Basic Information

Symbol
KLF13
RNA class
mRNA
Alias
KLF Transcription Factor 13 RFLAT-1 BTEB3 NSLP1 Novel Sp1-Like Zinc Finger Transcription Factor 1 Transcription Factor BTEB3 Transcription Factor NSLP1 Krueppel-Like Factor 13 Kruppel Like Factor 13 BTE-Binding Protein 3 FKLF-2 RANTES Factor Of Late Activated T Lymphocytes-1 RANTES Factor Of Late Activated T-Lymphocytes 1 Basic Transcription Element Binding Protein 3 Basic Transcription Element-Binding Protein 3 RFLAT1 FKLF2
Location (GRCh38)
15:31326706-31435665
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_015995.4
Sequence length
6845.0 nt
GC content
0.5768

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2869.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2985.23 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1670.49
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((((((((((..((((((......).))))).....((((((((.((..((((((((((..((((((.((........)).)))))).))).............)))))))..))..))))))))((((((....))).))))))))))....((((((.((((((((.((..(((.((((.((.((...((....(((.((((((....(((....)))..)))))).)))))...)))).)))).)))..)))))))))).))))))....(.(((((((((((((((((((((......((((.(.(.((((.(((...((((.((...))))))....)))))))).)))))((((((..((((((((((((((.((((....))))....(((((((((((.(((.((((.........)))).))).))))......((((((((((...(((((((....)))))))((((.((((((((((.(((((((....((((......)))).((((((((..(((.(.((....)).))))..))))))))))))))))))))..))..)))..))))..((.((....)).))(((((.(((..(((...))).))).)))))))))))))))...)))))))...((((((((((((((((.(((((((((....(((((((((((((((((((..(((((((...))))))).((((((((((...((((.(((((((.(...(((((((((((((((((((.((....)))))).(((((((((((.((((((...((((((.(((...(((((.((((.(((....))).)))))))))...)))(((((..((...(((....)))..))..))))).((((((...((((.....)))).)))))).((((.((....))))))...((((....)))))))))).))))))(((((((....)).)))))...((((...(((((.(((((((.((((((.((((.....)))).).))...(((((.(((....)))...)))))(((((((.....((((.....)))).((.((..((((((((((((((((((((((...((....((((.....))))....)).))))))))..((((((.((.....))))))))((((.((.((((.(.(((((.....((((((.(((((.......((((((((((.((.((((((((((((..((..((.((.(((((((...((((..((((..((((.(((((...(((((.......)))))..((.(((((((((.((((((((((((.(((((((....)))))))......(((((......((((((........................))))))......)))))...........................(.((((.(((((...))))).)))).)....((((.....)))).))))).........((((((((.((((.....)))).)))..)))))..((((....))))))))))...).))))))))).))))))).)))).))))..))))...)))).)))..)))))).)))))).)))))).))..)))))))))).......))))).))))))))))).).)))).)).)))).(..((((((.(((((((((((((((...(((..((((((((....((((((...(((.........(.((((((((((((((....(((..(((.(((((.(((.((((.........((((.(((((...(((((((((..(((((...(((((((((((.(((((.....)))))))..)))))))))....)))))......)))))))))....))))).))))......(((...(((((....)))))..)))(((((((.((((((....)))...)))...)))))))...)))).)))..)).))).)))..)))...)))))))))))))).)....((((..((((..((......)).))))..))))..)))..))))))....)))............))))).)))...))))).))))...((((((.......))))))..)))))).))))))..).((((((.((.(((((....)))))(((((((((......(((((.(((((....))))).)))))((((((((((.(((((((((.(((((........)))))))..)).))))).))))).))))))))))))))))))))))..)))).)))))......))))).)).)))))))))...........)))))))))).)))))..))))..)))).)))).)))..(((.........(((((.(((((.....................))))).)))))........)))...))))))))...))))))).))))).))))))).(((.....(((((((((((((((.(((((((.(((((....(((((.......(.(((((((((.........))))))))).))))))))))).))))))))))))))))))).)))..)))..))))))))))........(((((((..((((((..((((((..((((.(((..(((((...((.....)).))))))))))))..))))))))))))((((...))))..((((.(((....)))..))))(((((....)).)))))))))).....((((((((.((((((((........)))))))).)))))))).)).)))))))))))))))))......)))))))((((((((((((((....))))))))).......)))))................((((((((((((..(....)..)))))).....(((((((((((((....((((((((((((.(((((....(((........)))....)))))))))..)))))).)).....)))))))....))))))(((((((((((((.((((((((.(((((((((((.((((.(...(((((((((.....))))))))).).)))))).)))).)))))..)))))))).))........(((((((((((((((.(((......))).)))).)))))))))))....((((....((...))..))))...)))))))))))...)))))))).))))))))...))))))))(((((((((.((((.((((....))).).)))).))).))))))))))))))))))))))))))(((((((...((((((((((..........((((.(((.(.(((((...(((((.(((((((((.((....(.((((..(((((...((.(((......)))..)).))))))))))...))))))))))).)))))..(((.((((.(((.(((.......))).)))..)))).)))............(((((....)))))(((((..(((((...)))))..)).)))..((((....)))).)))))).))))))))))))))))))))))))(((((.(((((((((((((.....))).))).))))))).)))))(((.((((((.(..(((..((...((((.(((((.((((.........))))...)))))..))))...))..)))..).).))))))))(((((...((.((((........)))).))...))))).....))))).)))))))))))))))).)((((((((.......))))))))...(((.((((...((((((........))))))........(((.((((((((...)))))))).)))......((((((...((((((((.((........))))))))))...)))).)))))).))).........))))))).))).((((((((((((...((((.((((((..((((.(((((((((.(((.(((((((((((((((((.......)))))))...((((.(((((..((((((.....((((((((((((..(((((((((((((...)))).((((((..(((.((((....((((.(((((((((((((((((..............(((((((...))))))).))))))))))))(((((((((((.((((((((.....(((((((....))))))).....))))))(((...)))........)).)))))))))))((((((.....)))))).....))))).))))..)))))))))))))(((((((((((((((((((...(((((((....))))))).....))...))))).))).)))))))))...(((....)))....(((((((....(((((.(.......).))))))))))))..))))))....)))..)))))))((((((((((((.(..(((((((.....))).......(((.((((((((..........((((((.......)))))))))))))))))))))..).)))))))).))))........(((((.(........).)))))...((((..(((..((((..........))))...)))..)).))..((((.(((((.....((((((((((......))).))))..)))....))))).))))..)))))....))).)))....))).)).)))).)))))))))).)))((((((.(((((((((((.........(((.((......)))))........((.(((((((...((...(((((.((((((((((((.(((((....((((.((((..(((..(((((......)))))..(((((((((((((((((((((..((((((((((((((..((((......))))..))).))))).((((((((.((((((((.((.....)).))))))))(((((((((....)))))..))))..)))))))).(((..(((.....)))..))).......(((.....)))))))))..)).))))).....(((((((((.......)))))))))...(((((...((((.(((((((((((((........((((((((((((((.(((((.(((((((((((((((((......(((((((((...(((((..(((.(((((((.(((.((((((((.((.(((((..(((((......((.............))......)))))..)))))..)).)))))))).))))))))....)).)))..))))))))))))))..)))))))......)))....))))).)).))))).).(((........))).....))))))...)))))))...........((.(((((((..(((((..........)))))........((((((((....(((......)))..)))))))).(((((((((((((.((...((((...))))..)).))))).)))......)))))..(((((.....)))))..............))))))).))(.(((....))).).))))))....))))))))))))))))(((((((...........((((....)))).(((.((.((...)).)).))).)))))))...))))))))....((((......))))....((((...))))......))))))))))))))))))))))))))))))..(((((((((..(((.((((.........................)))))))..)))))))))........(((((.((((..((........))..))))))))))))).)))))...))...))))))).)))))))))))))..)))).)).....((((((((.(((((..((((.........))))))))).........((((..(((.(((((....(.((.(((.(((((((...))))))).))).)))....))))))))))))..((.(((((((((((.((((((((.(((..(......)..))).))))).)))..))))......(((..(((((.(...(.(((((....)))))).).))))).)))(((.(((((.((((..(((((((...(((((.(((((......)))))....)))))))))))))))).))))).)))...)))))))))((((((((((....)))))))).)).))))))))...((((.((((((........(((((((.((((((((((((((((((((((..((((....(((((((((((((((((...((..((((.(((.(((..........)))))))))).)).)))))))))))....)))))).))))))))).((((((((((((..(((((...((((((..........)))))).......((((...))))..))))).)))))))..(((((((......).))))))..................))))).....))))))))..............)))))))).).)))))))........)))))).)))))))))))))))))..))))))...))))...))))))).....(((((((((((((.....(......).....))).)).))))))))..............((((((((((((((((...((((.(((((...(((((....))))).))))).))))))))))))))))))))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{((((((((((((((((..((((({.....,}||)))).....((((((((.((..(((((((||.,,{{|{{||||{|{..{,.,.}.,))))})))})}.,...}}...)))))))..))..))))))))((((((....))).)))))))))}...,((((((.((((((((.((..(((.((((.((.((...{..{.((((.((((((.,..(({...,)})..)))))).))))}...)))).)))).)))..)))))))))).))))))}.,.{.(((((((((((((((((((((...,.((({(.(,(,((((.(((.{.((((.{{...))))))..,.)))))))),))}||((((((..((((((((((((((,((((....)))).,..(((((((,(((.((({((((,.,,,..,.|},}{{,{({{{{{.....,,|||}||}|}..(((((((....)))))))|.||||||(((((({({{(((.,{{{..((({,{,{{|||,,(,((,(((|{(({.{|,,..{{,}.||||,,|||}}}}}))})})))))||.|||..||)},}}....||.||..,})}|||{({{{.{{{,,|||,,}))}.))).}))))))))))))))}..)))))))...(((((((({{(,(((({(((((((((....(((((((((((((((((((..(((((((...))))))).{((((((({(,,,(({(,{{{(({{.(|.,{{{{|{|||||(({(((((,({,,,,||||||{{{{((((((((,((((((...((((((.(((...(((({,((((.(((....))).)))))))))...)))(((((..((,..(({....}))..))..))))).((((((,...(({....,}}.},)))))).(((,,((....))))))...((((....)))})))))).)))))){||{(((,{.,||.}|||,...{{{{,,.(((((.(((((((,{((,{{.((((.....)))).}.,,...(((((.({{....}))..,)))))((((((({....((((.....)))).{{.,(,.((((((((((((({((((((((..,((,,..((((....,)))},}.,)}.)))))))),,(((((({{{.....}))))))){(((.({.{{{{.|,|{|{|....{((((((.(((((.....{,({((((((((.((,((((((((((((..(,..((.((.(((((((...((((..((((..((((.(((((,,{{((((......,)))})}}((.(((((((((,((((((((((((.(((((({....}))))))......(((((......{(((((({,.....,,,,............,}}))}......)))))...........,........,......,.((({.(((((...))))).}))).)....((((.....)))).)))))..,,....,{(((((((.((((.....)))).)))..))))}..((({....}))))))))).,,,.))))))))).)}))))).)))).))))..))))...)))).)))..))))},,)))))).)))))).),,.))))))))))}}.}...))))).)))))))}}}|.,.}})),)).)))}.{..((((((.((((({(((((((((...(((..((((((((....((((((...(((.........(.((((((((((((((,...(((..(((.(((((.(((.((((.........((((.(((((...(((((((((..(((((...(((((((((((.(((((.....)))))))..)))))))))....)))))......)))))))))....))))).))))......(((...(((((....))))),.)))(((((((.((((((....}}}...)))...)))))))...)))).)))..)).))).)))..))).}.)))))))))))))).)....((((..((((..{(......}).))))..))))..)))..))))))....))),...........})))).)))...))))),})))...((((({.......}))))}..}))))).))))))..}.((((((.({.(((((....)))))(((((((((......(((((.(((((....))))).)))))((((((((((.(((((((((.(((((........))))),).,))}})))).))))).)))))}))))))))})))))))..,))).)))))......))))).}),)))))))))...........)))))))))).)))))..))}|,{{|||{}},,.))),.|{{.,|.,,,..(((((.(((((.......,,...},.......))))).)))))........)))..})))))))}}}}))}),,,}})))).)))))}),|((.....(((((((((((((((.(((((((.(((((....(((((.......(.(((((((((.,,....,,))))))))).})))))))))).))))))))))))))))))).)))..))),|}}||||}}}}...|,,|.(((((((..((((({..((((((..(((,{(((,.,((((...((.....)).)))))))))))),.)))))))))))){(({...}}}}..{{{{.(((....)))..))))((({{....}},,))))))))),}.}.((((((((.((((((((........)))))))).)))))))).)).)))))))))))))))))......)))))))((((((((((((((....))))))))).......)))))..,......,..,|,.{(((((((((((,{{.,,.}..}))))).....{((({{(((((((..,.(((((((({(({{(((((....{{(........))),...)))))))),.,)))))).)).....))))))),,.,))))}}(((((((((((((.((((((((.(((((((((((.((((.(...(((((((((.....})))))))).}.)))))).)))).)))))..)))))))).))........(((((((({((((((.(((,....,))).)))),))}))))))))....{{((....||...)),,))},...)))))))))))...)))))))).)))))))}...))))))))(((((((((.((((.((({....))).).)))).))).))))))))))))))))))))))))))||(((((...((((((((((..........((((.(((.(.(((((...{((((.(((((((((.{(....(.(((,.{(((((,..{(.(((......)})..}},)))))))))}...))))))))))).))))}..{((.((((.(((.(((.......))).)))..}))).))).........,..(((((....}}))){{{,,..((({{...)))))..}}.)}}.,((((....))))})))))).)))))))))))))))))})))))|(((((.(((((((((((((.....))).))).))))))).)))))|((.(((((,.{..(((..((...((((.(((((.((((.,.....,,))))...)))))..))))...))..)))..,.}.)))))))|(((((.{{((.((((........)))).)).}})))))}....))))).)))))))))))))))).|((((({((,{.....||}}}}}}..,{{{{{{{{|,.((((((........))))))......,,(((.((((((((...)))))))).))).{((.,((((((...((((((((.{(,.....,,))))))))))...)))).)))))).......,,,...))))))),)}}.,,,,,(((((((...((((.((((((..((((.(((((((((.{((.((((((((({(((((((.,....})))))))...((((.(((((..((((((.,,,{(,((((({{{{,..,{{{,{{{{((({,,.||||,(((((,.,(((.((((....((((.((((((((((((((((({..{{,......}}|((((({...}))))))}))))))))))))(((((((((((.((((((((.....(((((((....))))))).....))))))(((...)))........)).))))))))))){(((((.....)))))}.....))))).))))..))))))))))))){{{{{(((({{{{{((((|,,.,,{|(((,{{{|||}|||{{{|{,|,,{|},},||,|,|||}}},,,...,|||,..,|||...(({(((({{,{(,{{({({.{((({,{|,|||.,.)))}),)))),..,.,)})))})}}),)},))))}}}}||,|.{((((((((.....(((.......,{{..,((((((({{((.....,,|||}|{....,,(((((((...))),,))}))))))...,,}..,,,)))....}))))))}}||||,}}}}}))))},,,..,,.,|||}.{{{{,..}}},,,.}|}},,.}}}..|||{||.|||{}|||||,...}|||||||||{|{{,,{||{{|||}..,))}}..}))),.)))),,}}}),}}}.))}.)))....)))})}.)))),)))))))))).))}((((((.(((((((((((.........(((,({......}}))),,},....((,(((((((...((,..(((((.((((((((((((.(((((...,((({.((((,.((((,{((((......)))))))))||||||||..|||{((({{..{{{{{{((((((((..((((......))))..))).))))).((((((((.((((((((.((.....)).))))))))(((((((((....)))},,}))))..)))))))).{(({,(((,,...}}}..|||,.{{{{,....}))}),})))}))..}},))))}),,,.(((((((((.......}))))))))...(((((...((((.(((((((((((({.,,,....((((((((((,,,,.(((((.(((((((((((((((((......(((((((((,..(((((..(((.(((((((.(((.((((((((.((.(((((..(((((......{(.............))......)))))..)))))..)).)))))))).))})))))....)).)))..))))))))))))))..)))))))......)))....))))).)).))))),|.{((..,,....,,,....,))}}}}}}})))))))...........((.((((((({{{({,{{{{,,..,..}}))||,,..,}.((((((((...{({,.......}}..)))))))).,,|,(((((((((,{,...((((...))))..}).))))).)))}{(({,((|,...|||{|,,,.,))))).........,,...))})))}.}},.{{{....))),}.))))}),,,.))))))))))))))))(((((((...,,....,,((((....)))).(((.((.((...)).)).))).)))))))..{(((((((((({.((({....{{|},,....,{{,,...)))},,,..,))))))))).)))}}})))))))))))))..(((((((((,.(((.((({.........................))))))).,)))))))))........(((((.((((..{{........}}..))))))))))))).))))).,.))...))))))).)))))))))))))..}))).)),....((((((({.((((((((({(.(((({,,.{|{.(((((((...}))))))).).))))))),){{(({(((((({,.,{(((...,||(((((.,,.,,,..})))))))))))}}}))}}}},.}|,((((.((((((((.(((..{......)..))).))))).)))..)))).,,|{|(({..,{{{{.|,,,|,|((({....}||}}|.},}}}}}.)}}(((.(((((.((((..(((((((.,.({({{.(((((......)))))..,,),)))))))))))))).))))).)))...,,))))))))}((((((((....))))))))....})))))))...{(((.((((((.{{.....(((((((.((((((((((((((((({((({..,(((,{..{((({{(((((((((((...((.{{(((.(((.(((..........))))))))))})).)))))))))))....}}}})}.||||,}}},,||||{(((((((..(((({...((((((..........)))))).......((((...))))..})))).)))))))..||,|{{{|,....}.))))},..........,,}},,,}))))).....))))))))}.............})}))))).}.))))))).,,.....)))))).)))))))))))))))))..))))))...))))...))))))).....(((((((((((((..{{,(......).,,,.)))}}),))))))))...,{{{.,{{.(,(((((((((((({,{{{{(((((.(((((...(((((....))))).))))).))))))))))))))))))))).))).}}}.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_015995.4 NCBI
ACACGGAGCCGCGGCGCGCACGGCAGCUGUCCCGCCUGCCACAAUGCGC… 6845 nt 0.5768
Summary

KLF13 belongs to a family of transcription factors that contain 3 classical zinc finger DNA-binding domains consisting of a zinc atom tetrahedrally coordinated by 2 cysteines and 2 histidines (C2H2 motif). These transcription factors bind to GC-rich sequences and related GT and CACCC boxes (Scohy et al., 2000 [PubMed 11087666]).[supplied by OMIM, Mar 2008]

Forensic Context

A study in human postmortem brain tissue demonstrated that the KLF13 exhibits a complex expression pattern, with higher expression in the major depressive disorder (MDD) group and lower expression in the MDD suicide (MDD-S) group compared to controls [Pantazatos et al. DOI:10.1038/mp.2016.130].