Basic Information
Symbol
LAMA4
RNA class
mRNA
Alias
Laminin Subunit Alpha 4
LAMA3
Laminin Subunit Alpha-4
Laminin, Alpha 4
Laminin-14 Subunit Alpha
Laminin-8 Subunit Alpha
Laminin-9 Subunit Alpha
Laminin Alpha 4 Chain
LAMA4*-1
CMD1JJ
Location (GRCh38)
6:112106077-112254939
Forensic tag(s)
Sudden unexpected death diagnosis
Drug abuse diagnoses
MANE select
Transcript ID
NM_001105206.3
Sequence length
7228.0 nt
GC content
0.4510
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2110.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-2248.06 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1675.22
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| GAGAAGGAAGCCAGGACAGCGCAGUCCCCAGUCCCGAACGGCCAGGGAG… | 7228 nt | 0.4510 | |
| GAGAAGGAAGCCAGGACAGCGCAGUCCCCAGUCCCGAACGGCCAGGGAG… | 7224 nt | 0.4510 | |
| GAGAAGGAAGCCAGGACAGCGCAGUCCCCAGUCCCGAACGGCCAGGGAG… | 613 nt | 0.6313 | |
| GAGAAGGAAGCCAGGACAGCGCAGUCCCCAGUCCCGAACGGCCAGGGAG… | 630 nt | 0.6286 | |
| GAGAAGGAAGCCAGGACAGCGCAGUCCCCAGUCCCGAACGGCCAGGGAG… | 7207 nt | 0.4508 |
Summary
Laminins, a family of extracellular matrix glycoproteins, are the major noncollagenous constituent of basement membranes. They have been implicated in a wide variety of biological processes including cell adhesion, differentiation, migration, signaling, neurite outgrowth and metastasis. Laminins are composed of 3 non identical chains: laminin alpha, beta and gamma (formerly A, B1, and B2, respectively) and they form a cruciform structure consisting of 3 short arms, each formed by a different chain, and a long arm composed of all 3 chains. Each laminin chain is a multidomain protein encoded by a distinct gene. Several isoforms of each chain have been described. Different alpha, beta and gamma chain isomers combine to give rise to different heterotrimeric laminin isoforms which are designated by Arabic numerals in the order of their discovery, i.e. alpha1beta1gamma1 heterotrimer is laminin 1. The biological functions of the different chains and trimer molecules are largely unknown, but some of the chains have been shown to differ with respect to their tissue distribution, presumably reflecting diverse functions in vivo. This gene encodes the alpha chain isoform laminin, alpha 4. The domain structure of alpha 4 is similar to that of alpha 3, both of which resemble truncated versions of alpha 1 and alpha 2, in that approximately 1,200 residues at the N-terminus (domains IV, V and VI) have been lost. Laminin, alpha 4 contains the C-terminal G domain which distinguishes all alpha chains from the beta and gamma chains. The RNA analysis from adult and fetal tissues revealed developmental regulation of expression, however, the exact function of laminin, alpha 4 is not known. Tissue-specific utilization of alternative polyA-signal has been described in literature. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding distinct isoforms. [provided by RefSeq, Aug 2011]
Forensic Context
A study in humans identified a variant in the miRNA binding site of the LAMA4 gene (c.*1148T>A) as a variant of uncertain significance in sudden arrhythmic death syndrome (SADS) [Andersen et al. DOI:10.1007/s00414-019-02127-9]. Furthermore, the LAMA4 gene was listed among differentially expressed cardiac-related genes in sudden unexplained death cases, with mutations reported in ion channelopathies or cardiomyopathies [Neubauer et al. DOI:10.1007/S00414-025-03414-4]. A study in mice selectively bred for high or low methamphetamine intake identified the LAMA4 as an extracellular matrix gene overexpressed in the ventral midbrain of the low-drinking line, indicating its association with innate genetic risk for reduced drug consumption in this model [Hitzemann et al. DOI:10.3390/brainsci9070155].