Basic Information

Symbol
KRT25
RNA class
mRNA
Alias
Keratin 25 KRT25A Type I Inner Root Sheath-Specific Keratin-K25irs1 Keratin, Type I Cytoskeletal 25 Keratin 25, Type I Cytokeratin-25 Keratin-25A CK-25 K25A K25 Type I Inner Root Sheath Specific Keratin 25 Irs1 Keratin 25A Keratin-25 KRT24IRS1 ARWH3
Location (GRCh38)
17:40748021-40755331
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_181534.4
Sequence length
1669.0 nt
GC content
0.4919

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-532.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -563.67 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 414.86
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((((((((((((((.......(((((((.(..((.(...((((((((.....((((((((((.((((((((((....((..(((....(((....(((((((.((((((.....)).)))))))))))))))))..))...)))))))))).))....(((((((((((((.((...((((((.....((((((((((..((((((((((((((..((..((((((((.......))))))))((.((((..........)))).))((((((((((.......))))(((((..(((...........)))..)))))((((((((.(((((.(((((((((((((((((.(..(((....)))..))))))))....((((((((.((((((.(((..(........)..))).))))).).)))))))).........(((((((((((((......((((((.((........)).))))))(((((..((((((........((((((.(((.((((((.....(((((((.((((((((.((..(((((.((....)).))))))).))))).((((.(((....))).))))(((.((....)).)))..((((....)))).......))).)))).))).....)))))).)))..))))))......))).)))..).))))........................).))))))).....))))).))))))).)))..(((..(((...(((....))).)))..))).)))))(((..(((....((((((((......(.((((((((........)))..))))))))))))))...)))..)))((((((...((((........))))))))))((((....)))).......))))))))))))))......))..))))..)))))))).))....))))).)))))...........(((.(((((...)))))...))).))))))....)).)))))))))))))....)).))))))...((((.....((((((.......))))))......))))..)))))))).)))..).)).))))).....((((........)))))))))))))))..))))))....))(((((((((((..((.((((((.((.((........)).)).......((((((((....))))))))..)))))).))...)))))))))))....(.(((((((....((.((((((...(((((.((....((((..(((((((....(((((...)))))((((((((......(((((((................))))).)).(((((........))))).......((((((((........))))))))...(((((..(((((((((.....((....))........)))).))))).))))).((((((.((..(((.((...(((......))).)).))).)).))))))..)))))))).)))))...))..)))).....)).)))))...)))))).((((((......(((((.......)))))........((((....))))............))))))......))...))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,..,{,(((((((((((((((((.......,,((((({({,,....,,||,,{{,,.....((((((((((.((((((((((....({{,((,.,...||}}.,(((((((.((((((.....)).))))))))))))}},}|..,,..,)))))))))).}}..{.(((((((((((((.((...((((((.....{(((((((((..({((((((((((((,{(,..((((((((.......)))))))){{.{{|||,,,,...,})))).}}{{|||{,,{{,,,,...}))){((({..{{(..,,...}},.}}}..}||||((((((({.{({((,(((((((((((((((((.(..(((....)))..)))))))),...,,,{,{{{{(((((,,{,{..,.,|,{|.,,.,}||,|||,{{|{||,..,,...}}))}}.|||||,,,,,||},.....,(((((.((........)).)))))}{{{{|..{|||||,..,,,..||||||,|{{.{{|{{{.....|||||||,,,,(((((.((..(((((.((....)).))))))).))))){(((({{{{,||||||.{{|{(((,(,,{|,||,||||..|||||||||||.......,,}.))}},}||...,.}}}))).}}},,)))}}}......))).))}.|}.)}}}.,,,.{{{{...............)})),,,}},,.,.))))),,|||||},|||{.(((..(((...(((....))).)))..))).))))}(((..(((..,.((((((((......,.((((((((........)))..))))),)))))))).}.)))..)))((((((,,.,(((.....},,,)),)))))){({(....))))..,,,{{|||}|||}}}}}}),,,.}})),,))))}.,))))))).))....})))).))))).,,,.....,.{{{.{{||{...))))).,,),}.))))))....)).))))))))))))).,.,)).))))))..}||||.....,{{|(,(({{{{,||,},..{{{{{||||...,,,)))),})))},..)))))))).,,.((((........)))))))))))))))..))))))....|,(((((((((((.,((.((((((.((.({........}}.}}......,((((((((....))))))))}.)))))).)).,.))))))))))).,..(,(((((((....{{.(((((({(((.((({.(,...((((..(((((((....((((,...|))}}(((({{{{,,||{,({{(({{,.|,..,.|||.,.....}}}.}}.(((((........)))))..|,,..((((((((........))))))))...(((((..(((((((((.....((....))........)))),,)))).))))).(({{{{.,{..{{{.{{...(({......))).}).))),}}.)))))}..}))))))).)))))...))..)))).....,)))))))}..)))))).(((({{.......,{,,.{{{{..,,,,{{{{.,,..,{{|,,,,)})}.))}},,,..,,))))))......}}...)))))}},......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_181534.4 NCBI
AGAAGGCACUCCAUUCUGGCUUUCACAAAUACAGCUCUGCAACGCGUUU… 1669 nt 0.4919
Summary

This gene encodes a member of the type I (acidic) keratin family, which belongs to the superfamily of intermediate filament (IF) proteins. Keratins are heteropolymeric structural proteins which form the intermediate filament. These filaments, along with actin microfilaments and microtubules, compose the cytoskeleton of epithelial cells. The type I keratin genes are clustered in a region of chromosome 17q12-q21. [provided by RefSeq, Jul 2009]

Forensic Context

A study in humans identified the KRT25 as one of the top five downregulated genes in burn patient skin tissue compared to normal skin, based on differential expression analysis of a transcriptomic dataset [Yang et al. DOI:10.3389/fgene.2021.781589].