Basic Information

Symbol
KLF6
RNA class
mRNA
Alias
KLF Transcription Factor 6 CPBP COPEB PAC1 BCD1 ST12 GBF Zf9 Suppressor Of Tumorigenicity 12 Protein Core Promoter Element Binding Protein GC-Rich Sites-Binding Factor GBF B-Cell-Derived Protein 1 Transcription Factor Zf9 GC-Rich Binding Factor Krueppel-Like Factor 6 Kruppel Like Factor 6 Proto-Oncogene BCD1 Suppression Of Tumorigenicity 12 (Prostate) Core Promoter Element-Binding Protein Kruppel-Like Zinc Finger Protein Zf9 Protooncogene B-Cell Derived 1 EC 2.1.1.43 EC 6.1.1.15 CBA1
Location (GRCh38)
10:3775996-3785281
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001300.6
Sequence length
4590.0 nt
GC content
0.4569

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1473.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1561.11 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1141.07
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001160124.2 NCBI
GCAGUCAGUCCGGUGUUUGCAAAUAUUGUGUGGGCUCCGCGCGCUGCGG… 4464 nt 0.4532
NM_001160125.2 NCBI
GCAGUCAGUCCGGUGUUUGCAAAUAUUGUGUGGGCUCCGCGCGCUGCGG… 4466 nt 0.4554
NM_001300.6 NCBI
GCAGUCAGUCCGGUGUUUGCAAAUAUUGUGUGGGCUCCGCGCGCUGCGG… 4590 nt 0.4569
Summary

This gene encodes a member of the Kruppel-like family of transcription factors. The zinc finger protein is a transcriptional activator, and functions as a tumor suppressor. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene, some of which are implicated in carcinogenesis. [provided by RefSeq, May 2009]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that transcription factor sets, including the KLF6, were identified as superior biomarkers for wound age estimation in skeletal muscle contusion models, with a specific transcription factor set from weighted gene co-expression network analysis achieving high accuracy in machine learning models for time point classification [Shen et al. DOI:10.1007/s00414-024-03210-6]. In a porcine model of myocardial infarction, the KLF6 gene was induced in ischemic heart tissue and a novel long noncoding RNA expressed antisense to it was repressed, with its protein level change confirmed and its transcription factor motif identified as a major regulator of enhancer activity during ischemia [Kaikkonen et al. DOI:10.1161/CIRCGENETICS.117.001702].