Basic Information

Symbol
KDELR2
RNA class
mRNA
Alias
KDEL Endoplasmic Reticulum Protein Retention Receptor 2 ERD2.2 ELP-1 KDEL (Lys-Asp-Glu-Leu) Endoplasmic Reticulum Protein Retention Receptor 2 ER Lumen Protein-Retaining Receptor 2 ERD2-Like Protein 1 KDEL Receptor 2 (Lys-Asp-Glu-Leu) Endoplasmic Reticulum Protein Retention Receptor 2 ERD-2-Like Protein ELP1 OI21
Location (GRCh38)
7:6445953-6484193
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006854.4
Sequence length
2786.0 nt
GC content
0.4329

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-783.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -839.22 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 986.92
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001100603.2 NCBI
GCCAUCUUCGCCGCUUCCUCUCAGGGGCCGCCGCCUCCUGAGCCGCCCA… 2533 nt 0.4256
NM_006854.4 NCBI
GCCAUCUUCGCCGCUUCCUCUCAGGGGCCGCCGCCUCCUGAGCCGCCCA… 2786 nt 0.4329
Summary

Retention of resident soluble proteins in the lumen of the endoplasmic reticulum (ER) is achieved in both yeast and animal cells by their continual retrieval from the cis-Golgi, or a pre-Golgi compartment. Sorting of these proteins is dependent on a C-terminal tetrapeptide signal, usually lys-asp-glu-leu (KDEL) in animal cells, and his-asp-glu-leu (HDEL) in S. cerevisiae. This process is mediated by a receptor that recognizes, and binds the tetrapeptide-containing protein, and returns it to the ER. In yeast, the sorting receptor encoded by a single gene, ERD2, is a seven-transmembrane protein. Unlike yeast, several human homologs of the ERD2 gene, constituting the KDEL receptor gene family, have been described. KDELR2 was the second member of the family to be identified, and it encodes a protein which is 83% identical to the KDELR1 gene product. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding distinct isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.