Basic Information

Symbol
KRIT1
RNA class
mRNA
Alias
KRIT1 Ankyrin Repeat Containing Krev Interaction Trapped 1 CCM1 CAM Cerebral Cavernous Malformations 1 Protein Krev Interaction Trapped Protein 1 Ankyrin Repeat-Containing Protein Krit1 Cerebral Cavernous Malformations 1 KRIT1, Ankyrin Repeat Containing
Location (GRCh38)
7:92197498-92246166
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_194454.3
Sequence length
4079.0 nt
GC content
0.3771

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-988.85 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1071.97 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1069.57
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001350678.1 NCBI
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUA… 4425 nt 0.3894
NM_001350679.1 NCBI
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUA… 4507 nt 0.3819
NM_001350680.1 NCBI
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUA… 4387 nt 0.3880
NM_001350681.1 NCBI
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUA… 4922 nt 0.3956
NM_001350682.1 NCBI
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUA… 4884 nt 0.3943
NM_001350683.1 NCBI
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUA… 4541 nt 0.3944
NM_001350684.1 NCBI
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUA… 4672 nt 0.3833
NM_001350685.1 NCBI
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUA… 4677 nt 0.3817
NM_001350686.1 NCBI
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUA… 4886 nt 0.4007
NM_001350687.1 NCBI
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUA… 4428 nt 0.3878
Showing 11 to 20 of 34 entries
Summary

This gene encodes a protein containing four ankyrin repeats, a band 4.1/ezrin/radixin/moesin (FERM) domain, and multiple NPXY sequences. The encoded protein is localized in the nucleus and cytoplasm. It binds to integrin cytoplasmic domain-associated protein-1 alpha (ICAP1alpha), and plays a critical role in beta1-integrin-mediated cell proliferation. It associates with junction proteins and RAS-related protein 1A (Rap1A), which requires the encoded protein for maintaining the integrity of endothelial junctions. It is also a microtubule-associated protein and may play a role in microtubule targeting. Mutations in this gene result in cerebral cavernous malformations. Multiple alternatively spliced transcript variants have been found for this gene. [provided by RefSeq, Sep 2009]

Forensic Context

A study in Sprague-Dawley rats demonstrated that the gene KRIT1 was downregulated in the L4-L5 spinal cord segments 14 days after tibial fracture, where it was identified among the top five differentially expressed genes [Deng et al. DOI:10.1038/s41598-025-17561-6].