Basic Information
Symbol
KRT2
RNA class
mRNA
Alias
Keratin 2
KRT2A
KRTE
Keratin, Type II Cytoskeletal 2 Epidermal
Epithelial Keratin-2e
Keratin-2 Epidermis
Type-II Keratin Kb2
Keratin 2, Type II
Cytokeratin-2e
Keratin-2e
CK-2e
KRT2E
K2e
Keratin 2A (Epidermal Ichthyosis Bullosa Of Siemens)
Epidermal Ichthyosis Bullosa Of Siemens
Location (GRCh38)
12:52644558-52652211
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
Wound age identification
MANE select
Transcript ID
NM_000423.3
Sequence length
2450.0 nt
GC content
0.5363
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-925.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-968.81 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
684.54
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGCACAGUUGAGUCUCCAGCCUUGACUCUUCUCAAGAGCCUGUGACUUU… | 2450 nt | 0.5363 |
Summary
The protein encoded by this gene is a member of the keratin gene family. The type II cytokeratins consist of basic or neutral proteins which are arranged in pairs of heterotypic keratin chains coexpressed during differentiation of simple and stratified epithelial tissues. This type II cytokeratin is expressed largely in the upper spinous layer of epidermal keratinocytes and mutations in this gene have been associated with bullous congenital ichthyosiform erythroderma. The type II cytokeratins are clustered in a region of chromosome 12q12-q13. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Forensic Context
A study in human skin wound healing using single-cell and spatial transcriptomics identified the KRT2 as a marker for suprabasal keratinocyte identification, where it was expressed in a suprabasal cell cluster in spatial transcriptomic analysis [Liu et al. DOI:10.1016/j.stem.2024.11.013]. A study in humans identified the KRT2 as a candidate mRNA marker for skin identification, ascertained from the GNF SymAtlas database [Visser et al. DOI:10.1007/s00414-010-0545-2].