Basic Information

Symbol
KHSRP
RNA class
mRNA
Alias
KH-Type Splicing Regulatory Protein FUBP2 KSRP FBP2 Far Upstream Element-Binding Protein 2 FUSE-Binding Protein 2 P75 Epididymis Secretory Sperm Binding Protein KH Type-Splicing Regulatory Protein FUSE Binding Protein 2
Location (GRCh38)
19:6413102-6424811
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001366299.1
Sequence length
4276.0 nt
GC content
0.5886

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1705.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1780.99 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1298.25
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((((....))))))))(((((((((..(((((.(((.(((((((((((((((((((((......(((((.(((((((((((.(((..(((((.((((.((..(((......))))).))(((((.((.((.((((((((.(((((.((((((......)))))).).).))).))).))))))).)).))))))).))))).))).)))))))))).).)))))))))))))...))))))))))))).))))))))((((.(((.(((((...))))).)))))))((((((((((.(((((....)))...)).))))))))))..(((......)))(((((.(((((.....(((((((((((((....(((((.(((....))).....))))))))).))))))))))))))))))).........(((((((((((.(((.((..((((.((((.((...)).)))).)).))..))))).)))..))).)))))((((....))))........))))).))))..(((((((((((...((((........(((((((((((...(..(((((((((.(((((.(((...........(((((....))))).(((((((...((...((....))...))....))))))).((((((((((((((((((..((((((..(....)..)))))).....(((.........))))))).)))))))).))))))(((.(((((...))))).))).(((....)))...(((((....((((((..((((.(((((..(((........))).))))).....))))..)))))).)))))(((((.((((((((.....((((.(((((((...(((((.((((.((((...)))).)))).....(((((((..(((..((.((((((........))))))))))).)))))))......)))))....((((((.(((..((.(((((.(..((..(((((.(.((((((.(((((....(((((..((((.(((...((..((.((.((((.(((((....((((.((((.(((((((.....)))..))))))))))))((((((.((((.((((.((((.....))))..((((((((((((((((.((((((((..((.((.(((....(((..((((((((((.......)))........((((((((.....((((((....)))).)).(((((......((((..((((.((...)).)))).)))).....)))))....)))))))).((((((((((((((((((((.((.......((.(((..((((..((((((((((((....)))).(((((((.........(((((........)))))..)))))))(((....(((((............)))))....((((((((((((((..((.((((((((((((.(((((....((((...(((((((((((((...)))))..........((((....))))(((...(((.......)))...)))..((((........))))))))))))...((((....(((((((((...((((((((.((((.....))))....(((((((.........)))))))........)))))))).((((((((((........)))))))))).(((((((((((.(((...(((((((((((.(....(((((((((((((((((((((((((..((((((.(((.((((.....((.((((((((.((((.(((..(((...)))))))))).........((((....((.(((((((...((((((((.((((((((..((((.(((((((((.((......((((.((((......)))).))))....((((..(((((((.(.....))))..)))))))).((.((((((.....((...(((..(((.((((.((((.((((.((...(((((.((((((....(((..(((((((((((((..((((.....((....))..)))).....((((((((...(((((.((((((((((.....(((........).)).))))))).)))............((..((.(((......((((.........))))(((((((.....)))))))(((........)))..))).))..))..((((......)))).)))))))))))))...)))))))))......))))..)))...))))))....)))))..)).))))............)))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))).))....)))).)))).........((((((((.((.(((((((....)))........))))...)).)))))).)).))))))).))....)))))))))))).))..)))).)))..)).))))....)))))))).....)))..))))))))).)).)))((.((((.....((((.((..(((((....((((...))))))))).)).)))).....)))).))....(((((((((.......)))))))))....((((((.(((...(((((............((((...((((.....))))...))))...............))))).....))).)))))).).)))))))))))..)))))))))))))).((((((((.(((....))).)).))))))(((((.((........)).))))).....))))).)))).))))....((((((.(((((...((((...........))))...))))).))))))))))))))).))))......))))))))))..))))...))))).))))).)))((((((....(((((........))))).))))))....)))))))).))))..))))))).)))))))))(((((((((((((((.((((.((((((.......))))))..(((((.(((.(((..(((..((.((...)).))..))).)))...))))))))((((((((((((........)))).))))))))(((((((((((..(.((((((((.....(((((..(((((((((((((((((.......................((((.((.....))))))......(((......)))......((((.(((((...(((((....)))))....((((((.......))))))))))).)))).....)))))).............)).))))))).)).))))))))))))).)..)))))))))))....))))))))))).))))))))...))))))))))))))))))..)))))).)).))..))))))).).))))))......(((((.....(((....)))...))))).(((.(((.((((...(((((((....))))).))...................................(((((...((.(((.(((.......(((((....))))).....)))))))).)))))...........)))))))...)))((((...))))....))))..)))))))))))))).).)))))...((.(((((((((.....))))))))).)).............((((.((((...........)))).)))).(((..((.....))..)))(((.((((...)))).))).))))).))))...)).))..))))))))).))))).))))).))).)))).))))).))....).)))))))..))).)))).))(((.(((((((.((((((((.((....)).))).))))).((((...((((((((.........(((((((((...)))))))))...........))))))))....)))).........)))))))..)))......))))))).))))....)))))))))))))...))))))))))))..(((((((...(((((((((.....))))))))).)))))))(((((((.....((((.......))))((((((((((((((((((.....)))))))))))))...)))))...))))))))))))..)...))).)))))))).....))))....))))))))))).........((((((.....)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
....,((((((((....))))))))|.((((...(((((((.({(.(((((((((((((((((((((.(({{.{,,,,.,((((((((((.(((((((((((.((({,({.((({{,....,.}}.|||{.||.,{{||{{{({(((,,,,,,,}||}},})))))))))))))).))))).(((.((((.((((...)))).))))))).))).)))))))))).}.)))),)))))))),..})))))))))))),}),)))))))...))))(((((...{{({{.,,,...(((((((((((.(((((....)))...)).))))))))))).(((......)))(((((.(((((.....(((((((((((((,...(((((.(((....))).....))))))))).)))))))))))))))))))....}}}..((((((({(((.(((.((..((((.((((.{{...}}.)))).)).))..))))).}))..))).))))).((((((.....{(((......)))}((((.......))))......)))))).....(((((((((((...(..(((((((((.(((((.(((...........(((((....))))).(((((((...{{...(,....}}...}}....))))))).(((((((((((((({(((,.{{{{||..,....|..|}}}||..,..{{{,.....,..})))))}.)))))))).))))))(((,(((((...|}}}},)}}.{||,,,,})}...((({,.,,,((((((..((((.{({(({.((,{{,....,)))}})))}}....))))..)))))).,}||}(((((.((((((((.....((((.((((((,..,({((({((((.((({...}))}.,))),|...(((((((..{,,..(,{((((((........)))))))),)}.)))))))......,},||,|{.((((((.(((..((.(((((.,..,{,.(((((.{.((((((.(((((....((((({{(,,,,(((...{{..{{,{{.,{((.(((((,.{{{.{{|(((,{(({((({{({,{{{{,{,}|.|||{|||||{(({{.{{||.{,||}||||,.,..)}}||}|||||,,,||||{||||||{||||{..{,.{{..(({({{(((..,((((((,(,.......,}}......,.||||||((.....||((((....)))),))}|{{||}}}...||||}}|{||,||..})),}},}}))))}}}..|||||{{{.||||||,,.,,,,,|||||||||}}|||{{((,,{{{{{{{{||}|..|||..(((((((((((..,,.|||||(({{{{{.,,,,,...(((((,....,},))))).,}|||}}}{{{{{{{((((,{{{{{.((({{.{{,,,....((((.{.((((((.,{({...,,),.))))))...))))|,.,|{|,.|||||||||||{,...|||||{({(((..{.((((....)))).}..))},)}.........))}))),.{(((........))))}||||||||||||,,.|||}}....(((((.(((((((((((.......(((((....))))).......)))))))).....)))..)))))....((((((((((........)))))))))){{((,,.(((((((...(((((.,({(((({..........)))}}}|((((((((..{(((((((.,,..((((((((((((({(((.(.((((({((,(......(((|{(.((((,((.....................)}.)}}}.}||||,..}},}.}))))).)}...||||{|||}|||{.....||||}||||,{{|,,..}}.|{||{{{,,,{,..(((({((.{.....}))}..)))),|||{{({{...............||||{|,.|||,|.|||||.,(({{({(,,,,(,{{((((({...,.((((({.((((((((({{..{{{{(((,{{((.,.{((((((((,{(({(((((,,,{((,(({(((((,(((((((((({{{{....(((.(((({((,{{{|..,{((((.((((((.((({(,......,||,,.{{{{...}))),,((((((.....))))))||...,{{,{(((((((((((((.(((..{.((((...(((....,,..,..({{(....(((((....(((.(((((((((({((..(((((((....)))))).}..||}.,{{{{..,,,{{{{|||||{{.,,,.,,,}|)))}))),))))),)).)))))))).)))....)))))..{{...{,...}|,,|}|{({,..,,}))))}....))))......,,.}.))).))))...))).)))))}})))))))))))))))))))))))})||}||..{|{||{,|.|||,}}|||||,||}}|||.,,,|||||||||}}|||||||,((({{..{{,(.((,,(({((((..,{|||,|||||||.}||}},}|}||.,....|||}|||,,(((((((((.......))))))))).......|...,|,...,}}},}}}}}}}......}}}}}}}.........,,,))}).).}}},,..}},}))),}},.))),,}),)}))).))})))),)))),,((,(((({..((((((({(,.((((,(({({,,,(({.{{{{|,{{({.{(((,,,(.{{,{{..({(({{(((({{((..(((((((.{((.{.(((((((.(((((...((((...........))))...))))).))))))).}.)),.}.)))))))(((((.(........).)))))..|{{||||{||}|,|||}|,....))}).,)}}.{{{{||||,|}}}}}}..,}.,,,,}|,|,,.|{||,...,)}))}},},.},,.,.,,..))))})))))}}|||..}}}}..,|||},||}|||,|||,,..},)))}}.)))}})).}||||,,,{{|.|||....,},..))),,.}}})}}}))))),))))})),,|||{.{{(((({...,)))))))))),.|||}.....)))...,,,..,,,)}))}}}}..))),))))}),.))))}.,..{(((.({.....}})))}}}}}})})....,|,|}}|,....{,,,.{{{{{,..{{{{,....})))).,{.((((((.......)))))))),,..))))))},)))))))),))))))))))))),)}),))))).)))))))).))))).))))))))))),({{{{.|||{,||{||||||||||||,,|||||||,,,,,,})))))},,,,|||,||.||,{|||||||{|{||{{,,...{{{({{,....,||||....,,))}}}}))).,,|.{|||{{{{,,.|||||||,,...))))|}}....................................||||,,.,|,|||{(((.......(((({....)))}},,...})))}}}}.,,,}}..}}}}}}},,}}}})))...,))}},|..,)))).....))..})))).))))))))),)))))))...((.(((((((((.....))))))))),)).............((((.((((...........)))).)))).{((..({.....))..))}(((.((((...)))).)))....,))))))..)))..).,,)))))))}})))))}))))).))).)))}.))))).))....}.)))))))..))).)))).)){{{.(((((((.((((((((.{,....}}.))),}))},.{(({...((((((((......{{,(((((((((...)))))))))..,}}......))))))))....)))}.........)))))))..})).,,.}}))))))).))))....))))))))))))).,,))))))))))))..{((({((((,{((((((((.....)))))))))))))}))}(((((((.....((((.......)))){{((((((((((((((((.....))))))))))))),..})))}...))))))))))))..)...))),}))))))).,}}})}},....,|{(({{.{(((((((({....))))))))))})))),

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001366299.1 NCBI
AGAGUGCUCCGCGGCCGUGUGGAGCGAGGCCUUGUUCCCGCGUUGAGCC… 4276 nt 0.5886
NM_001366300.1 NCBI
AGAGUGCUCCGCGGCCGUGUGGAGCGAGGCCUUGUUCCCGCGUUGAGCC… 3181 nt 0.5753
NM_003685.3 NCBI
AGAGUGCUCCGCGGCCGUGUGGAGCGAGGCCUUGUUCCCGCGUUGAGCC… 3256 nt 0.5756
Summary

The KHSRP gene encodes a multifunctional RNA-binding protein implicated in a variety of cellular processes, including transcription, alternative pre-mRNA splicing, and mRNA localization (Min et al., 1997 [PubMed 9136930]; Gherzi et al., 2004 [PubMed 15175153]).[supplied by OMIM, Apr 2010]

Forensic Context

A study in rats and mice demonstrated that inhibition of the Akt/GSK3β signaling pathway by LiCl treatment alters protein levels of HuR, HuD, pGSK3β, p-Akt, and β-catenin [Tiruchinapalli et al. DOI:10.1111/J.1471-4159.2008.05718.X]. A study in rats and mice demonstrated that inhibition of the Akt/GSK3β signaling pathway by LiCl treatment alters protein levels of HuR, HuD, pGSK3β, p-Akt, and β-catenin [Tiruchinapalli et al. 10.1111/J.1471-4159.2008.05718.X].