Basic Information

Symbol
AP3B1
RNA class
mRNA
Alias
Adaptor Related Protein Complex 3 Subunit Beta 1 ADTB3A HPS2 Clathrin Assembly Protein Complex 3 Beta-1 Large Chain Adaptor Related Protein Complex 3 Beta 1 Subunit Adaptor Protein Complex AP-3 Subunit Beta-1 AP-3 Complex Subunit Beta-1 Beta-3A-Adaptin Beta-3A Adaptor-Related Protein Complex 3 Subunit Beta-1 AP-3 Complex Beta-3A Subunit ADTB3 HPS PE
Location (GRCh38)
5:77991640-78294762
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003664.5
Sequence length
3980.0 nt
GC content
0.4141

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1084.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1161.60 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 886.33
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((.((((((((((.(((((((((.((((.......)))))))))(((((((((((.........((.((((((.....((.((((.....((((.............))))....)))).))....)))))))).........))))))))))).)))).)))).(((((((.((.((((((((((............((((...))))(((...)))(((((((((((((((((..(......)..)))))....))...))))))))))..........((((((..(..(....)..)..))))))..(((.((((((((............))).))))).)))....((((((((((.(..((.((((((((((...((((((....(((((....)))))..))))))..))))))..)))).))..).))))))))))..)))).)))))).))....((........)).)))))))..((.......))........)))))).))))))).........(.(((((((((((((((........))))...)).))))))))))...((((..(((....)))..))))....((((((((((......((((.....))))................((.((.(((.....((((((......(((((((...)))))))....))))))...))).)).))((((((........)))))).((((((((....(((((((....((.((((.......((((.((((((.....((((((...((((.(((...))))))).((((((((.(((((((((.((((.((((...(((.(((((......).))))...)))...(((((((((.(((((.....)))))))))))))).........((((((..(((((((....((((((....))))))((((...((((..(((..((......(((((...)))))..(((((((((..........((((((((.....(((...((((((((((((.....))))((((((.(((((...(((......)))...)).)))))))))....)))))))).)))...)))))))).(((((((((((((((((((.(((((((((((....((((((((((((((......((((((...))))))........(((.((((..........)))).)))((((((((..(((((((((((...(((((.......))))).))).))))....................(((((.......)))))))))..))))))))(((..(..(((((........)))))..)..)))...........(((((((.((((((((..((......((((((.......))))))(((((((.((.(((.((.(((.....))).))))).))..))).))))...))..)).)))))).)))))))...((((((((((.....((......))......)))))).))))....((((.(.((........)).).)))).......))))))))).)))))))))))))))))))..(((.((((((........)))))).))))))))))..((((((((((..(....)..))))).)))))...((((...)))).)))))))))..)))))))))......(((((.........((((((((((..((((....................))))..)))))..)))))....((.(((((((((((....(((.((........)))))....).)))....))))))).))(((((((((..((((((...........))))))..))))).....))))...............((......)))))))...))..)))))))))))........)))))))..))))))...))))))))..)))).))))))))))))).......((((.((..((((....))))..)).)))).(((((........)))))...((((((...(((((.((..(((..((((((((((.(.....(((((((((((((....((((((....((((((((((......))))....(((.(((((((.....)))))))..))))))))).((((((((.((((((.......((.....(((....(((((((((((.((((((..(((((((((.(((((((.((((((((.(((..(((((((((((((((((..(((((..(((((((..((((.(((.............(((((.(((((((..((.....((...))......(((((((((((((.(((((((.............((((.((((..((((((.((....)).))))))))))...))))......))))))).).)))...)))))))))...(((...(((((.(((.........))).))))).)))...........................))..))))))).....(((.((((((.(((..(((((((...........)))).)))...(((.((((((((((........(((((((((..(((((((((((((((....((((....((....))...))))....))))))))))(((.((((((....(..(((((....)))))..)....))))))...))).(((..(((((...((......))..)))))..)))((((...(((((((..(((.....(((((.(((.(((((((((.(((.......(((((((((((.((((.......((((.....))))...(((((((.........)))))))(((((((......)))))))...((((..(((.(((....))).)))..))))......(((((....((((((.(.((....)).)...)))))))))))........)))).))))........(((.....))).......))))))).....)))))))).))))))))))))))))))..))))...)))))))))..)))))))))..))))))).))).)))..))))))))).)))))))).......((.(((..(((((...(((..(((.((((((((((((((((((.......((((.((......))))))...))))))))..)))))......(((((..(((....)))..)))))))))).)))....))).((((((((((((.......(((...((((....))))...)))..................)))))))))))))))))..))).)))))..))))..)))))))..)))))...))..)))))))))...))))...........(((((.........))))).))..)))..)))))))))))................((((..((((......))))))))(((......)))...)))).)))))))))((........)).((((((((((......).)))).))))))))))).)))))))))))....)))....))......)))))).))).)))))....))))))...((....)).))))).....)))))))))))))))).)))..)))..))..)))))...))))))...))))))..)))))).)))).......))))...))....))))))).......((((((.(((.....(((..((((...(((.....)))))))..))).(((((((((........)))))))))......(((.((((.((((((((.(((((.....))))).)))).)))).))))...))).......))).))))))......))))))))....((((((..........)))))).....)))))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((.(((((((((({((({(((((.((((.......)))))))))(((((((((((.........((.((((((.....((.((((.....((((.............))))....)))).))....)))))))).........))))))))))).))))})))).(((((((,((.((((((((((............((((...,)))|,(...}}}(((((((((({{{{(((,.,......,..}}})),...})...)))))))))){,,{,,....((((((..,..(,...),.,..)))))),,|||,((((({{(............,)}.))))).}}}....((((((((((.(..((.{((({((((({{{(,((((....(((((....)))))}})),)))},}))))},.)))}.))..).))))))))))..)))).)))))),))....((........)).)))))))..((.......)}........)))))).))))))),{,,,....{.(((((((((({((((........)))),..}}.}))))))))|,..((((..(((..,.}}|,.}}}}....{{{{((((((......{(((.....)))}.,..............{{{,{.,{{.....((((((......(((((({...}))))))....))))))...},,..,,||,{,|||},.,,,},}})}}|||||,,|||,...(((((((....((.((((.,,,,..((((.((((((.....((((({...{{{,.{{,...}}}||||.((((((({{(((((((((.(((,{((((...(((.{{{((......}.}}})...)))...(((((((({,(((((.....)))))))))))))).........((((((..(((((((,...{(((((....)))))|((({..,((((.,,,...,,......(((((...)))))..(((((((((..........((((((((.....(((...((((((((((((.....))))((((({,(((((...(((......)))...)).)))))))))....)))))))).)))...)))))))).(((((((((((((((({((.(((((((((((,...((((((((((((((......((((((...)))))).........|,.{{(({,.{{{{{..||||.|,,((((((((..(((((({((((...(((((.......))))).))).}}},.,.{{|....,,|,.}}...||(((.......)))))))))..))))))))...}}|,,(((((.,.,,,{{|},,,..|,,||........,{{.(((((((.((((((((..((...,,{(((((({,..,{,|,}}}}|||,,|{}||.(((.((.(((.....))).))))).))}}))).}}},...))..))}}})))).))))))).,,((((((((((.....((......))......)))))).)))).,,,||||,|,||,.......}}.,,),)),,}))))))))))))).))))))))))))))))))}..(((.(((((({,....,})))))).))))))))))..{(((((((((..,....}..))))),)))))...((((...)))).)))))))))..)))))))))......{((((.........((((((((((..((((....................))))..)))))..)))))....||.(((((((((({....{((.((........))})),,..}.)))....))))))).,.(((((((((..((((((..,........))))))..))))).....))))...............((......))))))}...}},,,),)))))))),.....,.)))))))..))))))...))))))))..}))).)))))))))))))...}}},((((.({..((((....})))..)).)))).(((((.......,))))).{,((((((.,.(((((.((..(((..(((((((((,,{{...}||{(((((,{{{(..{((,,((....}))))).,,,,}}}}}.))))}...{{{.(((((((.....)))))))..}|(((((((.(((((.(((((((.,.,((((.,{{{.{{(,({{{.(((((((((((.(((((((((((.{.,,{.{{(((((.((((((((.(((..((((((((((((((({(..(((((..(((((((..((((.{((......,,..{(((((((,{{((({{..{{....,{{...||......((((((((({(((.(((((({,............((((.((((..((((((.((....)).))))))))))...))))......))))))).}}}))...)))))))))...{||...{((({.(((,....,,,,}}}.))))).|||,,.........................},.,))))}}|.....(((.((((((.{{{..(((((((...........)))).))),,.(((.(((((((({(........(((((((((..{{{{{((((((((((....({(({{{.((....)).}}))))....))))))))))|,(.((((((....{..(((((....))))}..,....)))))),..|,,.{{{..(((((...((......))..)))))..}}|{{{(...((({(({..{({.....(((((.{((.{((((((((.{((.......(((((({{(({.{(((,,,....|||{.....}}}}...{{{((((,........)))))}},{(((({...,,,)))))},...{(((..(((.(((....))).)))..)))}..,,,,{{{,,..,,{||{{|,|,{{...,)),},,,}}}}}}}||||..,,,,,.)))).)}))...,,,|{{{{,,,,.}},.,,,...))))))).....)))))))),,)}}))})))))}}})))..})))..,)}}}))}}}..)))))))))..))))))).))).))).,)}})))))).)))}}}))},.,..,((,(((.,(((({,,,{{{..{((.((({{{((({{(((((((.,{,...{{{{,{{..,,,.)))))),..))))))))..}))))......(((((.{(({....,,),.)))))))))),)))....}}}.((((((((((((,....{{(((...((((....))))...))}.}}}....,,,}}.,...))))))))))))}))))}}),,,)})))..))))..)))))))..)))))...))..))))))))}..}))))...........(((((.........))))).))..)))..})))))))))),.,},,..........||||}}||.....{{{,,}}}((((({,(((((.{{.{.((((({.|,|....||...})))))).}},))))}))))}}..,.,)))....,,,))))),))))))))))|,|..,,,...,}}}.....,,,},}.},,,}}}))}).})).})}..)))).},..))))))).))))))))))))))))))),}))..)))..})..)))))...)))))),..,)))))..)))))).)))),,,,...))))...))....))))))),,,,}}}|}},,,}}.......{((..{(((,..(((.....)))}))),.))).(((((((((........)))))))))...........,,..((((((((.(((((.....))))).)))).)))),|||{(,(({({{,({.{{({{...,||||.,,.}),)))).}})))}|,||,,}},.....}}},.......}}}}}})))}..,,...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001271769.2 NCBI
GGAAGCGCCUGCGCGCGCUCCUCCGUACGAGAACUAGUUUUGUUCCGUG… 5796 nt 0.3839
NM_001410752.1 NCBI
GGAAGCGCCUGCGCGCGCUCCUCCGUACGAGAACUAGUUUUGUUCCGUG… 7061 nt 0.3626
NM_003664.5 NCBI
GGAAGCGCCUGCGCGCGCUCCUCCGUACGAGAACUAGUUUUGUUCCGUG… 3980 nt 0.4141
Summary

This gene encodes a protein that may play a role in organelle biogenesis associated with melanosomes, platelet dense granules, and lysosomes. The encoded protein is part of the heterotetrameric AP-3 protein complex which interacts with the scaffolding protein clathrin. Mutations in this gene are associated with Hermansky-Pudlak syndrome type 2. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Nov 2012]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly upregulated the AP3B1 in oligodendrocytes, where it was associated with the lysosome pathway [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].