Basic Information

Symbol
LAPTM5
RNA class
mRNA
Alias
Lysosomal Protein Transmembrane 5 Lysosomal-Associated Multitransmembrane Protein 5 Lysosomal-Associated Transmembrane Protein 5 Lysosomal Multispanning Membrane Protein 5 Retinoic Acid-Inducible E3 Protein Lysosomal Associated Multispanning Membrane Protein 5 CD40-Ligand-Activated Specific Transcripts Human Retinoic Acid-Inducible E3 Protein KIAA0085 CLAST6
Location (GRCh38)
1:30732465-30757855
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006762.3
Sequence length
2177.0 nt
GC content
0.5034

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-707.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -747.21 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 460.43
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_006762.3 NCBI
AGUGUCUCAGAGGAGGGGACGGCAGCACCAUGGACCCCCGCUUGUCCAC… 2177 nt 0.5034
Summary

This gene encodes a transmembrane receptor that is associated with lysosomes. The encoded protein, also known as E3 protein, may play a role in hematopoiesis. [provided by RefSeq, Feb 2009]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the LAPTM5 is the most connected hub gene in a prefrontal co-expression network centered on LINC01268, a lincRNA associated with suicide by violent means and aggression [Punzi et al. DOI:10.1101/257188]. This network, which was strongly preserved across control groups, is implicated in modulating the inflammatory response by macrophages, highlighting a biological process potentially underlying the observed behavioral phenotypes.