Basic Information

Symbol
APAF1
RNA class
mRNA
Alias
Apoptotic Peptidase Activating Factor 1 APAF-1 CED4 Apoptotic Protease-Activating Factor 1 Apoptotic Peptidase Activating Factor Apoptotic Protease Activating Factor KIAA0413
Location (GRCh38)
12:98645149-98735433
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_181861.2
Sequence length
7201.0 nt
GC content
0.4183

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2203.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2338.12 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2002.82
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001160.3 NCBI
AGAGGCGGAGAAGAAGAGGUAGCGAGUGGACGUGACUGCUCUAUCCCGG… 7039 nt 0.4175
NM_013229.3 NCBI
AGAGGCGGAGAAGAAGAGGUAGCGAGUGGACGUGACUGCUCUAUCCCGG… 7168 nt 0.4187
NM_181861.2 NCBI
AGAGGCGGAGAAGAAGAGGUAGCGAGUGGACGUGACUGCUCUAUCCCGG… 7201 nt 0.4183
NM_181868.2 NCBI
AGAGGCGGAGAAGAAGAGGUAGCGAGUGGACGUGACUGCUCUAUCCCGG… 7072 nt 0.4171
NM_181869.2 NCBI
AGAGGCGGAGAAGAAGAGGUAGCGAGUGGACGUGACUGCUCUAUCCCGG… 4556 nt 0.4216
Summary

This gene encodes a cytoplasmic protein that initiates apoptosis. This protein contains several copies of the WD-40 domain, a caspase recruitment domain (CARD), and an ATPase domain (NB-ARC). Upon binding cytochrome c and dATP, this protein forms an oligomeric apoptosome. The apoptosome binds and cleaves caspase 9 preproprotein, releasing its mature, activated form. Activated caspase 9 stimulates the subsequent caspase cascade that commits the cell to apoptosis. Alternative splicing results in several transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human prostate tissues demonstrated that the APAF1 was significantly upregulated at postmortem intervals of 96 and 120 hours compared to a 24-hour control, indicating its role as a pro-apoptotic gene with time-dependent expression changes useful for time of death estimation [Tolbert et al. DOI:10.1016/j.gene.2018.06.090]. A study in mice demonstrated that the expression of apoptosis-related proteins in postmortem skin exhibits time-dependent changes useful for early PMI estimation [Xie et al. DOI:10.1007/S12024-023-00757-5].