Basic Information

Symbol
LAMP2
RNA class
mRNA
Alias
Lysosomal Associated Membrane Protein 2 CD107b Lysosome-Associated Membrane Glycoprotein 2 CD107 Antigen-Like Family Member B LAMP-2 LGP-96 Lysosomal-Associated Membrane Protein 2 Lysosome-Associated Membrane Protein 2 CD107b Antigen LGP110 LAMPB DND
Location (GRCh38)
X:120426148-120469365
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002294.3
Sequence length
6535.0 nt
GC content
0.3598

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1621.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1754.36 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1903.19
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001122606.1 NCBI
AAGAAAGAGCCCCGCCCCUAGUCUUAUGACUCGCACUGAAGCGCCGAUU… 3767 nt 0.3709
NM_002294.3 NCBI
GCUUUUGCAAGGCUGUGGUCGGUGGUCAUCAGUGCUCUUGACCCAGGUC… 6535 nt 0.3598
NM_013995.2 NCBI
AAGAAAGAGCCCCGCCCCUAGUCUUAUGACUCGCACUGAAGCGCCGAUU… 4076 nt 0.3788
Summary

The protein encoded by this gene is a member of a family of membrane glycoproteins. This glycoprotein provides selectins with carbohydrate ligands. It may play a role in tumor cell metastasis. It may also function in the protection, maintenance, and adhesion of the lysosome. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants encoding distinct proteins. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the LAMP2 was identified as a differentially expressed RNA marker in the hypothalamus during hypothermia, with its expression significantly higher in hypothermic animals (11 tags) compared to controls (4 tags) using SuperSAGE transcriptomic analysis [Takamiya et al. DOI:10.1016/J.Jflm.2012.04.017].