Basic Information

Symbol
KDM4C
RNA class
mRNA
Alias
Lysine Demethylase 4C GASC1 KIAA0780 TDRD14C JMJD2C JmjC Domain-Containing Histone Demethylation Protein 3C Gene Amplified In Squamous Cell Carcinoma 1 Protein [Histone H3]-Trimethyl-L-Lysine(9) Demethylase 4C Jumonji Domain-Containing Protein 2C Lysine (K)-Specific Demethylase 4C Lysine-Specific Demethylase 4C Tudor Domain Containing 14C JHDM3C Jumonji Domain Containing 2C GASC-1 Protein EC 1.14.11.66 EC 1.14.11
Location (GRCh38)
9:6720863-7175648
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_015061.6
Sequence length
4338.0 nt
GC content
0.4610

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1376.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1456.29 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 758.48
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_015061.6 NCBI
AGAGCCGGCGGUGCGCGCGCCUUCGCCGCUGCCUCCCACCCACCCCCUC… 4338 nt 0.4610
Showing 11 to 11 of 11 entries
Summary

This gene is a member of the Jumonji domain 2 (JMJD2) family. The encoded protein is a trimethylation-specific demethylase, and converts specific trimethylated histone residues to the dimethylated form. This enzymatic action regulates gene expression and chromosome segregation. Chromosomal aberrations and changes in expression of this gene may be found in tumor cells. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2015]

Forensic Context

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