})...))))))}.))))))..)))).))){||{{,..,.}))})..)}.)))))).)))))))}),|{||{,.,|{{.(((,.{,,,,,,..}}..},),))).))))}..{{{{{{{{{{.,,,,.}}},....)))))))}))).)))))).))))))(((((.((.((((((.(((((((((((..(((((((..(((....))),,.)))))))..)))..)))))...,,.,,{........}}},}}...,,.....))).)))))).))))))),|||||..|.{{{|..||||.,||||,...))))..,}}))))}||})}.}))))))))}|||||||||...|||||,{((,.......}))....}}}}}}}}}}))}}}||}})}})}),,......{{({{,(((((,,{..,,,.})))}))).}|}}}((...,..)).(((...(((((((({...((({{,,,....{((.((.(((((((((.(..((((((((((((((.((((((((..{.(((.((....))..))).)..)))))))).)))))||||..((.(((...(((((((((((((((((((((.(((..(((((((.(((.......))).))}}})))..)))((((((.(((((....,,((((.((((((...|...{(.(((((((.{,,....,.{{{|||..{|||,|,{(((((((.(((....))).)))))))}.}.}||,.,,,,...,},,..}},,..............,{((.(((((...))))).))}}||,,,,))))))).}}.))))))}))).(((((((,((.....)).))))))).(((.((((.(({....}})...)))).))).))))).))))))(((((..((.(((......))).))))))).)}||......,,.......))))))))))(((((((((({,((.....(......}.....)))))))))))))...)))))))....))).))..))))......(((((,...,}}.)))..,))))))))).)))),}))))).)))))))))),...))))))))).))),.(((((((((((((...{((((((||((........,|{(((((((((.{{.....}))})))))))))}...((((((....)))))))))))).))))...)))))))))))}(((((((((.....)))}}))))).,)))))},)))).)))))..})).))..))))))).))),.))))..)))))))))))))).,,.(((....))).((((((((((((({,..({((((((((((((((...((((((({({.(((((((.(((....)))))))))).(.((((((((.(((...}))..)))).)))).)....((.((....))))..)).))))))).)))))))))).))))..}}...).))))))))))))),{||||,|}|}||,|(((((({....,(((..(((((.(((((((...(((((((..(..((((.(.((({,((.((......)))))))).).))))..)..))))))))))).))).)))))..))))))))))..|}}}|||,|},...,,...}}}}}..)),}}}}},))}||{(({(((..{({(((.((((.{(((((((,.,,.({{({{,,,||,||||||{|{||,..,,.{{|||||},,,,,..}}}}}}.)).}))))))))).)),))))))).)))}.))}}},.)))))).)))))).,)))),(((((.((((.((((((.((((.....(({.....))}....)))))))))).)))).)))))})))))))..)))))))))))..)))),,,,...{|||,...}))))}},))))))))})){{{||,,}}||{,|||||||{((((...((((.((((((((((........{((..(((.(((((.(((((.(((.((....|}(((((....))))}.(((((((...(((..(......)..)))..)))))))))).)))))))))))))..))}....(((((..((((((......))))))..))))).))))))))))..)))){((((,,....}.))))).{{((((((({((((.....))))..))))))).}}}.(((((.((((.....)))).)))))....,},}}})).))))),)))..{|||||..{,,{....,....,,,,,,,.}}}},|))}}}|(((((((((....)))))..))))||((({(({((({{,..,)))))))))).,,..,|||||{|||{|||((((((((((..........))))))))))..(((((((((((.((....)).)((((.(((((((((({.(((...{.........))))))))...)))))).)))).(((((((...,.((((..(((.......)))..)))).,...))))))).......))))))))))||||||||...,,})})))|}},}|,,)))}}}.)))))..)))))))))))...))))),))).)))).,....)))))}..,)))))))))}.,......))))))))))..)))))))...))...)))).)))))))).........)))))))))))})))))){((.((((((((((((((,,({((((..((((.......))))..(((((....(((.....)))..))))){(((......))))..(((((......))))).,{...(((((({(((((({{{{{...{((((,....}))))}.,|||||||.||||}..,|||||},,,,,,...},,,,,(((((((({,(((.....{(((...(((.((((((((((.{.....,..............,}.....,.)))))))))).))).)))).)))))))))))).{{((...((((({....}))))){{{,,((((((.....)))))),.|||||}}.(((((........))))).))))),...))))))...}}((((((((......(({{{............(({{....||.)},),))))))))))))).)))).))....))))))).)),,))))))}((((({.(((((((..((.{.((.((((((........)))))))).}.)).))))))).}))))).......}.)))))))))))........................................})}))))))..........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001272003.2 NCBI
AGGGCAACGCGAGGGAAGAAGGUGGCGGCUCCCACUCGCUUCUCCCUCG… 7051 nt 0.6059
NM_020822.3 NCBI
AGGGCAACGCGAGGGAAGAAGGUGGCGGCUCCCACUCGCUUCUCCCUCG… 7123 nt 0.6097
Summary

Potassium channels represent the most complex class of voltage-gated ion channels from both functional and structural standpoints. Their diverse functions include regulating neurotransmitter release, heart rate, insulin secretion, neuronal excitability, epithelial electrolyte transport, smooth muscle contraction, and cell volume. This gene encodes a sodium-activated potassium channel subunit which is thought to function in ion conductance and developmental signaling pathways. Mutations in this gene cause the early-onset epileptic disorders, malignant migrating partial seizures of infancy and autosomal dominant nocturnal frontal lobe epilepsy. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Dec 2012]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that spinal nerve ligation induced significant whole-transcriptome changes in injured dorsal root ganglia, with the KCNT1 being downregulated (0.13-fold) six days post-injury [Wu et al. DOI:10.1177/1744806916629048].