Basic Information

Symbol
LAMA3
RNA class
mRNA
Alias
Laminin Subunit Alpha 3 LAMNA Laminin, Alpha 3 (Nicein (150kD), Kalinin (165kD), BM600 (150kD), Epilegrin) Laminin Subunit Alpha-3 Laminin-5 Subunit Alpha Laminin-6 Subunit Alpha Laminin-7 Subunit Alpha Kalinin Subunit Alpha Nicein Subunit Alpha Kalinin-165kDa Nicein-150kDa BM600-150kDa Epiligrin E170 Laminin 5, Alpha-3 Subunit Epiligrin 170 Kda Subunit Epiligrin Alpha 3 Subunit Epiligrin 170 KDa Subunit Laminin-5 Alpha 3 Chain Epiligrin Subunit Alpha LAM3, Alpha-3 Subunit Kalinin 165kD Subunit Nicein 150kD Subunit BM600 150kD Subunit Laminin, Alpha 3 Laminin A3 BM600 JEB2A JEB2B JEB2C LOCS
Location (GRCh38)
18:23689453-23956222
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_198129.4
Sequence length
10651.0 nt
GC content
0.5067

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3664.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3856.18 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2866.10
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000227.6 NCBI
AGCCAGCGGACGUCCAGGAACCGGGAUGCCUCCAGCAGUGAGGCGGUCA… 5618 nt 0.4697
NM_001127717.4 NCBI
AGUUCCUGAUCCGGCUGGUGCCCGCUCCAGCCGCGGCAGGUUCCAGAGC… 10483 nt 0.5067
NM_001127718.4 NCBI
AGCCAGCGGACGUCCAGGAACCGGGAUGCCUCCAGCAGUGAGGCGGUCA… 5450 nt 0.4686
NM_198129.4 NCBI
AGUUCCUGAUCCGGCUGGUGCCCGCUCCAGCCGCGGCAGGUUCCAGAGC… 10651 nt 0.5067
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the laminin family of secreted molecules. Laminins are heterotrimeric molecules that consist of alpha, beta, and gamma subunits that assemble through a coiled-coil domain. Laminins are essential for formation and function of the basement membrane and have additional functions in regulating cell migration and mechanical signal transduction. This gene encodes an alpha subunit and is responsive to several epithelial-mesenchymal regulators including keratinocyte growth factor, epidermal growth factor and insulin-like growth factor. Mutations in this gene have been identified as the cause of Herlitz type junctional epidermolysis bullosa and laryngoonychocutaneous syndrome. Alternative splicing and alternative promoter usage result in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Dec 2014]

Forensic Context

A study in mice selectively bred for high or low methamphetamine intake identified the LAMA3 as an extracellular matrix gene overexpressed in the ventral midbrain of the low-drinking line, indicating its association with innate genetic risk for substance use in the absence of drug exposure [Hitzemann et al. DOI:10.3390/brainsci9070155].