Basic Information
Symbol
KRT5
RNA class
mRNA
Alias
Keratin 5
CK-5
KRT5A
Keratin 5 (Epidermolysis Bullosa Simplex, Dowling-Meara/Kobner/Weber-Cockayne Types)
Epidermolysis Bullosa Simplex 2 Dowling-Meara/Kobner/Weber-Cockayne Types
Keratin, Type II Cytoskeletal 5
Type-II Keratin Kb5
Keratin 5, Type II
Cytokeratin-5
EBS2
K5
58 Kda Cytokeratin
58 KDa Cytokeratin
Keratin-5
EBS2A
EBS2B
EBS2C
EBS2D
EBS2E
EBS2F
DDD1
EBS1
CK5
DDD
Location (GRCh38)
12:52514575-52520530
Forensic tag(s)
Wound age identification
Tissue/body fluid identification
MANE select
Transcript ID
NM_000424.4
Sequence length
2238.0 nt
GC content
0.5688
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-874.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-911.23 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
622.04
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AACAGAGCCACCUUCUGCGUCCUGCUGAGCUCUGUUCUCUCCAGCACCU… | 2238 nt | 0.5688 |
Summary
The protein encoded by this gene is a member of the keratin gene family. The type II cytokeratins consist of basic or neutral proteins which are arranged in pairs of heterotypic keratin chains coexpressed during differentiation of simple and stratified epithelial tissues. This type II cytokeratin is specifically expressed in the basal layer of the epidermis with family member KRT14. Mutations in these genes have been associated with a complex of diseases termed epidermolysis bullosa simplex. The type II cytokeratins are clustered in a region of chromosome 12q12-q13. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Forensic Context
A study in human skin wound healing demonstrated that the KRT5 is a highly expressed keratin marker used for keratinocyte identification in single-cell and spatial transcriptomic analyses of acute and chronic wound-edge tissues [Liu et al. DOI:10.1016/j.stem.2024.11.013]. A study in humans demonstrated that the KRT5 is a cytoskeletal protein used for wound age estimation, where the absence of positive keratinocytes indicates a wound age of less than 19 days [Cecchi DOI:10.1007/S00414-010-0505-X].