Basic Information

Symbol
LASP1
RNA class
mRNA
Alias
LIM And SH3 Protein 1 MLN50 Lasp-1 Metastatic Lymph Node Gene 50 Protein LIM And SH3 Domain Protein 1 LASP-1 MLN 50
Location (GRCh38)
17:38869185-38921771
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006148.4
Sequence length
3910.0 nt
GC content
0.5629

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1514.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1588.24 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 980.52
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001271608.2 NCBI
GCCAGUUCCCCAGCUCCAGCCGCCGUCGCUGCUGCCUGUGUAGUUGCAG… 3825 nt 0.5626
NM_006148.4 NCBI
GCCAGUUCCCCAGCUCCAGCCGCCGUCGCUGCUGCCUGUGUAGUUGCAG… 3910 nt 0.5629
Summary

This gene encodes a member of a subfamily of LIM proteins, characterized by a LIM motif and a domain of Src homology region 3, and also a member of the nebulin family of actin-binding proteins. The encoded protein is a cAMP and cGMP dependent signaling protein and binds to the actin cytoskeleton at extensions of the cell membrane. The encoded protein has been linked to metastatic breast cancer, hematopoetic tumors such as B-cell lymphomas, and colorectal cancer. [provided by RefSeq, Oct 2012]

Forensic Context

A study in zebrafish and mouse demonstrated that the LASP1 transcript, categorized as a transport and cancer-related gene, increased in abundance within 1 hour postmortem in mouse tissues [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].