Basic Information

Symbol
KCTD20
RNA class
mRNA
Alias
Potassium Channel Tetramerization Domain Containing 20 DJ108K11.3 C6orf69 Potassium Channel Tetramerisation Domain Containing 20 BTB/POZ Domain-Containing Protein KCTD20 MGC14254 Chromosome 6 Open Reading Frame 69
Location (GRCh38)
6:36442767-36491143
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_173562.5
Sequence length
5384.0 nt
GC content
0.4447

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1683.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1784.16 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1682.52
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.((((((...(((((((..(((....)))...)))))))))))))..))))))((.((((((((........))))...((((((.(((((((.(((((((((.(((....)))(((((((.(((.....)))...)).)))))......((.(((....)))))...((((((((........))))))))((((((((((((((((...((((.....)))).))))))..)))....................((((((((((..((((((((.....((((((((.((((((..((((.((..(.(((...((((.((...((..(((((((((........((((((((....................))))))))......((((.((((((.(((.(.((((((((((.((.........)).))))))..((((((....))))))...(((((((((((.((((((.........((((.((((((((((((....((((.((((((((((((((((.((((......))))..((((((((.((......((((((((..(((((((.((((.((((((.((((.((((((((.........)))).)).)).)))).((((.(((((((.(((.(((.(((...)))))).((((...........)))).(((((((.((......)).)))))))(((((.......))))).))))))..))))...))))(((((((........)))))))(((((.((((((((.((..........)).))))))))...)))))........((((((((((....))))))..)))).(((..(((((........)))))..))))))))).)))).)))))))(((...)))........((.((((.((((...)))).)))).))..)))))))))).)))))))).(((((......((.(((.(((....)))))).)).....)))))..((((((((((.(((((((.......(((((.(((.....))))))))..(((((((..........((((.....))))..........))))))))).))))).....(((....)))..)))))))))).......(((...((((....))))..)))...))))))))))).............((((((.(((.....((....))...))).))))))..(((.(((....(((....)))..))))))))))).......))))...)))))).)))..))).))))..((((((((((.(((.((((..........(((.((((.....)))).)))........(((.....)))......))))...)))))))))).)))..(((.((..(((((..((((((((....((((.....))))..((((((....))))))))))))))..)))))...)).)))..((((((.(........)))))))(((((.((...(((((((((.....(((((((..((..((.((((..(((((((..((((((.(((..(((((((((((((((((.((((...(((((......)))))......(((((..(((((...(((......(((((((((((((((.((...(((((((((.(((..((((....))))...((((.((....)))))).........(((((....)))))(((((((((.....((((.(((...((((((((((((((((((.((.....)).)))))).(((((....))))).((((((.((((((((((((.....((..((((((((((.((((..(.......)..))))..))))))))))..))(((.((((((...)))))).)))(((.......)))(((((((......((((.(((.....(((((.(((....))).)))))..))).))))..)))))))......(((((((((((.(((.............))).((...(((((......)))))...))........))))))))))))))))))))).))...))))))..........((((((((...))))))))))))))))))))....)))))))(((((.(((..(((.(((...(((((((((....)))))).)))....((((.....)))).(((((((......(((((((((((...)))))).......))))))))))))..))).))).....))))))))..)))))))))(((((((((........))..)))))))..))).))))))))).)).))))))))(((((((.(((.((((.((((.((((((((.(((.....((((((((........)).))))))...........(((((....)))))..(((((((((.(((.(((((......)))))))).)))))..))))...))).)))))(((((((((((.....)))).)))))))..........(((.((((((.(((..(((.........)))...........(((((.....((.(((....))).))..)))))..))).)))))))))(((((.(.....).))))).))).)))).))))))).)))))))(((((.......)))))........(((.......(((((.........)))))......)))((((((.((.......)).)))))).(((((((.((((((((((..((((((((..((...((((.....))))(((((.((((((((((((.((....(((((...)))))...)).))))))))))))..)))))............((((......))))((.((((((....))))))..))))..))))))))..)))))))))).))))))).((((((....)))...))).....(((((((...)))))))....))))))).....))))))))....)))))..((((((....)))))).....))))))))).))))))))))((((.(.((((((((..((((........((((.(((..(((((...........)))))...))).))))......)))).))))).))).).))))((........)).))..))).)))))).((((.(((((((((((.........))))))))))).))))....((((((((((.((((.(((((((((((.(((((((((((..(((.((((((((..........(((((.(((((..............))))).))))).......((((((....))))))....((((....((((((((.(((....))).))).....))))).....)))).......(((.((((....)))).)))....)))))))).)))...)))))..........)))))).))))).)))))).))))...))))))))))...((((((((...((((((...........))))))..((((((((((((((((.((((.........)))).)))....(((....)))((((((((((((((((...(((((..((.(((((((((((((.....))))).))))))..))))..)))))((((((.(((.....))).)))))).((((((.((((...(((((((...(((......))).)))))))...(((.((((..(((..........)))))))))).))))..)))))).((.((((((((.(((((((((.......)))))))))..((((((....))))))(((..........)))..)))).)))).)).....((((((...((((((((.(((((...((((.((.(((..(((((.(((((.......((((((((((((((.(((.((((.....(((........))).....((((((((((.((((.....)))).)))))).))))))))..))))))))))).))))))......))))).)))))..))).)).))))...)))....).).)))).......))))))))))..)))).))))))).)))))))))))))))))).(((((((...))))))).)))))))).))))))).)))).)).))..)))))))..))))))))).))))))).))))))..(((((((.....))))))))))).)))))))....((((((.....((((((((..(((((((((..(((.(((((........(((.((......)))))......))))).)))..((((.....))))....((((...)))).............))))).)))))))..((......))..))))).......))))))((.(((((((((((((.....................))))))))))))).))(((((((((....)))))))))...((((((....))))))....(((((.((....(((((...(((((((.(((...)))...))))))).....)))))...)).))))).......................)))).).))).)))))).))))(((((....))))))))))))))..))..))))))....))).)..))))))..)))))).)).))))))((((......((((((((((.((((((.((((....(((.....)))..(((......)))................)))).)))))))))))))))).......(((..((((((....)))))).)))...))))))))))))..))))))))))(((((((..((..(((((((...((((.................((((.(((.((......)).))).))))..(((.(((((........))))).))).......))))....)))))))))..)))))))..((((.((..(((..(((.(((((((....(((((.((((((((((.....)))))))............)))..)))))))))))).)))..)))..))))))))))))).......(((((((.((((((.(..(((((.((((((((((((((.......))))))).))))(((((......)))))(((.(((.....))).))).....((((((((.........)))))))).(((((((((........)))))))))...))).)))))..)))))))))))))).)))))).))).)).))))).......))))))....)))).))......(((((((...))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(((((,(({({({{.((((((....))))}),})},.||||||}|||},{{{((,({{((.((((({{({{......}}})}}.,|)))}..)))))))|||{{|||..(((,...}))||{{,{{.,,,{{{{,|||{{.|,{|,||,..|,.,|{.|||,,}})),||((.((((((((........)))))))).)).||{((((({(((...((((,....}}}}.}}||||,.||,.........,..||...,,}}.((((((((((((((({{((.,,(({,,(((({({..|||||{.{|||,,}}}.}}))|,.,..,,||..,{((((.((({(,.,,.,,(((({,.({({(((.(({...(((,({(|(({.|{{{{{{{(((((((.((.((((...{(........}})))).)).)))))))}(((((.((((((....))))))..)))))},|((((,,(((,,.,|}}..||}}|({{({{(((({.(({,.(((((.,..(({{((.(((..(((({,....,,}))).}}}.})))}...})))}.|}|.||.||...,,.|||||||||{||||}}|,,..|||{|||.((((.....,..||||}}|,..,}}.}..}||||,{,,,|}|}|||||||||||||{{(((({{(,{{.....||||.{((((((.{{......}}.))))))}{,{{,.,{.{{{|,,||{{(((((((..........)))))}|....{{{{{{|.,.{{((....((((((((.((..........)).))))))))..(((({...})))).{(((((((((....))))))..)))).,))))..})))))}....,,,|{{{||,,,||}|(((({{....)))))),,|}}}}.,..|}}|,||{|},||||}.,|,,.})))))))},,)},||||||,|{||{|||||{{|||||||,}}..((((({....}))))),||{....,}}.....}}}}}},..{|||,||{}|||||||,||||||,.....,}}}|..|{(((|{{{{{{....,,|{{{{{..(((...{{{{|||....,,}|||(,,,,{{||}}|..||||..,},.}))).,,,............(((({((,,.({{{{||{{{|..,{{((((((({.....,,........((((((.(((.....{{....}}...))).))))))....{{{.{{{.{{{{,||,||||||||..,{..},,.,}},,,..})}}})))),,}}}))))),)}|,((,((((((....)))))).}}.......,}||,.|,,|.....))))}))}.}}}))}))))}....))).,,))}}}})||{{|||||||{{{(,.....((((.{(((,({{,,,,|||,}}}},|||}}}}})))),}||}}|({{..||||.|,|||},,,}}),),)}}},,}))}..{{{{{{.{,|..,..,)))))))|||||}|}}},|{{{{||||,,}|,||{{||{..,...{{.||||,,|||||||,,{((((({(((..{{(({{(((((((((((,(({{..,(((({......))))}.,,,,.{{{(({{(((((,.,{((,.....{||||||((((((((.((...(((((((((.(((..((((....))))...((({,((....))))))..,,{{{{.(((((....})))}{(((((((((((,..,,{{(((,,.,((({(((((,(((((((.((.....}).)))))},{((((....))))}.((((((((((((((.{(((....,||,.((((((((((.((((..(.......)..))))..))))))))))..,,(((,(({(({...||||}}.}}}|||,}..,,,,))}|||,,.......|{((,{(({.,,.(((((.(((....))).))))).,))),))),..))))).)))).))))|,,,,,|||.,{||,.,...)},,,.},,}|}}}.|||,.,,}}}})))))}},,)},......|}}|||||{((|{(({(,.(((((({{{{{{{{,{{{{{,...((((((((...})))))))...,}}.)))),....,,.|||...{((({{{.,||,..{(((((({{..{|,....)))))))))),...|(((.,...}}}}.|)))||}...,}}(((((((((({...}))))).......))))))))))))}.}}...))}}.}})))})}))},,))))))})(((((((((........))..)))))))..))).))))))))).)).))))))))(((((((.(((.((((.((((.((({{((({{({,,...{{{{{{((,....,,.}}.}})))))},,..{{{{,(((((....)))))..,|||{({{{.(((.(((((......}}||||}}.}}},|{{||,....))}||}}},((((((({(({.....})}}.)))))))....},...,(({{((((((.(((..(((.........)}}.,.........{((((.,...((.(((....))).)).,))))}..))).)))))))))|((((,,.....).))))}.))).)))).))))))).)))))))(((((.......)))))},..,,,,|||||||{{,{..,,.,|..,||||||||..,{{,{{.((((((.((.......)).)))))).(((((((.((((((((((..((((((((..((.{{((({.,...}||||((((.(((((((((((({((....(((({...}))))....)))))))))))))}..}||||,,.....})),,((((......)))){{.{(((({....)))))}.}))))..))))))))..)))))))))).))))))).((((((....)))...))).....(((((((...)))))))....,,},,,)}}},...,))))),,..)))},..,}}}}|,,|||||||}}....}}}|}}}}|,|}||||}|||({((.(.((((((((..((((........((((.(((..(((((,........,.)))))...))).))))......)))).))))).))}.|,||},.,....,,..,|||}..)))|)}}}},.{|{{,(({(({{{{{|.},,..,,,)}))))}}})),)))},,{{((((((((((.((((.(((((((((((.((((((,,((,..,{{.((((((({.,,.......(({((.{((((..............))))}.)))}).......((((((....))))))....(,{{....{{{{{{||,|,,....,,}.},},,|,.}}))).,...}}}}..,,,..(((,((({....}}}}.))),...)))))))).}}||,,.}}})}}}....,,.)))))).))))).)))))).))))...)))))))))),..{{((((((...((((((...........))))))..((((((((((((({((.((({.........}}}|.|}},,..{{,....}))((((({((((((((({...,((((..{{.{{,{{|||(((((,,,,,}||||}||}}|}..}))}..)}}}|((((((.(((,...,))).)))))),((((((.((((...((((((,.,.(((......))).))))))).,.(((.((((..(((.,,....,}.)))))))))).))))..)))))).((.((((((((.(((((((((.......)))))))))..{(((((....)))))}(((..........,))..)))),}))).))...,|{{{|||.|||||{((((,(,((({,,((((.((.(((..(((((.(((((...{.{,((((((((((((((.(((.((((.....(((........))).....((((((((((.((((.....)))).))))))}})))})))..))))))))))).)))))),...,.))))).)))))..))).)).}})}...}}}.,,}}.}.}))),.}}...))},)))))),,)))).))))))).)))))))))))))))))).{((((((...))))))).)))))))),))))))).}}}}.}}.}}..))))))),.}}})))))}.},}}}},,)))}},..(((((((.....)))))))..,}}},,,.}},,..|||||,|,|||,{|,,,,,.})))}.....,,((({({{{,,,.,,,,,(((.((,,,,,,}||}|,..,,,|}|||,|||,{{{,.....{{{(({{..((((,,,|||},,..,,..,{{{{{.{{{{.,.{{(({,{({,,..,|....,,,,},...}}}}},,)}))),)))}.}}}}}}...,.,,....,..{{{,{{{|||..,}}))}}}|||({(((((((,,,,||||||||}...(((((,....}))))),|||{|||||((....(((((...(((((((.(({...}))...))))))).....)))))....)})}|||{{{{...............,,..{{{((.(({{{((({,{({(((,{{{((((({....}))))}.,}},}}))}{|....}})))|..}||||}|.}|}}|||}.|||||||,||}}}......||||||||||,||{{||}|||{....|||,,...))),.{{(,.....,}}.......,,.,.....}))},||||||||||||||||,|||}}}{{{..((({{.,,,,||||},.}))})))})}).)))))}}}},|||||{(.{{{{{{{..||,,|||||||,,,...................,||{||,|||}||,.{{{{||.|||.|||||,{{{.(((((........))))).)))}}}}}}}})))},,,))))))),}..))))))),|{{||,{|}.,,|,,|.))))))))}}.}}|}}}|,||,(((((((.....))))))),,..........,,},||||||||,|||}.,}},}}}}|,})}|}}|}}})))|}},,..{||||{{.{{|||{,|,|{{|||,||{(((((((((((.......))))))).))))}}))))})}}},,||||||,}||}||{({{..,||,|,,,((((((((.,.......)))))))}.(((((((((........)))))))))...}},.}}}}},.,,}}}}}}}}))))))}))}}.}}}}))))})}}},)),,,{|||}},,,})))))))}},,,.(((((((...))))))).....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001286579.2 NCBI
GCGCGCCGCUGCGGCACAGCCGGUCCCGGCUGCGGCUUCUGGCUGCGCG… 4886 nt 0.4451
NM_001286580.2 NCBI
GCGCGCCGCUGCGGCACAGCCGGUCCCGGCUGCGGCUUCUGGCUGCGCG… 5110 nt 0.4440
NM_173562.5 NCBI
GCGCGCCGCUGCGGCACAGCCGGUCCCGGCUGCGGCUUCUGGCUGCGCG… 5384 nt 0.4447
Summary

Predicted to enable identical protein binding activity. Predicted to be involved in positive regulation of phosphorylation. Predicted to be located in membrane. Predicted to be active in cytoplasm. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in humans and mice demonstrated that the KCTD20 is a genome-wide significant gene associated with genetic predisposition to cocaine dependence and a central component of a hippocampal gene network strongly associated with human cocaine use [Huggett et al. DOI:10.1111/Adb.12719]. In a separate human study, a missense mutation in the KCTD20 was significantly associated with cocaine dependence in European-Americans [Huggett et al. DOI:10.1523/Jneurosci.2879-19.2020]. This gene network, which was conserved in the mouse hippocampus, showed a strong negative correlation with cocaine use in humans, and the gene itself trended toward downregulation in cocaine users.