Basic Information

Symbol
AP3M2
RNA class
mRNA
Alias
Adaptor Related Protein Complex 3 Subunit Mu 2 CLA20 AP47B Clathrin Assembly Protein Assembly Protein Complex 3 Mu-2 Medium Chain Clathrin Coat-Associated Protein AP47 Homolog 2 Adaptor Related Protein Complex 3 Mu 2 Subunit Clathrin Coat Assembly Protein AP47 Homolog 2 HA1 47 KDa Subunit Homolog 2 AP-3 Complex Subunit Mu-2 Mu3B-Adaptin P47B Clathrin Assembly Protein Assembly Protein Complex 1 Medium Chain Homolog 2 Adapter-Related Protein Complex 3 Mu-2 Subunit Adapter-Related Protein Complex 3 Subunit Mu-2 Adaptor-Related Protein Complex 3 Subunit Mu-2 Golgi Adaptor AP-1 47 KDA Protein Homolog 2 Golgi Adaptor AP-1 47 KDa Protein Homolog 2 Clathrin-Associated Protein AP47 Homolog 2 Epididymis Secretory Sperm Binding Protein HA1 47kDA Subunit Homolog 2
Location (GRCh38)
8:42152946-42171673
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006803.4
Sequence length
3494.0 nt
GC content
0.4456

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1058.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1124.63 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 801.16
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((.......)))))))(((((((..((.((((.(((((...)))))...).))).))..)))))))(((((....((((((......(((((.((((...((.....(((.(((((..(((((((.......((((...(((((...))))).)))).......)))))))))))))))...))..)))).))))).(((((.(((((....((.(((((((((((((((((.......))))))......(((((..((((((((..(((((((((.(((.((((.(((((((((....))))))))).))))..((((((((((.....)))))))))).(((((..(((..((((.(.((..((((((.(((((((((...))))))))).))))))..))).))))..)))..)))))...(((((((((((.(((((((......)))))))...(((((....)))))((((...(((((.............).))))....))))((((((.(((((.......((((((((((((((((((...........))))..((((.((((.(((...))).))))))))))))))..)))))))).(((((((..(((............((((((......(.((((...((((((((..(((((..(((.(((((...(((((....((((((((.((........)).))))))))..))))))))))(((((((...(((.((((((((......(((......)))....)))))..))))))..)))))))....((((.(((((.......))))).))))...)))..))))).))).)))))((((((..(((((...(((((.((((((((((((((((((...((.(((....((((........))))....))))).))))..((..(((.((((((((....)))))...))).))).)).......))))))))...))))).....).))))).)))))))))))((((...))))(((...(((.((....)).)))))).)))).)))))))((((......)))).........)))..)))))))...(((((...))))))))))))))))...))))).))))))(((((....)))))...((((((((.((((((.(((((.(((((((((...((((((((..............((((..((((((((((((((...))))..)))).))))))..))))...))))))))..((((.(((((((((....(((((((((.((((((.((.....((((((...(((((((((((((...((((....)))).)))))......(((((((((.((.....)))))))))))....((((((......))))))...........((((((......((((..(((((..((((((((......(((((((..((((...(((....).))...))))......))))))).....)))..)))))(((((((((......(((.....))).....)))))))))..((((..(((((((((((((((((.((((..((((((....)).))))........((((((((...((((..(((((............(((.((((((((((......))))))))).).)))..((((((.((((((((((......)))))))))))))))).((..(((((((((.........(((((...((((((((((......(((((((.....((((((.((((..((.((((......((...((.(((((((((((.(((((........(((((..........)))))((...(((((....((((((((.(((((((((..(......)..))))))))).)))))))).....(.(((((.((....))..))))).).((((((((((((......((((((((.((((((........((.....)))))))).))))))))........((((((((.((((...((((.(((...(((.......)))..))))))))))).))..))))))....))))))))(((((((((...))))))))).)))))))))...))..)))))))))))..)))))))...))..)))).))..))))))))))))).))))...))))..)))))).....))))).(((((...((((((((.........))))))))...))))).(((((.........(((((.((((((.((((.((((.(((((....(((.(.((((......)))).))))....))))))))))))).)).(((((....)))))................)))).))))).....)))))....)))))))))..))((((....))))......((((((.((....(((....)))....)).)))))))))))..)))).)))))))).(((((....)))))................)))).)))))))))))))..............)))).))))(((........)))(((...(((((.(((((...(.((((......)))).)...))))))))))...)))((((.(((((....(((((......))))).....)))))))))....)))))))))))))))....)))))))).)))))))).))))))(((.(((.....)))..))).................)))))))))((.((((.....)))).)).........((((((...((((..((((((....((.....))....)))))))))).))))))))))))))).))))...((((((.....((((((((((((....))...)))))))))))))))).(((((((......)))))))..((((((..(((....(((((...))))).....(((((((....(((((((.(((..........))).)))))))....)))))))..))).)))))))))))).)))..))))).))))))(((.((((((((((((.....(((((((....)).))))).......)))))).)))).)))))...........))))))))......(((((((...(((((.((....)))))))....))))))).....(((......)))....))).)))).)))))..).))).....))))..))))).(((((.(((((((((((.(((......((((.((((....(((((.(((((..((((.(.((((((.....))))))).)))).))))).))).))......)))).))))((((....))))(((((....)))))))).))))))).)))).))))).)))))).))))).))....))))).))))).))))))...)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,,((((({(.......)))))}}(((((((..((.((((.(((((...}))))...}.)}).))..))))))){((((....{(({{{......(((((.{(((..,({.....(((.(((((..(((((((.......((((...(((({...})))).)))).......)))))))})))))))},,},..)))}.))))}.(((({.{((((,,..{(,(((((((((((((((((.,...,.))))))......((((({{((,,{{{(,{(((((((({.{||.((((.(((((((((....))))))))).))))..((((((((((.....)))))))))).(((((..(((..((((.(.((..((((((.(((((((((...})))))))).))))))..))).))))..)))..))))),,{{(({((((((((((...{(..(((({{((.(((((..((({...||...)}..)))).))))).)))))))..},..)))))))),)}((((({,(((({.....,,((((((({(((((({(({,....,.,...}))),.{((,{((((.(((...))).)))))))}))))))..)))))))),(((((((.,(((,,,..,,.....,{{||,.||||,|,,{{{,..((((((((..(((((..,,,.{((((...(((((....((((((((.((,.....,,)).))))))))..)))))))))}(((((((...(((.((((((((......({{......))}....)))))..))))))..))))))),...((((.(((((.......))))).))))...,}}..))))).)))},))))((((((..(((((...(((((.((((((((({{({{.,|{||||{|{{{...,(((,,{{...,,|||}{{{{||{|{,},,,..,...(((.((((((((....)})))}..))).)))}))}..,..,)})))))}.,,)}))),,,,,|,}}}}}.))))))}))))(((,.,,||}}|,,.{{({{,((,...}),))}}))....,}}}}})},||||,,,,..)))),....,,,,})},.))))))).,.{{{{{...)))}}))))))))))).........}}}|},{{{((,,,,|||||...((((((({.((((((.(((((.(((((((((...((((((((...........,,.((((,.((((((((({((((...))))..}}}).)))))),.))))..,)))))))),,((((.((((((((({,,,(((((((((.((((((.{((,...{(((((...(((((((((((((...((({....}))).)))))....,,{(((({{{{.,|,,.,,),}}}}}}}},,{,.((((((......)))))).,},.......((((((......((((..(((((..((((((((......(((((((..((((...(({....}.))...))))..,,..))))))).....)))..)))))(((((((((......(((.....))).....)))))))))..((((..(((({((((((((((((.((({..(((({(,,..|}|||||,..,,,,,||||||{{|,.|}}|..|}))},....,}},,}|{({.{(((((((((......))))))))).}.}}}.,((((((.((((((((((......)))))))))))))))}.(({{(((((((((...,,,,..{,((({{{((((,.(((({{....,((((((.(((.{(((((,((((..{((({{,..,{{{,{...((.(((((((((((.(((((........(((((,{.......|)})))({..,(((({....((((((((.(((((((((..{......}..))))))))).))))))))......}||||,..|....})..})))}...{{{{((((((((......((((((((.((((({.......,((.....)))))))).))))))))........((((((.(.(({(...((((.(((...(((.......)))..)))))))}},).)),.))))))....))))))))(((((((((...))))))))).}}},)))))..,))..))))))))))},})))))))...,,..)))).))}.)))))))))},))}......{|||,..||||||{..{{|||||{((,,,..}}||||,,,.........,)),)),,},}}))))}||{{,.........(((((.((((({.((,{{((((.(((((....(((.(.((((......)))).))))....))))))))))))},||,(({{{...,)))))..............,.)))).)))))...}}))))},.,,||||,}},||||,(({{....|})}.{{{,.,,,,,|,||...,||{....))},||,|}|}))))))))))..))))))).,}}}}.|||||,,},},)),}))}},..})))))},}))).))))))))))))|,,,......,}},.)))).))))(((........}}}{({...(((((.(((((...{.((((......)))).}...))))))))))...))}((((.(((((..{.{((((......))))}..,..)))))))))....)))))))))))))))....)))))))).)))))))),)))))),,,.{{(,{,,.}||,,},,.....,,,,..,},,,.))))))))}.}}|.,,.,{,...{{........)}..|(((((...((((..((((((....((.....))....)))))))))).))))))))))))))).)))}.,,((((((.....(((((((((({{....}}...)))))))))))))))),(((((((......))))))),.,{{(((.,(((,...(((((...}))))..,,,|{(((((....(((((((.(((..........))).)))))))....))))))),.},,.)))}},)))))).))),.))))).)))))){(,{((((((((((((.,...(((((((....)).))))).......)))))).)))).))))}...........)))))))).....,}||||}|},|||,,,.}}}}},,,.,|{{(((({||,((({......,}}}}..,))))))))},))))}})))}..}.))).....,)))),})))).(((((.(((((((((((.(((......((((.((((....{((((.(((((..((((.(.((((((,...,))))))).)))).))))).))),.,.,,...)))).))))((((....))))(((((....)))))))).))))))),}))).))))).))))))}})))).)}...,))))}.})))).))))))...))))}

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001134296.2 NCBI
GUCCGCGCCUAGGAGCAGUGGGCGCUGAGAGCAGCAAGGCCAGGGAGGG… 3553 nt 0.4475
NM_006803.4 NCBI
GUCCGCGCCUAGGAGCAGUGGGCGCUGAGAGCAGCAAGGCCAGAGUUGA… 3494 nt 0.4456
Summary

This gene encodes a subunit of the heterotetrameric adaptor-related protein comlex 3 (AP-3), which belongs to the adaptor complexes medium subunits family. The AP-3 complex plays a role in protein trafficking to lysosomes and specialized organelles. Multiple alternatively spliced variants, encoding the same protein, have been identified. [provided by RefSeq, Aug 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that selection for ethanol preference significantly altered gene expression and network connectivity in the nucleus accumbens shell, with the AP3M2 being associated with alcohol preference, withdrawal, and expression [Colville et al. DOI:10.1111/Gbb.12367].