Basic Information

Symbol
KPNB1
RNA class
mRNA
Alias
Karyopherin Subunit Beta 1 NTF97 Impnb IPOB IMB1 IPO1 Pore Targeting Complex 97 KDa Subunit Karyopherin (Importin) Beta 1 Importin Subunit Beta-1 Nuclear Factor P97 Importin 1 MGC2155 MGC2156 MGC2157 PTAC97 Karyopherin Subunit Beta-1 Importin Beta-1 Subunit Importin 90 Importin-90
Location (GRCh38)
17:47649476-47685505
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002265.6
Sequence length
6058.0 nt
GC content
0.4497

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1845.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1956.99 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1434.61
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001276453.2 NCBI
CUGACCUGGAUGAAUAGAGACCUAAUCACUAGGGAUCUGCACCCAGAAA… 5945 nt 0.4326
NM_002265.6 NCBI
CCCUCCCUGCGCGCCGCCUCUCACUCACAGCCUCCCUUCCUUCUUUCUC… 6058 nt 0.4497
Summary

Nucleocytoplasmic transport, a signal- and energy-dependent process, takes place through nuclear pore complexes embedded in the nuclear envelope. The import of proteins containing a nuclear localization signal (NLS) requires the NLS import receptor, a heterodimer of importin alpha and beta subunits also known as karyopherins. Importin alpha binds the NLS-containing cargo in the cytoplasm and importin beta docks the complex at the cytoplasmic side of the nuclear pore complex. In the presence of nucleoside triphosphates and the small GTP binding protein Ran, the complex moves into the nuclear pore complex and the importin subunits dissociate. Importin alpha enters the nucleoplasm with its passenger protein and importin beta remains at the pore. Interactions between importin beta and the FG repeats of nucleoporins are essential in translocation through the pore complex. The protein encoded by this gene is a member of the importin beta family. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Feb 2013]

Forensic Context

A study in zebrafish demonstrated that the KPNB1 transcript, a nuclear import protein, increased in abundance at 24 hours postmortem [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].