Basic Information

Symbol
LAT
RNA class
mRNA
Alias
Linker For Activation Of T Cells LAT1 Linker For Activation Of T Cells, Transmembrane Adaptor Linker For Activation Of T-Cells Family Member 1 36 KDa Phosphotyrosine Adapter Protein P36-38 Pp36 36 KDa Phospho-Tyrosine Adapter Protein 36 KDa Phospho-Tyrosine Adaptor Protein IMD52
Location (GRCh38)
16:28984808-28990784
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001014987.2
Sequence length
1671.0 nt
GC content
0.6122

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-699.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -726.81 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 364.26
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001014987.2 NCBI
ACAGCUUCCUGCCGCAGGCGGGCGGGAGGGCGGGCACGGAGAGGCGGGC… 1671 nt 0.6122
NM_001014988.2 NCBI
ACAGCUUCCUGCCGCAGGCGGGCGGGAGGGCGGGCACGGAGAGGCGGGC… 1668 nt 0.6127
NM_001014989.2 NCBI
GUACCCCAGAAUUCCCACUGUCAGGGCCUCCCUGCUCGCUGCCUCCCCG… 1472 nt 0.5999
NM_014387.4 NCBI
ACAGCUUCCUGCCGCAGGCGGGCGGGAGGGCGGGCACGGAGAGGCGGGC… 1758 nt 0.6155
Summary

The protein encoded by this gene is phosphorylated by ZAP-70/Syk protein tyrosine kinases following activation of the T-cell antigen receptor (TCR) signal transduction pathway. This transmembrane protein localizes to lipid rafts and acts as a docking site for SH2 domain-containing proteins. Upon phosphorylation, this protein recruits multiple adaptor proteins and downstream signaling molecules into multimolecular signaling complexes located near the site of TCR engagement. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.