Basic Information

Symbol
KRT10
RNA class
mRNA
Alias
Keratin 10 K10 CK10 KPP Keratin, Type I Cytoskeletal 10 Keratin 10, Type I Cytokeratin 10 CK-10 Keratosis Palmaris Et Plantaris Epidermolytic Hyperkeratosis Cytokeratin-10 Keratin-10 EHK2A EHK2B BCIE EHK2 BIE EHK IHL
Location (GRCh38)
17:40818117-40822614
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000421.5
Sequence length
2143.0 nt
GC content
0.5203

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-746.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -783.89 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 422.34
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000421.5 NCBI
AGGCACUCCCUGGGCUAAACAGCAUCACCAUGUCUGUUCGAUACAGCUC… 2143 nt 0.5203
NM_001379366.1 NCBI
AGGCACUCCCUGGGCUAAACAGCAUCACCAUGUCUGUUCGAUACAGCUC… 2163 nt 0.5206
Summary

This gene encodes a member of the type I (acidic) cytokeratin family, which belongs to the superfamily of intermediate filament (IF) proteins. Keratins are heteropolymeric structural proteins which form the intermediate filament. These filaments, along with actin microfilaments and microtubules, compose the cytoskeleton of epithelial cells. Mutations in this gene are associated with epidermolytic hyperkeratosis. This gene is located within a cluster of keratin family members on chromosome 17q21. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that a novel RNA suspension-fluorescent in situ hybridization (RNA S-FISH) method using a locked nucleic acid (LNA) probe for the KRT10 mRNA successfully labeled fresh and aged (10-month-old) buccal and vaginal epithelial cells, with the probe showing specificity by not hybridizing to leucocytes. This method enabled the isolation of labeled cells via laser microdissection, and full DNA profiles were obtained from 150 fresh cells, while aged cells yielded full profiles in 50% of samples and partial profiles with a minimum of 87.5% of alleles present [Williams et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2013.11.007]. A separate spatiotemporal single-cell analysis in humans identified the KRT10 as a keratin marker highly expressed in keratinocyte clusters during skin wound healing [Liu et al. DOI:10.1016/j.stem.2024.11.013]. A study in human subjects demonstrated that the KRT10 protein, detected via immunocytology, is positive in epidermal cells and negative in buccal cells, allowing for the discrimination of epidermal versus mucosal cell origin in forensic swabs [Schulz et al. DOI:10.1111/J.1556-4029.2009.01071.X]. The immunocytological technique successfully classified cell origin with 85-95% efficacy on postcoital and samples stored for up to one year, and q-RT-PCR analysis of KRT10 mRNA confirmed high relative expression in epidermal samples compared to mucosal ones.