Basic Information

Symbol
LAIR1
RNA class
mRNA
Alias
Leukocyte Associated Immunoglobulin Like Receptor 1 LAIR-1 CD305 Leukocyte-Associated Immunoglobulin-Like Receptor 1 Leukocyte-Associated Ig-Like Receptor 1 Immunoglobulin Heavy Chain Variable Region CD305 Antigen HLAIR1
Location (GRCh38)
19:54351384-54370558
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002287.6
Sequence length
4875.0 nt
GC content
0.5052

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1930.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2010.55 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1057.15
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001289023.3 NCBI
AGUUGCUGUGGAAGCCCCAUAGGCAGGAGGCCCCCGGGCAGCACAUCCU… 4821 nt 0.5034
NM_001289025.3 NCBI
AGUUGCUGUGGAAGCCCCAUAGGCAGGAGGCCCCCGGGCAGCACAUCCU… 4872 nt 0.5053
NM_001289026.3 NCBI
UGGUAUAGCAGAAGCUUUUUCACAUCUAUGACACCCGCUAUGUCUUGGU… 5008 nt 0.5018
NM_001289027.3 NCBI
UGGUAUAGCAGAAGCUUUUUCACAUCUAUGACACCCGCUAUGUCUUGGU… 4975 nt 0.5005
NM_002287.6 NCBI
AGUUGCUGUGGAAGCCCCAUAGGCAGGAGGCCCCCGGGCAGCACAUCCU… 4875 nt 0.5052
NM_021706.5 NCBI
AGUUGCUGUGGAAGCCCCAUAGGCAGGAGGCCCCCGGGCAGCACAUCCU… 4824 nt 0.5033
Summary

The protein encoded by this gene is an inhibitory receptor found on peripheral mononuclear cells, including natural killer cells, T cells, and B cells. Inhibitory receptors regulate the immune response to prevent lysis of cells recognized as self. The gene is a member of both the immunoglobulin superfamily and the leukocyte-associated inhibitory receptor family. The gene maps to a region of 19q13.4 called the leukocyte receptor cluster, which contains at least 29 genes encoding leukocyte-expressed receptors of the immunoglobulin superfamily. The encoded protein has been identified as an anchor for tyrosine phosphatase SHP-1, and may induce cell death in myeloid leukemias. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2014]

Forensic Context

A study in human skin demonstrated that the LAIR1 gene, categorized as an inflammatory/immune response gene, was significantly up-regulated in thermally injured tissue compared to normal skin during the early wound repair process [Greco et al. DOI:10.1016/j.burns.2009.06.211].