Basic Information

Symbol
KDM4C
RNA class
mRNA
Alias
Lysine Demethylase 4C GASC1 KIAA0780 TDRD14C JMJD2C JmjC Domain-Containing Histone Demethylation Protein 3C Gene Amplified In Squamous Cell Carcinoma 1 Protein [Histone H3]-Trimethyl-L-Lysine(9) Demethylase 4C Jumonji Domain-Containing Protein 2C Lysine (K)-Specific Demethylase 4C Lysine-Specific Demethylase 4C Tudor Domain Containing 14C JHDM3C Jumonji Domain Containing 2C GASC-1 Protein EC 1.14.11.66 EC 1.14.11
Location (GRCh38)
9:6720863-7175648
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_015061.6
Sequence length
4338.0 nt
GC content
0.4610

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1376.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1456.29 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 758.48
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001146695.4 NCBI
AGAGCCGGCGGUGCGCGCGCCUUCGCCGCUGCCUCCCACCCACCCCCUC… 3502 nt 0.4654
NM_001146696.2 NCBI
AUGGCUGACAUGAUGGUCUGUGACCUGAAAGUUGUUGAAUAGUUGGAGU… 3406 nt 0.4501
NM_001304339.4 NCBI
AGAGCCGGCGGUGCGCGCGCCUUCGCCGCUGCCUCCCACCCACCCCCUC… 4331 nt 0.4609
NM_001304340.4 NCBI
AGAGCCGGCGGUGCGCGCGCCUUCGCCGCUGCCUCCCACCCACCCCCUC… 3940 nt 0.4566
NM_001304341.4 NCBI
AGAGCCGGCGGUGCGCGCGCCUUCGCCGCUGCCUCCCACCCACCCCCUC… 1087 nt 0.4572
NM_001353997.3 NCBI
AGAGCCGGCGGUGCGCGCGCCUUCGCCGCUGCCUCCCACCCACCCCCUC… 4437 nt 0.4604
NM_001353998.3 NCBI
AGAGCCGGCGGUGCGCGCGCCUUCGCCGCUGCCUCCCACCCACCCCCUC… 3393 nt 0.4654
NM_001353999.3 NCBI
AGAGCCGGCGGUGCGCGCGCCUUCGCCGCUGCCUCCCACCCACCCCCUC… 5361 nt 0.4398
NM_001354000.3 NCBI
AGAGCCGGCGGUGCGCGCGCCUUCGCCGCUGCCUCCCACCCACCCCCUC… 4475 nt 0.4601
NM_001354001.3 NCBI
AGAGCCGGCGGUGCGCGCGCCUUCGCCGCUGCCUCCCACCCACCCCCUC… 5262 nt 0.4399
Showing 1 to 10 of 11 entries
Summary

This gene is a member of the Jumonji domain 2 (JMJD2) family. The encoded protein is a trimethylation-specific demethylase, and converts specific trimethylated histone residues to the dimethylated form. This enzymatic action regulates gene expression and chromosome segregation. Chromosomal aberrations and changes in expression of this gene may be found in tumor cells. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2015]

Forensic Context

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