Basic Information

Symbol
KRIT1
RNA class
mRNA
Alias
KRIT1 Ankyrin Repeat Containing Krev Interaction Trapped 1 CCM1 CAM Cerebral Cavernous Malformations 1 Protein Krev Interaction Trapped Protein 1 Ankyrin Repeat-Containing Protein Krit1 Cerebral Cavernous Malformations 1 KRIT1, Ankyrin Repeat Containing
Location (GRCh38)
7:92197498-92246166
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_194454.3
Sequence length
4079.0 nt
GC content
0.3771

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-988.85 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1071.97 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1069.57
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001013406.2 NCBI
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUA… 4417 nt 0.3815
NM_001350669.1 NCBI
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUA… 4385 nt 0.3802
NM_001350670.1 NCBI
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUA… 4565 nt 0.3803
NM_001350671.1 NCBI
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUA… 4755 nt 0.4015
NM_001350672.1 NCBI
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUA… 4175 nt 0.3753
NM_001350673.1 NCBI
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUA… 4445 nt 0.3789
NM_001350674.1 NCBI
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUA… 4674 nt 0.3832
NM_001350675.1 NCBI
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUA… 4593 nt 0.3777
NM_001350676.1 NCBI
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUA… 4556 nt 0.3782
NM_001350677.1 NCBI
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUA… 4344 nt 0.3837
Showing 1 to 10 of 34 entries
Summary

This gene encodes a protein containing four ankyrin repeats, a band 4.1/ezrin/radixin/moesin (FERM) domain, and multiple NPXY sequences. The encoded protein is localized in the nucleus and cytoplasm. It binds to integrin cytoplasmic domain-associated protein-1 alpha (ICAP1alpha), and plays a critical role in beta1-integrin-mediated cell proliferation. It associates with junction proteins and RAS-related protein 1A (Rap1A), which requires the encoded protein for maintaining the integrity of endothelial junctions. It is also a microtubule-associated protein and may play a role in microtubule targeting. Mutations in this gene result in cerebral cavernous malformations. Multiple alternatively spliced transcript variants have been found for this gene. [provided by RefSeq, Sep 2009]

Forensic Context

A study in Sprague-Dawley rats demonstrated that the gene KRIT1 was downregulated in the L4-L5 spinal cord segments 14 days after tibial fracture, where it was identified among the top five differentially expressed genes [Deng et al. DOI:10.1038/s41598-025-17561-6].