Basic Information

Symbol
KDM5C
RNA class
mRNA
Alias
Lysine Demethylase 5C DXS1272E XE169 JARID1C SMCX Jumonji, AT Rich Interactive Domain 1C (RBP2-Like) [Histone H3]-Trimethyl-L-Lysine(4) Demethylase 5C Jumonji/ARID Domain-Containing Protein 1C Lysine (K)-Specific Demethylase 5C Lysine-Specific Demethylase 5C Histone Demethylase JARID1C MRX13 Jumonji, AT Rich Interactive Domain 1C JmjC Domain-Containing Protein SMCX Mental Retardation, X-Linked 13 Smcy Homolog, X-Linked (Mouse) Smcx Homolog, X Chromosome Smcy Homolog, X-Linked Protein Xe169 EC 1.14.11.67 Protein SmcX EC 1.14.11 MRXS16 MRXSCJ MRXSJ MRXJ
Location (GRCh38)
X:53176277-53225422
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004187.5
Sequence length
5810.0 nt
GC content
0.5792

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2356.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2457.44 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1519.54
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001146702.2 NCBI
GACAAACCAAGAUGGCGGCGGCGGCGCUGAAGGCCGCGGCGUUUGGGAG… 5044 nt 0.5720
NM_001282622.3 NCBI
GACAAACCAAGAUGGCGGCGGCGGCGCUGAAGGCCGCGGCGUUUGGGAG… 5807 nt 0.5791
NM_001353978.3 NCBI
GACAAACCAAGAUGGCGGCGGCGGCGCUGAAGGCCGCGGCGUUUGGGAG… 5801 nt 0.5794
NM_001353979.2 NCBI
GACAAACCAAGAUGGCGGCGGCGGCGCUGAAGGCCGCGGCGUUUGGGAG… 4978 nt 0.5739
NM_001353981.2 NCBI
GACAAACCAAGAUGGCGGCGGCGGCGCUGAAGGCCGCGGCGUUUGGGAG… 4972 nt 0.5742
NM_001353982.2 NCBI
GACAAACCAAGAUGGCGGCGGCGGCGCUGAAGGCCGCGGCGUUUGGGAG… 4969 nt 0.5742
NM_001353984.2 NCBI
GACAAACCAAGAUGGCGGCGGCGGCGCUGAAGGCCGCGGCGUUUGGGAG… 4928 nt 0.5684
NM_004187.5 NCBI
GACAAACCAAGAUGGCGGCGGCGGCGCUGAAGGCCGCGGCGUUUGGGAG… 5810 nt 0.5792
Summary

This gene is a member of the SMCY homolog family and encodes a protein with one ARID domain, one JmjC domain, one JmjN domain and two PHD-type zinc fingers. The DNA-binding motifs suggest this protein is involved in the regulation of transcription and chromatin remodeling. Mutations in this gene have been associated with X-linked cognitive disability. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Apr 2009] CIViC Summary for KDM5C Gene

Forensic Context

A study in mice demonstrated that KDM5C is a differentially expressed gene in female versus male E7 embryos, with functional enrichment in pathways related to histone demethylase activity, protein demethylase activity, and mechanisms associated with pluripotency [Boschen et al. DOI:10.1002/Bdr2.2292].